Đăng Ký :: Đăng Nhập  :: Trang chủ  :: Sơ đồ Web  :: Liên hệ   Tìm Kiếm   
  17 Tháng Mười 2018 ..:: Văn bản pháp quy » Xuất nhập khẩu ::..

 

Người dùng trực tuyến
People Online Thành viên online:
Visitors Khách: 36
Members Thành viên: 0
Total Users Tổng cộng: 36

Số lượt truy cập

38.305.015

 Chi tiết văn bản pháp luật
BỘ TÀI CHÍNH
_________
Số: 222/2009/TT-BTC
CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM
Độc lập - Tự do - Hạnh phúc
_______________________________
Hà Nội, ngày 25 tháng 11 năm 2009
 
THÔNG TƯ
Hướng dẫn thí điểm thủ tục hải quan điện tử
___________
  
Căn cứ Luật Hải quan số 29/2001/QH10 ngày 29tháng 6 năm 2001 và Luật số 42/2005/QH11 ngày 14 tháng 6 năm 2005 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan;
Căn cứ Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 45/2005/QH11 ngày 14 tháng 06 năm 2005;
Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH10 ngày 29 tháng 11 năm 2006;
Căn cứ Luật Giao dịch điện tử số 51/2005/QH11 ngày 29 tháng 11 năm 2005;
Căn cứ Nghị định 79/2005/NĐ-CP ngày 16 tháng 6 năm 2005 của Chính phủ quy định về điều kiện đăng ký và hoạt động của đại lý làm thủ tục hải quan;
Căn cứ Nghị định số 149/2005/NĐ-CP ngày 08 tháng 12 năm 2005 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;
Căn cứ Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23 tháng 01 năm 2006 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hoá quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hoá với nước ngoài;
Căn cứ Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22 tháng 9 năm 2006 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư;
Căn cứ Nghị định số 23/2007/NĐ-CP ngày 12 tháng 02 năm 2007 của Chính phủ quy định chi tiết Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hoá và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hoá của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài tại Việt Nam;
Căn cứ Nghị định số 27/2007/NĐ-CP ngày 23 tháng 02 năm 2007 của Chính phủ về giao dịch điện tử trong lĩnh vực tài chính;
Căn cứ Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25 tháng 5 năm 2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Quản lý thuế;
Căn cứ Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14 tháng 3 năm 2008 của Chính phủ quy định về Khu công nghiệp, Khu chế xuất, Khu kinh tế;
Căn cứ Nghị định số 118/2008/NĐ-CP ngày 27 tháng 11 năm 2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;
Căn cứ Quyết định 149/2005/QĐ-TTg ngày 20 tháng 6 năm 2005 của Thủ tướng Chính phủ về việc thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử; Quyết định 103/2009/QĐ-TTg ngày 12 tháng 8 năm 2009 của Thủ tướng Chính phủ Quyết định sửa đổi, bổ sung một số điều Quyết định 149/2005/QĐ-TTg;
Bộ Tài chính hướng dẫn thí điểm thủ tục hải quan điện tử như sau:
 
CHƯƠNG I
HƯỚNG DẪN CHUNG
Điều 1. Đối tượng áp dụng
1. Tổ chức, cá nhân xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá thực hiện thủ tục hải quan điện tử;
2. Cơ quan hải quan, công chức hải quan;
3. Cơ quan, tổ chức, cá nhân có trách nhiệm cung cấp các thông tin liên quan thuộc phạm vi áp dụng của thủ tục hải quan điện tử.
Điều 2. Phạm vi áp dụng
1. Thí điểm thủ tục hải quan điện tử được áp dụng đối với:
1.1. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa;
1.2. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài hoặc đặt gia công tại nước ngoài;
1.3. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo loại hình nhập nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu;
1.4. Hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp ưu tiên;
1.5. Hàng hóađưa vào, đưa ra kho ngoại quan;
1.6. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để thực hiện dự án đầu tư;
1.7. Hàng hóa kinh doanh theo phương thức tạm nhập tái xuất;
1.8. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ;
1.9. Hàng hóa đã xuất khẩu nhưng bị trả lại;
1.10. Hàng hóa đã nhập khẩu nhưng phải xuất trả;
1.11. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu.
2. Căn cứ tình hình thực tế, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quyết định lộ trình triển khai thí điểm.
3. Tổ chức, cá nhân xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá thực hiện thủ tục hải quan điện tử theo quy định tại Thông tư này và các quy định hiện hành liên quan đến xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá trong trường hợp Thông tư này không quy định.
Điều 3. Giải thích thuật ngữ
Trong Thông tư này, các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:
1. Thủ tục hải quan điện tử: là thủ tục hải quan trong đó việc khai báo, tiếp nhận, xử lý thông tin khai hải quan, ra quyết định được thực hiện thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
2. Thông điệp dữ liệu điện tử hải quan: Là thông tin được tạo ra, gửi đi, được nhận và được lưu trữ bằng phương tiện điện tử theo định dạng chuẩn để thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
3. Chứng từ điện tử: Là chứng từ tạo ra theo quy định tại Khoản 1 Điều 3 Chương I Nghị định số 27/2007/NĐ-CP ngày 23/02/2007 về giao dịch điện tử trong lĩnh vực tài chính được sử dụng để thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
4. Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan: Là hệ thống thông tin do Tổng cục Hải quan quản lý tập trung, thống nhất, sử dụng để thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
5. Hệ thống khai hải quan điện tử: Là hệ thống thông tin do người khai hải quan quản lý, sử dụng để thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
6. Hệ thống khai hải quan điện tử dự phòng: Là hệ thống thông tin do Tổng cục Hải quan quản lý tại cơ quan hải quan, được sử dụng để người khai hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử khi có sự cố ngoài Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
7. Thông quan hàng hoá: Là việc cơ quan hải quan cho phép hàng hoá đã hoàn thành các thủ tục hải quan cần thiết được xuất khẩu, nhập khẩu hoặc hoàn thành các thủ tục hải quan và chuyển sang một chế độ quản lý hải quan khác.
8. Giải phóng hàng: Là việc cơ quan hải quan cho phép hàng hoá đang trong quá trình làm thủ tục thông quan được đặt dưới quyền quyết định của người khai hải quan.
9. Đưa hàng hóa về bảo quản: Là việc cơ quan hải quan cho phép hàng hoá đang trong quá trình làm thủ tục thông quan được đưa ra khỏi khu vực giám sát hải quan khi đã đáp ứng các điều kiện về giám sát hải quan do Tổng cục Hải quan quy định hoặc giao cho người khai hải quan tự bảo quản nguyên trạng hàng hóa chờ thông quan.
10. Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan: Là hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã được đưa vào hoặc được đưa ra khỏi địa bàn hoạt động hải quan bao gồm các khu vực cửa khẩu đường bộ, ga đường sắt liên vận quốc tế, cảng biển quốc tế, cảng sông quốc tế, cảng hàng không dân dụng quốc tế, cảng nội địa (tiếng Anh Inland Clearance Depot, viết tắt là ICD), kho ngoại quan, bưu điện quốc tế.
Điều 4. Nguyên tắc tiến hành thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan
1. Thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, quản lý thuế được thực hiện theo quy định tại Điều 15 Luật Hải quan; Điều 4 Luật Quản lý thuế. 
2. Nguyên tắc kiểm tra, giám sát hải quan.
2.1  Đối tượng chịu sự kiểm tra, giám sát hải quan.
Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; Hồ sơ hải quan và các chứng từ liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
2.2. Kiểm tra hải quan được thực hiện trong quá trình làm thủ tục hải quan và sau thông quan.
3. Cơ quan hải quan áp dụng quản lý rủi ro trong kiểm tra hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, hồ sơ hải quan và các chứng từ liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trên cơ sở kết quả phân tích thông tin, đánh giá quá trình chấp hành pháp luật của người khai hải quan, người nộp thuế; có ưu tiên và tạo thuận lợi tới mức độ chấp nhận thông quan trên cơ sở thông tin khai Tờ khai hải quan điện tử với các đối tượng không thuộc một trong các trường hợp dưới đây:
3.1. Không tuân thủ pháp luật hải quan;
3.2. Có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan;
3.3. Kết quả phân tích, đánh giá xác định mức độ rủi ro cao.
4. Căn cứ và thẩm quyền quyết định hình thức và mức độ kiểm tra.
4.1 Căn cứ quyết định hình thức, mức độ kiểm tra:
a. Quy định của pháp luật về kiểm tra hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu;
b. Kết quả phân tích thông tin, đánh giá mức độ rủi ro trong quản lý hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu; kết quả phân tích thông tin, đánh giá chấp hành pháp luật về hải quan của tổ chức, cá nhân thực hiện hoặc có liên quan đến hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu;
c. Thông tin về dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan;
d. Lựa chọn ngẫu nhiên để đánh giá mức độ tuân thủ của đối tượng quản lý hải quan.
4.2. Thẩm quyền quyết định hình thức, mức độ kiểm tra:
 Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử, trong phạm vi thẩm quyền được phân cấp, quyết định hình thức và mức độ kiểm tra; quyết định thay đổi hình thức và mức độ kiểm tra do hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan đưa ra, khi có thông tin về dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan;
Việc quyết định hình thức và mức độ kiểm tra của Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử thể hiện thông qua việc quyết định cập nhật hoặc chấp nhận hồ sơ rủi ro hoặc thực hiện trực tiếp trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
5. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của chủ hàng đã nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan bị áp dụng mức độ kiểm tra tới toàn bộ hồ sơ hải quan và kiểm tra thực tế hàng hóa tới toàn bộ lô hàng.
6. Khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử người khai hải quan phải sử dụng thống nhất bản khai điện tử, các mẫu biểu theo quy định tại Phụ lục I, Phụ lục II Thông tư này.
Điều 5. Quản lý rủi ro
1. Cơ quan hải quan áp dụng quản lý rủi ro trong việc phân luồng, quyết định hình thức mức độ kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
2. Trên cơ sở quản lý rủi ro, các chứng từ theo quy định phải đi kèm tờ khai hải quan điện tử có thể không phải nộp, không phải xuất trình, phải xuất trình, phải nộp cho cơ quan hải quan.
3. Việc áp dụng quản lý rủi ro thực hiện theo quy định tại Quyết định số 48/2008/QĐ-BTC ngày 4/7/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, quy định áp dụng quản lý rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ hải quan.
Tổng cục Hải quan quy định cụ thể về quản lý rủi ro đối với việc phân luồng, quyết định hình thức mức độ kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và một số bước nghiệp vụ khác hỗ trợ cho việc phân luồng, quyết định hình thức, mức độ kiểm tra đối với thủ tục hải quan điện tử gồm:
3.1. Kiểm tra sơ bộ thông tin khai Tờ khai hải quan điện tử;
3.2. Quyết định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu;
3.3. Quyết định cho phép chậm nộp chứng từ thuộc hồ sơ hải quan;
3.4. Chứng từ chuyển đổi từ chứng từ giấy sang chứng từ điện tử;
3.5. Lấy mẫu hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu;
3.6. Kiểm tra định mức nguyên liệu sản phẩm loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu.
Điều 6. Người khai hải quan điện tử
1. Người khai hải quan điện tử bao gồm:
1.1. Chủ hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu (gồm cả thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu hàng hoá theo quy định của pháp luật);
1.2. Tổ chức được chủ hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu uỷ thác;
1.3. Đại lý làm thủ tục hải quan.
2. Đăng ký tham gia thủ tục hải quan điện tử
2.1. Người khai hải quan thực hiện đăng ký tham gia thủ tục hải quan điện tử theo mẫu “Đăng ký tham gia thủ tục hải quan điện tử” và nộp bản đăng ký cho Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
Đại lý làm thủ tục hải quan điện tử có thể thực hiện việc đăng ký tham gia thủ tục hải quan điện tử cho chủ hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trên cơ sở được uỷ quyền.
2.2. Trong thời gian 08 giờ làm việc kể từ khi nhận bản đăng ký hợp lệ, Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử thông báo chấp nhận hoặc từ chối có nêu rõ lý do.
Việc gửi thông tin về tài khoản truy nhập Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử Hải quan cho người khai hải quan được thực hiện theo quy trình bảo mật.
2.3. Người khai hải quan có trách nhiệm bảo mật tài khoản để sử dụng khi giao dịch với cơ quan hải quan thông qua Hệ thống khai hải quan điện tử hoặc Hệ thống khai hải quan điện tử dự phòng.
2.4. Tài khoản truy nhập Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có giá trị để giao dịch, làm thủ tục hải quan với tất cả các Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
Điều 7. Quyền và nghĩa vụ của người khai hải quan, người nộp thuế
1. Thực hiện các quyền và nghĩa vụ theo quy định tại Điều 23 Luật Hải quan; Điều 6, Điều 7, Điều 30 Luật Quản lý thuế; các luật về chính sách thuế; Điều 4 Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Quản lý thuế; Nghị định số 27/2007/NĐ-CP ngày 23/02/2007 về giao dịch điện tử trong lĩnh vực tài chính; khoản 3 Điều 1 Quyết định 103/2009/QĐ-TTg ngày 12/8/2009 của Thủ tướng Chính phủ.
2. Khi thực hiện thủ tục hải quan điện tử, người khai hải quan phải sử dụng chữ ký số.
Trường hợp chưa có chữ ký số được sử dụng tài khoản truy nhập Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để thực hiện thủ tục hải quan điện tử và chịu trách nhiệm về các giao dịch điện tử theo quy định của pháp luật.
3. Cung cấp thông tin, tạo điều kiện để cơ quan hải quan truy cập được vào Hệ thống khai hải quan điện tử phục vụ việc kiểm tra, thanh tra.
4. Thực hiện ngay việc nộp lệ phí làm thủ tục hải quan và các loại phí khác do cơ quan hải quan thu hộ các Hiệp hội, tổ chức trước khi thông quan hàng hoá hoặc nộp vào ngày 01 đến ngày 10 tháng sau cho các lô hàng đã được thông quan tháng trước.
Điều 8. Trách nhiệm và quyền hạn của cơ quan hải quan, công chức hải quan
1. Thực hiện trách nhiệm và quyền hạn quy định tại Điều 27 Luật Hải quan; Điều 8, Điều 9 Luật Quản lý thuế; các luật về chính sách thuế; Nghị định số 27/2007/NĐ-CP ngày 23/02/2007 về giao dịch điện tử trong lĩnh vực tài chính.
2. Công chức hải quan thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được miễn trừ trách nhiệm cá nhân khi đã thực hiện đúng các quy định tại Thông tư này và quy trình hướng dẫn của Tổng cục Hải quan nhưng không phát hiện được vi phạm pháp luật về hải quan.
Điều 9. Hồ sơ hải quan
1. Hồ sơ hải quan bao gồm:
1.1.Tờ khai hải quan điện tử (có thể thể hiện ở dạng văn bản giấy);
1.2. Các chứng từ đi kèm tờ khai có thể ở dạng điện tử hoặc văn bản giấy.
2. Chứng từ điện tử :
2.1. Chứng từ điện tử có giá trị để làm thủ tục hải quan điện tử như chính chứng từ đó thể hiện ở dạng văn bản giấy;
2.2. Chứng từ điện tử có thể được chuyển đổi từ chứng từ ở dạng văn bản giấy nếu đảm bảo các điều kiện sau: phản ánh toàn vẹn nội dung của chứng từ giấy; có xác nhận trên chứng từ giấy “ĐÃ CHUYỂN ĐỔI SANG DẠNG ĐIỆN TỬ” theo “Mẫu dấu chứng nhận đã chuyển đổi sang dạng điện tử” về việc đã được chuyển đổi từ chứng từ giấy sang chứng từ điện tử, có chữ ký và họ tên của người khai hải quan. Trong trường hợp người khai hải quan là pháp nhân thì người đại diện hợp pháp theo quy định của pháp luật ký trên chứng từ giấy đã được chuyển đổi sang chứng từ điện tử.
Khi thực hiện chuyển đổi, ngoài các chứng từ theo quy định phải có của hồ sơ hải quan, người khai hải quan phải lưu giữ chứng từ điện tử chuyển đổi theo quy định.
3. Tờ khai hải quan điện tử và các chứng từ đi kèm tờ khai ở dạng điện tử lưu giữ tại Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có đầy đủ giá trị pháp lý để làm thủ tục hải quan, xử lý tranh chấp khi được người khai hải quan sử dụng tài khoản truy nhập Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
Điều 10. Thời gian khai và làm thủ tục hải quan điện tử
1. Thời hạn người khai hải quan phải khai tờ khai hải quan điện tử đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan.
Đối với hàng hoá nhập khẩu, ngày hàng hoá đến cửa khẩu là ngày ghi trên dấu của cơ quan hải quan đóng lên bản khai hàng hoá (bản lược khai hàng hoá) trong hồ sơ phương tiện vận tải nhập cảnh (đường biển, đường hàng không, đường sắt) hoặc ngày ghi trên tờ khai phương tiện vận tải qua cửa khẩu hoặc sổ theo dõi phương tiện vận tải.
2. Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tiếp nhận tờ khai hải quan điện tử 24 giờ trong ngày và 7 ngày trong tuần. Cơ quan hải quan kiểm tra, đăng ký tờ khai hải quan điện tử trong giờ hành chính. Việc thực hiện thủ tục hải quan ngoài giờ hành chính do Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử xem xét, quyết định trên cơ sở đăng ký trước của người khai hải quan.
3. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trong thời hạn hiệu lực của tờ khai hải quan quy định tại khoản 1, khoản 2, Điều 18 Luật Hải quan được áp dụng các chính sách quản lý hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu; chính sách thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu có hiệu lực tại thời điểm cơ quan hải quan chấp nhận đăng ký, cấp số tờ khai hải quan.
 
CHƯƠNG II
THỦ TỤC HẢI QUAN; KIỂM TRA, GIÁM SÁT HẢI QUAN  ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU THEO HỢP ĐỒNG MUA BÁN HÀNG HOÁ
Điều 11. Hồ sơ hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hoá
1. Hồ sơ hải quan điện tử đối với hàng hoá xuất khẩu:
1.1. Tờ khai hải quan điện tử: Bản điện tử;
Trong trường hợp phải xuất trình, nộp bản giấy theo yêu cầu của các cơ quan có thẩm quyền, tờ khai hải quan điện tử và một số chứng từ được in ra giấy theo mẫu quy định, gồm: Tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu, Phụ lục tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu (nếu có), Bản kê (nếu có);
1.2. Hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc các chứng từ có giá trị pháp lý tương đương hợp đồng: 01 bản điện tử hoặc bản sao ở dạng giấy; hợp đồng uỷ thác xuất khẩu (nếu xuất khẩu uỷ thác) 01 bản sao;
Hợp đồng mua bán hàng hoá phải là bản tiếng Việt hoặc bản tiếng Anh, nếu là ngôn ngữ khác thì người khai hải quan phải kèm theo bản dịch ra tiếng Việt và chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung bản dịch.
1.3. Trong trường hợp cụ thể dưới đây hồ sơ hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu phải có thêm các chứng từ sau:
a. Chứng từ vận tải chính thức (là chứng từ cuối cùng mà người gửi hàng nhận từ người vận tải. Nếu thanh toán theo phương thức tín dụng thì chứng từ này được ngân hàng chấp nhận thanh toán): 01 bản sao chụp từ bản gốc hoặc bản chính hoặc hoá đơn tài chính đối với hàng hoá bán cho doanh nghiệp chế xuấttrong trường hợp người khai hải quan đề nghị cơ quan hải quan xác nhận thực xuất;
b. Bản kê chi tiết hàng hoá trong trường hợp hàng hoá có nhiều chủng loại hoặc đóng gói không đồng nhất: 01 bản chính;
c. Giấy phép xuất khẩu của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền trong trường hợp hàng hóa phải có giấy phép xuất khẩu theo quy định của pháp luật: 01 bản chính nếu xuất khẩu một lần hoặc bản sao khi xuất khẩu nhiều lần và phải xuất trình bản chính để đối chiếu, lập phiếu theo dõi trừ lùi;
d. Trường hợp hàng hoá thuộc đối tượng được miễn thuế xuất khẩu, phải có:
d.1. Danh mục hàng hóa miễn thuế kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi đã được đăng ký tại cơ quan hải quan, đối với các trường hợp phải đăng ký danh mục theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 101 Thông tư 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu và trừ lùi;
d.2. Giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu kèm theo hợp đồng cung cấp hàng hoá, trong đó có quy định giá trúng thầu hoặc giá cung cấp hàng hoá không bao gồm thuế xuất khẩu (đối với trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu xuất khẩu); hợp đồng uỷ thác xuất khẩu hàng hoá, trong đó có quy định giá cung cấp theo hợp đồng uỷ thác không bao gồm thuế xuất khẩu (đối với trường hợp uỷ thác xuất khẩu): nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu;
d.3. Giấy tờ khác chứng minh hàng hóa xuất khẩu thuộc đối tượng miễn thuế;
d.4. Bảng kê danh mục, tài liệu của hồ sơ đề nghị miễn thuế.
đ. Các chứng từ khác phải có theo quy định của pháp luật liên quan: 01 bản sao.
2. Hồ sơ hải quan điện tử đối với hàng hoá nhập khẩu:
2.1. Tờ khai hải quan điện tử: Bản điện tử;
Trong trường hợp phải xuất trình, nộp bản giấy theo yêu cầu của các cơ quan có thẩm quyền, tờ khai hải quan điện tử và một số chứng từ được in ra giấy theo mẫu quy định, gồm: Tờ khai hải quan điện tử nhập khẩu, Phụ lục tờ khai hải quan điện tử (nếu có), Bản kê (nếu có);
2.2. Hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc các giấy tờ có giá trị pháp lý tương đương hợp đồng: 01 Bản điện tử hoặc bản sao; hợp đồng uỷ thác nhập khẩu hàng hoá (nếu nhập khẩu uỷ thác): nộp 01 bản sao;
Hợp đồng mua bán hàng hoá phải là bản tiếng Việt hoặc bản tiếng Anh, nếu là ngôn ngữ khác thì người khai hải quan phải kèm theo bản dịch ra tiếng Việt và chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung bản dịch.
2.3. Hóa đơn: bản điện tử hoặc 01 bản chính;
2.4. Chứng từ vận tải chính thức (trừ hàng hoá mua bán giữa khu phi thuế quan và nội địa): 01 bản chuyển đổi từ chứng từ giấy sang chứng từ điện tử; 01 bản sao chụp từ bản gốc hoặc sao chụp từ bản chính có ghi chữ copy;
Đối với hàng hoá nhập khẩu qua bưu điện quốc tế nếu không có vận tải đơn thì người khai hải quan khai thông tin mã số gói bưu kiện, bưu phẩm hoặc sử dụng danh mục bưu kiện, bưu phẩm do Bưu điện lập.
Đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ cho hoạt động thăm dò, khai thác dầu khí được vận chuyển trên các tàu dịch vụ (không phải là tàu thương mại) thì sử dụng bản khai hàng hoá (cargo manifest) thay cho vận tải đơn.
2.5. Trong các trường hợp cụ thể dưới đây hồ sơ hải quan điện tử đối với hàng hóa nhập khẩu phải có thêm các chứng từ sau:
a. Bản kê chi tiết hàng hoá trong trường hợp hàng hoá có nhiều chủng loại hoặc đóng gói không đồng nhất: Bản điện tử hoặc 01 bản chính hoặc 01 bản fax, telex, điện báo và các hình thức khác theo quy định của pháp luật;
b. Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc danh mục sản phẩm, hàng hoá phải kiểm tra về chất lượng, kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm, kiểm dịch động thực vật: 01 bản chính của Giấy đăng ký kiểm tra hoặc Giấy thông báo miễn kiểm tra hoặc Giấy thông báo kết quả kiểm tra của cơ quan kiểm tra nhà nước có thẩm quyền;
c. Chứng thư giám định trong trường hợp hàng hoá được thông quan trên cơ sở kết quả giám định: bản điện tử hoặc 01 bản chính;
d. Tờ khai trị giá hàng nhập khẩu trong trường hợp hàng hoá thuộc diện phải khai Tờ khai trị giá: Bản khai điện tử;
đ. Giấy phép nhập khẩu của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền trong trường hợp hàng hóa phải có giấy phép nhập khẩu theo quy định của pháp luật: 01 bản chính nếu nhập khẩu một lần hoặc bản sao khi nhập khẩu nhiều lần và phải xuất trình bản chính để đối chiếu, lập phiếu theo dõi trừ lùi;
e. Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O): bản điện tử hoặc 01 bản chính trong các trường hợp:
e.1. Hàng hoá có xuất xứ từ nước hoặc nhóm nước có thoả thuận về áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt với Việt Nam (trừ hàng hoá nhập khẩu có trị giá FOB không vượt quá 200 USD) theo quy định của pháp luật Việt Nam và theo các Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên, nếu người nhập khẩu muốn được hưởng các chế độ ưu đãi đó;
e.2. Hàng hoá nhập khẩu được Việt Nam và các tổ chức quốc tế thông báo đang ở trong thời điểm có nguy cơ gây hại đến an toàn xã hội, sức khoẻ của cộng đồng hoặc vệ sinh môi trường cần được kiểm soát;
e.3. Hàng hoá nhập khẩu từ các nước thuộc diện Việt Nam thông báo đang ở trong thời điểm áp dụng thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế chống phân biệt đối xử, các biện pháp về thuế để tự vệ, biện pháp hạn ngạch thuế quan;
e.4. Hàng hoá nhập khẩu phải tuân thủ các chế độ quản lý nhập khẩu theo quy định của pháp luật Việt Nam hoặc các Điều ước quốc tế song phương hoặc đa phương mà Việt Nam là thành viên.
C/O đã nộp cho cơ quan hải quan thì không được sửa chữa nội dung hoặc thay thế, trừ trường hợp do chính cơ quan hay tổ chức có thẩm quyền cấp C/O sửa đổi, thay thế trong thời hạn quy định của pháp luật. Trường hợp các Hiệp định về xuất xứ có quy định phải nộp thêm bản sao C/O thì thực hiện theo các Hiệp định đó.
g. Trường hợp hàng hoá thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu nêu tại Điều 100 Thông tư 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009 phải có:
g.1. Danh mục hàng hóa miễn thuế kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi đã được đăng ký tại cơ quan hải quan, đối với các trường hợp phải đăng ký danh mục theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 101 Thông tư 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu và trừ lùi;
g.2. Giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu kèm theo hợp đồng cung cấp hàng hoá, trong đó có quy định giá trúng thầu hoặc giá cung cấp hàng hoá không bao gồm thuế nhập khẩu (đối với trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu nhập khẩu); hợp đồng uỷ thác nhập khẩu hàng hoá, trong đó có quy định giá cung cấp theo hợp đồng uỷ thác không bao gồm thuế nhập khẩu (đối với trường hợp uỷ thác nhập khẩu): nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính lần xuất khẩu đầu tiên để đối chiếu;
g.3. Giấy tờ khác chứng minh hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng miễn thuế;
g.4. Bảng kê danh mục, tài liệu của hồ sơ đề nghị miễn thuế.
h. Tờ khai xác nhận viện trợ không hoàn lại của cơ quan tài chính theo quy định tại Thông tư số 82/2007/TT-BTC ngày 12/7/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ quản lý tài chính nhà nước đối với viện trợ không hoàn lại của nước ngoài thuộc nguồn thu ngân sách nhà nước đối với hàng hoá là hàng viện trợ không hoàn lại thuộc đối tượng không chịu thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng: nộp 01 bản chính.
Trường hợp chủ dự án ODA không hoàn lại, nhà thầu chính thực hiện dự án ODA không hoàn lại thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của pháp luật về thuế thì phải có thêm giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu kèm theo hợp đồng cung cấp hàng hoá, trong đó quy định giá trúng thầu hoặc giá cung cấp hàng hoá không bao gồm thuế nhập khẩu (đối với trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu nhập khẩu); hợp đồng uỷ thác nhập khẩu hàng hoá, trong đó quy định giá cung cấp theo hợp đồng uỷ thác không bao gồm thuế nhập khẩu (đối với trường hợp uỷ thác nhập khẩu): nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu.
i. Giấy đăng ký kinh doanh giống vật nuôi, giống cây trồng do cơ quan quản lý nhà nước cấp đối với giống vật nuôi, giống cây trồng thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính để đối chiếu;
k. Hàng hoá thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng là máy móc, thiết bị, vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ; máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng và vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu, khí đốt; tàu bay, dàn khoan, tàu thuỷ thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu tạo tài sản cố định của doanh nghiệp, thuê của nước ngoài sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và để cho thuê, phải có:
k.1. Giấy báo trúng thầu hoặc giấy chỉ định thầu và hợp đồng bán hàng cho các doanh nghiệp theo kết quả đấu thầu (ghi rõ giá hàng hoá phải thanh toán không bao gồm thuế giá trị gia tăng) đối với hàng hoá thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng do cơ sở trúng thầu hoặc được chỉ định thầu nhập khẩu: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính lần nhập khẩu đầu tiên để đối chiếu;
k.2. Văn bản của cơ quan có thẩm quyền giao nhiệm vụ cho các tổ chức thực hiện các chương trình, dự án, đề tài nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ hoặc hợp đồng khoa học và công nghệ giữa bên đặt hàng với bên nhận đặt hàng thực hiện hợp đồng khoa học và công nghệ kèm theo bản xác nhận của đại diện doanh nghiệp hoặc thủ trưởng cơ quan nghiên cứu khoa học và cam kết sử dụng trực tiếp hàng hoá nhập khẩu cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ đối với trường hợp nhập khẩu để nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ: nộp 01 bản chính;
k.3. Xác nhận và cam kết của đại diện doanh nghiệp về việc sử dụng máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng và vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu, khí đốt: nộp 01 bản chính;
k.4. Xác nhận và cam kết của đại diện doanh nghiệp về việc sử dụng tàu bay, dàn khoan, tàu thuỷ thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp, thuê của nước ngoài sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và để cho thuê: nộp 01 bản chính;
k.5. Hợp đồng thuê ký với nước ngoài đối với trường hợp thuê tàu bay, giàn khoan, tàu thuỷ; loại trong nước chưa sản xuất được của nước ngoài dùng cho sản xuất, kinh doanh và để cho thuê: xuất trình 01 bản chính.
l. Giấy xác nhận hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho quốc phòng của Bộ Quốc phòng hoặc phục vụ trực tiếp cho an ninh của Bộ Công an đối với hàng hoá nhập khẩu là vũ khí, khí tài chuyên dùng phục vụ trực tiếp cho quốc phòng, an ninh thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị giá tăng: nộp 01 bản chính;
m. Bản đăng ký vật tư, nguyên liệu nhập khẩu để trực tiếp sản xuất hàng hoá tiêu thụ trong nước đối với trường hợp nhập khẩu hàng hóa thuộc Danh mục hàng tiêu dùng do Bộ Công thương công bố nhưng sử dụng làm vật tư, nguyên liệu để trực tiếp sản xuất hàng hoá tiêu thụ trong nước. Doanh nghiệp muốn được áp dụng thời hạn nộp thuế 30 ngày cho hàng hóa này thì đăng ký trước khi nhập khẩu với Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử theo mẫu quy định. Khi làm thủ tục hải quan, người khai hải quan không phải nộp bản này, cơ quan hải quan sử dụng bản lưu tại cơ quan hải quan;
n. Các chứng từ khác phải có theo quy định của pháp luật liên quan: bản điện tử hoặc 01 bản sao.
3. Các giấy tờ là bản sao quy định tại Điều này do người đứng đầu thương nhân hoặc người được người đứng đầu thương nhân uỷ quyền xác nhận, ký tên, đóng dấu và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính hợp pháp của các giấy tờ này.
Điều 12. Khai hải quan điện tử
Khi khai hải quan điện tử, người khai hải quan thực hiện:
1. Tạo thông tin khai tờ khai hải quan điện tử, tờ khai trị giá (trường hợp hàng hóa thuộc diện phải khai tờ khai trị giá theo quy định hiện hành) trên Hệ thống khai hải quan điện tử theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định và chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã khai.  
Trường hợp người khai hải quan là đại lý làm thủ tục hải quan phải khai rõ nội dung uỷ quyền.
Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo các loại hình khác nhau thì phải khai trên tờ khai hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo từng loại hình tương ứng.
Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thuộc diện được giảm mức thuế suất so với quy định hoặc hưởng mức thuế xuất ưu đãi đặc biệt người khai hải quan phải khai rõ việc giảm thuế suất hoặc thuế suất ưu đãi đặc biệt theo quy định nào. Việc khai nội dung này thực hiện trên tiêu chí “ghi chép khác” của tờ khai hải quan điện tử. 
2. Gửi tờ khai hải quan điện tử đến cơ quan hải quan.
3. Tiếp nhận thông tin phản hồi của cơ quan hải quan và thực hiện theo hướng dẫn:
3.1. Nhận “Thông báo từ chối tờ khai hải quan điện tử”, thực hiện việc sửa đổi, bổ sung tờ khai hải quan điện tử theo hướng dẫn của cơ quan hải quan. Sau khi sửa đổi, bổ sung tiếp tục gửi đến cơ quan hải quan.
3.2. Nhận “Quyết định hình thức mức độ kiểm tra”; “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” theo một trong các hình thức dưới đây và thực hiện:
a. Chấp nhận thông tin khai tờ khai hải quan điện tử cho phép “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản”.
a.1. Người khai hải quan thực hiện in, ký tên, đóng dấu: Tờ khai hải quan điện tử (02 bản) dựa trên tờ khai hải quan điện tử đã được cơ quan hải quan chấp nhận; Phụ lục tờ khai hải quan điện tử (02 bản) nếu hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có từ 4 mặt hàng trở lên; các Bản kê (02 bản nếu có) (sau đây gọi là Tờ khai hải quan điện tử in).
a.2. Xuất trình tại Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử 02 Tờ khai hải quan điện tử in để xác nhận “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản”, nhận lại 01 Tờ khai hải quan điện tử in, xuất trình cùng hàng hoá tại khu vực giám sát để xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” và làm tiếp các thủ tục;
Hoặc xuất trình 01 Tờ khai hải quan điện tử in cùng hàng hoá để xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” tại khu vực giám sát hải quan có kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Sử dụng tờ khai hải quan điện tử in đã có xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” làm chứng từ đi đường đối với hàng nhập khẩu và làm tiếp thủ tục đối với hàng xuất khẩu.
Trong thời hạn quy định của pháp luật về lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, nếu người khai hải quan có nhu cầu cần xác nhận “Thông quan” trên Tờ khai hải quan điện tử in, người khai hải quan xuất trình 02 tờ khai hải quan điện tử in (01 tờ đã có xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan”) đến Chi cục hải quan nơi tiếp nhận và xử lý hồ sơ hải quan điện tử để xác nhận thông quan hàng hoá.
b. Nộp chứng từ điện tử thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra trước khi cho phép thông quan hàng hoá
Người khai hải quan thực hiện việc tạo thông tin các chứng từ hải quan điện tử theo yêu cầu trên Hệ thống khai hải quan điện tử, gửi đến cơ quan hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và nhận “Quyết định hình thức mức độ kiểm tra”; “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” và thực hiện theo một trong các hình thức dưới đây:
b.1. “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản”: Người khai hải quan thực hiện công việc quy định tại a.1, a.2 Tiết a Điểm 3.2 Khoản 3 Điều này;
b.2. Xuất trình, nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra: người khai hải quan thực hiện các công việc quy định tại Tiết c Điểm 3.2 Khoản 3 Điều này;
 b.3. Xuất trình, nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử và hàng hoá để kiểm tra: người khai hải quan thực hiện các công việc quy định tại Tiết d Điểm 3.2 Khoản 3 Điều này;
c. Xuất trình, nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra trước khi cho phép thông quan hàng hoá:
Nộp, xuất trình 02 Tờ khai hải quan điện tử in cùng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan để Chi cục hải quan nơi hiện thủ tục hải quan điện tử kiểm tra theo yêu cầu; Nhận 01 Tờ khai hải quan điện tử in đã quyết định “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản” và 01 phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy, xuất trình cùng hàng hoá tại khu vực giám sát để kiểm tra, xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” và làm tiếp các thủ tục.
d. Xuất trình, nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử và hàng hoá để kiểm tra;
Nộp, xuất trình 02 Tờ khai hải quan điện tử in cùng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan theo yêu cầu; hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu để Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử kiểm tra, nhận lại và thực hiện theo một trong các trường hợp sau:
d.1. 01 Tờ khai hải quan điện tử in đã quyết định “Cho phép hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu” và 01 phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy, xuất trình cùng hàng hoá tại khu vực giám sát để kiểm tra, xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” làm chứng từ đi đường đối với hàng nhập khẩu xin chuyển cửa khẩu.
d.2. 01 Tờ khai hải quan điện tử in đã quyết định “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản” và 01 phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy, 01 phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hoá, xuất trình cùng hàng hoá tại khu vực giám sát (trừ hàng hoá tại tiết d.1 điểm d khoản 3 Điều này) để kiểm tra, xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” làm chứng từ đi đường đối với hàng nhập khẩu đã kiểm tra thực tế hàng hoá tại cửa khẩu và làm tiếp thủ tục đối với hàng xuất khẩu hoặc lưu người khai hải quan. 
đ. Đối với hàng hóa được Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử cho phép “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản”  tại tiết a, b, c, d Điểm này thì sau khi đã giải phóng hàng hoặc mang hàng hoá về bảo quản người khai hải quan phải tiếp tục thực hiện các yêu cầu của cơ quan hải quan để hoàn thành thủ tục thông quan hàng hoá.
4. Đối với các trường hợp cần xác nhận thực xuất cho lô hàng xuất khẩu, người khai hải quan khai bổ sung thông tin về chứng từ vận tải chính thức hoặc hoá đơn tài chính (đối với hàng hóa xuất khẩu đưa vào doanh nghiệp chế xuất)và nhận “Thông báo đã thực xuất” của cơ quan hải quan.
5. Người khai hải quan được phép chậm nộp/xuất trình bản chính một số chứng từ trong hồ sơ hải quan trừ giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu đối với hàng hoá phải có giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật và phải khai về việc chậm nộp trên tờ khai hải quan điện tử. Người khai hải quan phải khai hoặc nộp hoặc xuất trình các chứng từ theo yêu cầu cơ quan hải quan trong vòng 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan điện tử.
Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quyết định cho phép chậm nộp chứng từ.
6. Khai tờ khai chưa hoàn chỉnh
6.1. Người khai hải quan được phép khai tờ khai hải quan điện tử chưa hoàn chỉnh (được tạo theo các tiêu chí và khuôn dạng quy định tại Khoản 1 Điều này) để làm thủ tục hải quan khi đáp ứng điều kiện sau:
a. Người khai hải quan vẫn phải khai các thông tin chưa hoàn chỉnh trên cơ sở các chứng từ hiện có thuộc hồ sơ hải quan điện tử;
b. Việc xác định mã số hàng hoá không được khác mã số hàng hoá trong tờ khai hải quan điện tử hoàn chỉnh được hoàn tất sau này. Trường hợp hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phải qua phân tích, giám định mới xác định được mã số hàng hoá, Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quyết định từng trường hợp cụ thể;
c. Các thông tin liên quan trực tiếp đến hàng hóa phải khai hoàn chỉnh bao gồm: Thông tin về giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu nếu hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thuộc diện phải có giấy phép, về đáp ứng điều kiện xuất khẩu, nhập khẩu đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu có điều kiện theo quy định của pháp luật; Thông tin về kiểm dịch động thực vật, an toàn vệ sinh thực phẩm và tiêu chuẩn, chất lượng, phải chịu sự kiểm tra của các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành trước khi thông quan.
6.2. Người khai hải quan phải hoàn tất tờ khai hải quan điện tử theo quy định tại Khoản 1 Điều này ngay sau khi có thông tin hoàn chỉnh về hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, trên cơ sở chứng từ thuộc hồ sơ hải quan phải có trong thời hạn quy định của pháp luật, để hoàn thành thủ tục hải quan điện tử.
6.3. Việc chấp nhận tờ khai hải quan điện tử chưa hoàn chỉnh do Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quyết định từng trường hợp cụ thể.
Điều 13. Sửa chữa tờ khai, khai bổ sung hồ sơ hải quan
1. Việc sửa chữa tờ khai, khai bổ sung hồ sơ hải quan được thực hiện trong các trường hợp sau đây:
1.1. Sửa chữa, khai bổ sung hồ sơ hải quan trước thời điểm kiểm tra thực tế hàng hoá hoặc trước khi quyết định miễn kiểm tra thực tế hàng hoá;
1.2. Sửa chữa, khai bổ sung khi hàng hoá đã được “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản” nhưng phải trong thời hạn sáu mươi ngày và trước khi cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra sau thông quan, nếu việc sửa chữa, bổ sung nội dung tờ khai hải quan điện tử không ảnh hưởng đến chính sách quản lý xuất khẩu, nhập khẩu và chính sách thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu;
1.3. Khai bổ sung hồ sơ hải quan trong thời hạn sáu mươi ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan đối với các nội dung có sai sót gây ảnh hưởng đến số tiền thuế phải nộp, nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau đây:
a. Sai sót do người nộp thuế, người khai hải quan tự phát hiện, tự giác khai báo với cơ quan hải quan;
b. Thời điểm khai báo trong thời hạn sáu mươi ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhưng trước khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế;
c. Có sai sót về tính toán số tiền thuế phải nộp; sai sót về trị giá, xuất xứ, mã số, mức thuế suất, số tiền thuế phải nộp trên hồ sơ hải quan đã nộp cho cơ quan hải quan;
d. Người khai hải quan, người nộp thuế phải có đủ cơ sở chứng minh và cơ quan hải quan có đủ cơ sở, điều kiện kiểm tra, xác định tính trung thực, chính xác và hợp pháp của việc khai bổ sung.
2. Nội dung sửa chữa, khai bổ sung bao gồm:
2.1. Khai bổ sung thông tin làm cơ sở xác định các yếu tố, căn cứ tính thuế hoặc xác định đối tượng không chịu thuế; hoặc xác định đối tượng miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế;
2.2. Khai bổ sung số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế đã nộp, số tiền thuế chênh lệch còn phải nộp hoặc số tiền thuế chênh lệch nộp thừa (nếu có), số tiền phạt chậm nộp của số tiền thuế khai bổ sung (nếu người nộp thuế đã nộp tiền thuế khai bổ sung quá thời hạn nộp thuế) đối với từng mặt hàng và của cả tờ khai hải quan; cam kết về tính chính xác, hợp pháp của chứng từ, hồ sơ khai bổ sung;
2.3. Khai sửa chữa, bổ sung thông tin khác trên tờ khai hải quan.
3. Thủ tục sửa chữa, khai bổ sung:
Khi sửa chữa, khai bổ sung theo quy định tại Khoản 1 Điều này, người khai hải quan tạo thông tin sửa chữa, bổ sung trên Tờ khai hải quan điện tử, nêu rõ lý do sửa chữa, bổ sung; gửi đến cơ quan hải quan; nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” và thực hiện các yêu cầu tại thông báo hướng dẫn thủ tục hải quan.
Trường hợp phải xuất trình, nộp bản giấy theo yêu cầu của các cơ quan có thẩm quyền, tờ khai hải quan điện tử và một số chứng từ được in ra giấy theo mẫu quy định, gồm:
- Tờ khai hải quan điện tử, Phụ lục tờ khai hải quan điện tử (nếu có), Bản kê (nếu có);
- Tờ khai hải quan điện tử bổ sung trong trường hợp cơ quan hải quan đã xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” hoặc “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản” hoặc “Hàng chuyển cửa khẩu”.
4. Xử lý hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung:
Khi tiếp nhận thông tin khai sửa chữa, bổ sung Cơ quan hải quan thực hiện phân luồng theo một trong các hình thức sau:
4.1. Chấp nhận cho phép sửa chữa, bổ sung trên cơ sở thông tin khai;
4.2. Kiểm tra hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung trước khi quyết định cho phép sửa chữa, khai bổ sung.
Công chức hải quan khi tiếp nhận hồ sơ sửa chữa, bổ sung thực hiện như sau:
a. Kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung và thông báo kết quả kiểm tra trên “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử”; Trường hợp kết quả khai bổ sung được in ra chứng từ giấy cơ quan hải quan trả cho người khai hải quan 01 bản, lưu 01 bản;
b. Thông báo kết quả kiểm tra hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung trong thời hạn sau đây:
b.1. Trong thời hạn tám giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận đủ hồ sơ sửa chữa, khai bổ sung đối với trường hợp sửa chữa, khai bổ sung trước thời điểm cơ quan hải quan kiểm tra thực tế hàng hóa hoặc quyết định miễn kiểm tra thực tế hàng hóa;
b.2. Trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ khai bổ sung đối với trường hợp khai bổ sung trong thời hạn sáu mươi ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhưng trước khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thuế, thanh tra thuế, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của người khai hải quan, người nộp thuế.
Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử xem xét, quyết định cho sửa chữa, khai bổ sung hồ sơ hải quan điện tử. 
5. Trường hợp người khai hải quan, người nộp thuế tự phát hiện hồ sơ hải quan đã nộp có sai sót (sai sót về tính toán số tiền thuế phải nộp; sai sót về trị giá, xuất xứ, mã số, mức thuế suất, số tiền thuế phải nộp, các thông tin trong tờ khai); tự giác khai báo trước khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thuế, thanh tra thuế, kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của người khai hải quan, người nộp thuế nhưng quá thời hạn sáu mươi ngày, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan; người khai hải quan, người nộp thuế có đủ cơ sở chứng minh và cơ quan hải quan có đủ cơ sở, điều kiện kiểm tra, xác định tính chính xác và hợp pháp của việc khai báo thì xử lý như sau:
5.1. Người khai hải quan, người nộp thuế thực hiện việc kê khai như trường hợp khai bổ sung hướng dẫn tại Khoản 1 Điều này; thực hiện các công việc tại Khoản 3 Điều này, chấp hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính của cơ quan hải quan;
5.2. Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ kê khai của người khai hải quan, người nộp thuế như trường hợp khai bổ sung hướng dẫn tại điểm Khoản 4 Điều này; xử lý vi phạm hành chính theo quy định và làm tiếp các thủ tục theo quy định.
Điều 14. Hủy tờ khai hải quan
1. Các trường hợp huỷ tờ khai hải quan:
1.1. Tờ khai hải quan điện tử đã đăng ký nhưng quá thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan mà không xuất trình hồ sơ hải quan điện tử trong trường hợp phải xuất trình hồ sơ hải quan điện tử;
1.2. Quá thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan màngười khai hải quan chưa xuất trình hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải kiểm tra thực tế để cơ quan hải quan kiểm tra.
1.3. Tờ khai hải quan đã đăng ký, hàng hoá được miễn kiểm tra thực tế nhưng quá thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan mà không có hàng xuất khẩu, nhập khẩu. Cụ thể:
a. Quá thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hàng hoá xuất khẩu mà người khai hải quanchưa đưa hàng đến khu vực giám sát hải quan để xuất khẩu (hoặc chưa đưa hàng đến cửa khẩu xuất);
b. Quá thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hàng hoá nhập khẩu mà chưa có hàng hoá đến cửa khẩu nhập.
1.4. Tờ khai hải quan điện tử đã đăng ký nhưng Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố hoặc có các sự cố ngoài Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan mà không thực hiện được tiếp thủ tục hải quan điện tử;
1.5. Người khai hải quan đề nghị huỷ tờ khai hải quan đã đăng ký.
2. Khi huỷ tờ khai theo các trường hợp quy định Khoản 1 Điều này, người khai hải quan tạo thông tin huỷ tờ khai theo đúng khuôn dạng tại Mẫu thông tin huỷ tờ khai, nêu rõ lý do, gửi đến cơ quan hải quan, nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử”, và thực hiện các yêu cầu tại thông báo hướng dẫn thủ tục hải quan.
Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử xem xét quyết định cho huỷ tờ khai hải quan điện tử. 
3. Trình tự thủ tục huỷ tờ khai hải quan:
3.1. Cơ quan hải quan thực hiện việc huỷ và lưu lại toàn bộ dữ liệu trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan của tờ khai đã đăng ký;
3.2. Người khai hải quan phải nộp cho cơ quan hải quan 01 tờ khai hải quan; các Phụ lục tờ khai, các bản kê, và Phiếu kiểm tra hồ sơ giấy, Phiếu kiểm tra hàng hoá (nếu có) trong trường hợp Tờ khai hải quan điện tử in đã được xác nhận “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản” hoặc “Hàng chuyển cửa khẩu”;
Công chức hải quan tiếp nhận thực hiện gạch chéo bằng mực đỏ, ký tên, đóng dấu công chức lên tờ khai hải quan điện tử in được huỷ.
3.3. Cơ quan hải quan lưu Tờ khai hải quan điện tử in đã được huỷ (nếu có) theo thứ tự số đăng ký tờ khai hải quan.
Điều 15. Thay tờ khai hải quan
1. Thay tờ khai hải quan chỉ thực hiện khi thay đổi loại hình xuất khẩu, nhập khẩu và phải thực hiện trước thời điểm hàng hoá ra khỏi khu vực giám sát hải quan.
2. Khi thay tờ khai theo quy định Khoản 1 Điều này, người khai hải quan tạo thông tin thay tờ khai theo đúng khuôn dạng tại Mẫu thông tin thay tờ khai, nêu rõ lý do, gửi đến cơ quan hải quan, nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử”, và thực hiện các yêu cầu tại thông báo hướng dẫn thủ tục hải quan.
Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử xem xét quyết định cho thay tờ khai hải quan điện tử.
3. Trình tự thủ tục thay tờ khai hải quan:
3.1. Cơ quan hải quan thực hiện việc huỷ tờ khai đã đăng ký trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo quy định tại Khoản 3 Điều 14 Thông tư này;
3.2. Người khai hải quan thực hiện việc khai tờ khai hải quan điện tử mới thay thế cho tờ khai đã huỷ với loại hình khác.
Điều 16. Kiểm tra, tiếp nhận đăng ký tờ khai hải quan điện tử
1. Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan kiểm tra, tiếp nhận đăng ký tờ khai hải quan điện tử.
Trường hợp có yêu cầu, công chức hải quan trực tiếp kiểm tra sơ bộ nội dung khai của người khai hải quan cụ thể:
1.1. Kiểm tra tên hàng, đơn vị tính, mã số:
a. Tên hàng phải đầy đủ, chi tiết ký mã hiệu, nhãn hiệu, xuất xứ hàng hoá, tên hàng khai báo là tên thương mại thông thường kèm theo các đặc trưng cơ bản về hàng hoá, như: cấu tạo, vật liệu cấu thành, thành phần, hàm lượng, công suất, kích cỡ, kiểu dáng, công dụng, nhãn hiệu, đáp ứng được yêu cầu về phân loại và xác định các yếu tố ảnh hưởng, liên quan đến việc xác định trị giá tính thuế của hàng hóa.
Ví dụ: Mặt hàng xe máy, ô tô cần có các thông tin về nhãn hiệu xe, hãng sản xuất, nước sản xuất, kiểu dáng, dung tích xi lanh, model, ký mã hiệu khác...;
b. Đơn vị tính: phải được định lượng rõ ràng theo đơn vị đo lường (như m, kg,...), trường hợp không định lượng được rõ ràng (như thùng, hộp...) thì phải tiến hành quy đổi tương đương (như thùng có bao nhiêu hộp, mỗi hộp bao nhiêu kg, bao nhiêu gói, chiếc...);
c. Đối chiếu sự phù hợp giữa tên hàng và mã số hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
 1.2. Kiểm tra việc khai đủ các tiêu chí của tờ khai hải quan điện tử.
Công chức hải quan thực hiện việc kiểm tra căn cứ kết quả kiểm tra để quyết định việc đăng ký thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
2. Trường hợp không chấp nhận, cơ quan hải quan gửi “Thông báo từ chối tờ khai hải quan điện tử” trong đó nêu rõ lý do.
3. Đối với tờ khai hải quan điện tử được chấp nhận, cơ quan hải quan cấp số tờ khai hải quan điện tử và phân luồng theo một trong các hình thức sau:
3.1. Chấp nhận thông tin khai tờ khai hải quan điện tử cho phép “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hoá về bảo quản”.
3.2. Nộp chứng từ điện tử thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra trước khi cho phép thông quan hàng hoá. Công chức hải quan tiếp nhận, kiểm tra chứng từ, cập nhật kết quả kiểm tra vào hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan; Quyết định thông quan hàng hoá hoặc chuyển đến các khâu nghiệp vụ khác theo quy định.
3.3. Xuất trình, nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra trước khi cho phép thông quan hàng hoá. Công chức hải quan tiếp nhận, kiểm tra chứng từ cập nhật kết quả kiểm tra vào hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan; in 02 phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy theo mẫu “Phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy”, ký tên, đóng dấu công chức và yêu cầu người khai hải quan ký, ghi rõ họ tên; giao người khai hải quan 01 bản cùng 01 Tờ khai hải quan điện tử in; 01 bản lưu hồ sơ. Quyết định thông quan hàng hoá hoặc chuyển đến các khâu nghiệp vụ khác theo quy định.
3.4. Xuất trình, nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử và hàng hoá để kiểm tra;
Công chức hải quan tiếp nhận, kiểm tra chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan thực hiện theo quy định tại Khoản 3.3 Điều này.
Công chức hải quan kiểm tra thực tế hàng hoá, cập nhật kết quả kiểm tra vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan; in 02 phiếu ghi kết quả kiểm tra hàng hóa theo mẫu “Phiếu ghi kết quả kiểm tra hàng hóa”, ký tên, đóng dấu công chức và yêu cầu người khai hải quan ký, ghi rõ họ tên; giao người khai hải quan 01 bản cùng 01 Tờ khai hải quan điện tử in; 01 bản lưu hồ sơ. Quyết định thông quan hàng hoá hoặc chuyển đến các khâu nghiệp vụ khác theo quy định.
Điều 17. Quản lý giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá
1. Người khai hải quan điện tử được lựa chọn hình thức xuất trình giấy phép để Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quản lý, kiểm tra, theo dõi trừ lùi trực tiếp trên giấy phép hoặc quản lý, kiểm tra, theo dõi trừ lùi trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
2. Quản lý, kiểm tra, theo dõi trừ lùi giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan
2.1. Trước hoặc ngay khi khai tờ khai hải quan điện tử để xuất khẩu, nhập khẩu lô hàng đầu tiên theo Giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa (bao gồm cả Bản trích giấy phép từ Giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu đã đăng ký tại Chi cục hải quan khác), người khai hải quan phải khai giấy phép theo các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định tại Mẫu Giấy phép Phụ lục I Thông tư này.
Khi khai giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu người khai hải quan phải xác định mã số hàng hóa theo danh mục Biểu thuế xuất khẩu, nhập khẩu cho tất cả hàng hóa trong giấy phép. Trường hợp giấy phép không thể hiện cụ thể từng loại hàng theo danh mục biểu thuế xuất khẩu, nhập khẩu, người khai hải quan tự xác định mã tham chiếu cho hàng hóa trong giấy phép. Mã tham chiếu đã xác định được sử dụng thống nhất cho tất cả các tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu thuộc giấy phép cho đến khi giấy phép hết hiệu lực. Khi khai tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa, người khai hải quan phải khai mã tham chiếu tương ứng với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Trường hợp cơ quan hải quan yêu cầu, công chức hải quan thực hiện kiểm tra giấy phép, nếu chấp nhận thì xác nhận trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, lưu giữ Giấy phép tại Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử đối vớí trường hợp Giấy phép xuất nhập khẩu một lần hoặc xác nhận “Đã đăng ký làm thủ tục hải quan điện tử, không sử dụng để làm thủ tục hải quan tại các Chi cục khác” ký tên, đóng dấu công chức vào Giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu, trả lại cho người khai hải quan lưu giữ trong trường hợp Giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa nhiều lần.
Giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa đã đăng ký tại Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử không sử dụng để làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan khác. Trường hợp phải làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan khác, người khai hải quan sử dụng Bản trích giấy phép. Bản trích giấy phép có thể cho lô hàng cụ thể hoặc cho cả thời kỳ tuỳ theo kế hoạch xuất khẩu, nhập khẩu của người khai hải quan. Chi cục hải quan khác thực hiện theo dõi Bản trích giấy phép, cấp phiếu theo dõi, trừ lùi theo quy định hiện hành.
Khi cần trích giấy phép, người khai hải quan phải tạo thông tin khai Giấy phép trích và gửi đến Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Trường hợp thông tin khai được chấp nhận, người khai hải quan in bản trích giấy phép theo mẫu “Bản trích giấy phép”, ký tên đóng dấu xuất trình cho Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận và xử lý tờ khai điện tử
2.2.  Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử căn cứ mã số hàng hóa theo danh mục Biểu thuế xuất khẩu, nhập khẩu hoặc mã tham chiếu do người khai hải quan xác định và các nội dung trong giấy phép để theo dõi giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá của người khai hải quan.
Đội trưởng đội thủ tục quyết định chấp nhận trích giấy phép, ký, đóng dấu công chức trên bản trích giấy phép
Trường hợp không chấp nhận thông tin khai hoặc không chấp nhận trích giấy phép, cơ quan hải quan có thông báo trả lời, nêu rõ lý do.
Điều 18. Kiểm tra hồ sơ hải quan điện tử
1. Hình thức, mức độ kiểm tra
1.1. Hình thức kiểm tra hồ sơ hải quan: Kiểm tra chứng từ điện tử trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (bao gồm cả chứng từ chuyển đổi từ chứng từ giấy); Kiểm tra chứng từ giấy;
1.2. Mức độ kiểm tra: Miễn kiểm tra; kiểm tra một nội dung của hồ sơ (Ví dụ: kiểm tra nội dung về mã số, trị giá hải quan ...), một loại chứng từ tới toàn bộ chứng từ;
1.3. Hình thức, mức độ kiểm tra được xác định theo quy định tại Khoản 4 Điều 4 Thông tư này.
2. Nội dung kiểm tra
Kiểm tra nội dung khai trên tờ khai hải quan điện tử, chứng từ thuộc hồ sơ hải quan điện tử, đối chiếu nội dung khai với các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan điện tử; kiểm tra sự phù hợp giữa nội dung khai với quy định pháp luật.
Điều 19. Kiểm tra thực tế hàng hoá
1.Hình thức, mức độ kiểm tra
1.1. Hình thức kiểm tra thực tế hàng hoá: Do công chức hải quan trực tiếp thực hiện; bằng máy móc, thiết bị kỹ thuật, các biện pháp nghiệp vụ khác;
1.2. Mức độ kiểm tra: Miễn kiểm tra; kiểm tra một phần lô hàng tới toàn bộ lô hàng;
1.3. Hình thức, mức độ kiểm tra được xác định theo quy định tại Khoản 4 Điều 4 Thông tư này.
2. Nội dung kiểm tra thực tế hàng hoá
Kiểm tra tên hàng, mã số, số lượng, trọng lượng, chủng loại, chất lượng, xuất xứ của hàng hoá; đối chiếu sự phù hợp giữa thực tế hàng hoá với hồ sơ hải quan điện tử.
Điều 20. Nội dung kiểm tra trong quá trình thông quan
1. Kiểm tra xác định tên hàng, mã số hàng hoá: Kiểm tra tên hàng, mã số hàng hoá theo quy định tại Thông tư của Bộ Tài chính hướng dẫn phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
2. Kiểm tra để xác định lượng hàng hoá
2.1. Đối với mặt hàng thông thường, cơ quan hải quan ưu tiên sử dụng các phương tiện thiết bị để thực hiện kiểm tra về lượng hàng; Nếu có dấu hiệu vi phạm về số lượng, trọng lượng hàng hoá thì công chức Hải quan trực tiếp kiểm tra hàng hoá để xác định chính xác.
2.2. Đối với những mặt hàng mà phương tiện thiết bị của cơ quan hải quan (máy soi công ten nơ, cân điện tử, thiết bị đo lường khác) hoặc trực tiếp công chức hải quan kiểm tra hàng hoá không xác định được lượng hàng (như hàng lỏng, hàng rời, lô hàng có lượng hàng lớn,...) hoặc có cơ sở xác định việc kiểm tra không thể thực hiện được bằng phương tiện thiết bị của hải quan hoặc kiểm tra trực tiếp của công chức hải quan thì cơ quan hải quan căn cứ vào kết quả giám định của thương nhân kinh doanh dịch vụ giám định để xác định.
Thương nhân thực hiện giám định phải đủ điều kiện tiêu chẩn theo quy định của Luật thương mại, phù hợp với yêu cầu giám định cụ thể và chịu trách nhiệm trước pháp luật về kết quả giám định của mình.
3. Kiểm tra để xác định chất lượng hàng hoá
3.1. Đối với hàng hoá nhập khẩu thuộc danh mục sản phẩm, hàng hoá phải kiểm tra chất lượng:
Cơ quan hải quan căn cứ giấy đăng ký kiểm tra chất lượng hoặc giấy thông báo lô hàng miễn kiểm tra (chỉ kiểm tra hồ sơ) hoặc thông báo kết quả kiểm tra chất lượng, kết quả kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm, kết quả kiểm dịch đủ kiều kiện nhập khẩu để làm thủ tục hải quan.
3.2. Đối với hàng hoá không thuộc danh mục sản phẩm, hàng hoá phải kiểm tra nhà nước về chất lượng:
a. Trường hợp bằng phương tiện và thiết bị của mình, cơ quan hải quan không xác định được chất lượng hàng hoá để áp dụng chính sách quản lý xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá hoặc có cơ sở xác định việc kiểm tra không thể thực hiện được bằng máy móc, phương tiện kỹ thuật của cơ quan hải quan hoặc kiểm tra trực tiếp của công chức hải quan thì cơ quan hải quan cùng với người khai hải quan thống nhất lựa chọn thương nhân giám định thực hiện giám định. Kết luận của thương nhân giám định có giá trị để các bên thực hiện. Việc giám định có thể được thực hiện trên mẫu hoặc tài liệu kỹ thuật (catalog,...);
Thương nhân thực hiện giám định phải đủ điều kiện tiêu chẩn theo quy định của Luật Thương mại, phù hợp với yêu cầu giám định cụ thể và chịu trách nhiệm trước pháp luật về kết quả giám định của mình.
b. Trường hợp người khai hải quan và cơ quan hải quan không thống nhất được trong việc lựa chọn thương nhân giám định thì cơ quan hải quan lựa chọn tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra phục vụ quản lý nhà nước hoặc thương nhân giám định (đối với trường hợp tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra có văn bản từ chối). Kết luận của tổ chức kỹ thuật được chỉ định kiểm tra phục vụ quản lý nhà nước hoặc thương nhân giám định có giá trị để các bên thực hiện. Nếu người khai hải quan không đồng ý với kết luận này thì thực hiện khiếu nại theo quy định của pháp luật.
4. Kiểm tra để xác định xuất xứ hàng hoá.
Kiểm tra xuất xứ hàng hoá căn cứ vào thực tế hàng hoá, hồ sơ hải quan, những thông tin có liên quan đến hàng hoá và quy định tại Điều 15 Nghị định số 19/2006/NĐ-CP ngày 20/02/2006 của Chính phủ, các văn bản hướng dẫn có liên quan. Kết quả kiểm tra xử lý như sau:
4.1. Trường hợp xuất xứ thực tế của hàng hoá nhập khẩu khác với xuất xứ khai báo của người khai hải quan, nhưng vẫn thuộc nước, vùng lãnh thổ thực hiện đối xử tối huệ quốc với Việt Nam thì cơ quan hải quan vẫn áp dụng thuế suất ưu đãi theo quy định, nhưng tuỳ tính chất, mức độ vi phạm để xem xét xử lý theo quy định của pháp luật;
4.2. Trong trường hợp có nghi ngờ về xuất xứ hàng hoá, cơ quan Hải quan yêu cầu người khai hải quan cung cấp thêm các chứng từ để chứng minh hoặc đề nghị cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu xác nhận. Việc kiểm tra xác minh xuất xứ hàng hoá phải được hoàn thành trong vòng một trăm năm mươi ngày, kể từ ngày người khai hải quan nộp bộ hồ sơ đầy đủ và hợp lệ. Trong khi chờ kết quả kiểm tra, hàng hoá không được hưởng ưu đãi thuế quan nhưng vẫn được thông quan theo thủ tục hải quan thông thường;
Thời gian xem xét giải quyết các vướng mắc về xuất xứ hàng hoá, xem xét chấp nhận C/O không quá ba trăm sáu mươi lăm ngày kể từ ngày C/O được nộp cho cơ quan hải quan hoặc kể từ ngày cơ quan hải quan nghi ngờ có sự gian lận vi phạm về xuất xứ hàng hoá.
4.3. Trường hợp người khai hải quan nộp C/O cấp cho cả lô hàng nhưng chỉ nhập khẩu một phần của lô hàng thì cơ quan hải quan chấp nhận C/O đó đối với phần hàng hoá thực nhập.
5. Kiểm tra thuế bao gồm các nội dung:
5.1. Kiểm tra điều kiện để áp dụng thời hạn nộp thuế hoặc áp dụng các biện pháp cưỡng chế thuế theo quy định của pháp luật thuế;
5.2. Kiểm tra các căn cứ để xác định hàng hoá không thuộc đối tượng chịu thuế trong trường hợp người khai hải quan khai hàng hoá không thuộc đối tượng chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hoặc thuế giá trị gia tăng hoặc thuế tiêu thụ đặc biệt;
5.3. Kiểm tra các căn cứ để xác định hàng hoá thuộc đối tượng miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế trong trường hợp người khai hải quan khai hàng hoá thuộc đối tượng miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế;
5.4. Kiểm tra các căn cứ tính thuế để xác định số tiền thuế phải nộp, việc tính toán số tiền thuế phải nộp trong trường hợp hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế trên cơ sở kết quả kiểm tra nêu tại Khoản 1, 2, 3, 4 Điều này, kết quả kiểm tra, xác định trị giá tính thuế theo các quy định tại Điều 21 Thông tư này, các quy định hiện hành về xác định trị giá hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và các căn cứ khác có liên quan.
Điều 21. Trị giá hải quan
Trị giá hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Thông tư số 40/2008/TT-BTC ngày 21/5/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 40/2007/NĐ-CP ngày 16/3/2007 của Chính phủ quy định về việc xác định trị giá hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. Riêng việc kiểm tra trị giá tính thuế thực hiện theo quy định sau đây:
1. Kiểm tra trị giá tính thuế khâu thông quan.
1.1. Nguyên tắc, đối tượng kiểm tra:
a. Đối tượng kiểm tra: Là hồ sơ hải quan điện tử, các tài liệu có liên quan đến việc xác định trị giá tính thuế của hàng hóa thuộc diện phải kiểm tra hồ sơ  giấy hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa.
b. Nguyên tắc kiểm tra:
b.1. Áp dụng theo quy định tại Điểm b Khoản 1 Mục I Phần III Thông tư số 40/2008/TT-BTC ngày 21/5/2008 của Bộ Tài chính.
b.2. Hình thức, mức độ kiểm tra
Trên cơ sở quản lý rủi ro, hình thức, mức độ kiểm tra trị giá tính thuế được quyết định theo một trong các mức sau:
b.2.1. Kiểm tra trị giá tính thuế trên cơ sở thông tin tờ khai hải quan điện tử, Tờ khai trị giá.
b.2.2. Kiểm tra trị giá tính thuế trên cơ sở tờ khai hải quan điện tử in và các chứng từ đi kèm tờ khai ở dạng văn bản giấy.
b.3. Thẩm quyền quyết định hình thức, mức độ kiểm tra trị giá tính thuế, áp dụng các khoản bảo đảm, tham vấn và tổ chức thực hiện.
Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quyết định hình thức, mức độ kiểm tra trị giá tính thuế, áp dụng các khoản bảo đảm, tham vấn và tổ chức thực hiện.
Việc quyết định của Chi cục trưởng hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử phải tuân thủ theo nguyên tắc áp dụng quản lý rủi ro về trị giá trên cơ sở Danh mục các mặt hàng quản lý rủi ro về giá và Danh mục mặt hàng trọng điểm quy định tại Thông tư số 40/2008/TT-BTC ngày 21/5/2008 của Bộ Tài chính hoặc trên cơ sở thông tin tại thời điểm quyết định, được thể hiện bằng:
- Quyết định cập nhật Danh mục các mặt hàng quản lý rủi ro về giá và Danh mục mặt hàng trọng điểm vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để phân luồng hồ sơ hải quan;  hoặc
- Trực tiếp quyết định trên hệ thống khi có thông tin nghi vấn về trị giá tính thuế.
1.2. Kiểm tra trị giá:   
a. Kiểm tra trị giá tính thuế trên cơ sở thông tin tờ khai hải quan điện tử, tờ khai trị giá và cơ sở dữ liệu giá tại thời điểm kiểm tra trị giá.
a.1. Nội dung kiểm tra.
Kiểm tra toàn bộ các tiêu chí ghi trên tờ khai hải quan điện tử, tờ khai trị giá, trong đó cần kiểm tra kỹ các tiêu chí sau:
Tên hàng phải đầy đủ ký mã hiệu, nhãn hiệu, là tên thương mại thông thường kèm theo các đặc trưng cơ bản về hàng hoá, như: cấu tạo, vật liệu cấu thành, thành phần, hàm lượng, công suất, kích cỡ, kiểu dáng, công dụng, nhãn hiệu, xuất xứ..., đáp ứng được yêu cầu về  phân loại và xác định các yếu tố ảnh hưởng, liên quan đến việc xác định trị giá tính thuế của hàng hóa phù hợp với các tiêu chí trên Tờ khai trị giá.
Ví dụ: Mặt hàng xe máy, ô tô cần có các thông tin về nhãn hiệu xe, hãng sản xuất, nước sản xuất, kiểu dáng, dung tích xi lanh, model, ký mã hiệu khác.
Đơn vị tính: phải được định lượng rõ ràng theo đơn vị đo lường (như m, kg,...), trường hợp không định lượng được rõ ràng (như thùng, hộp...) thì phải tiến hành quy đổi tương đương (như thùng có bao nhiêu hộp, mỗi hộp bao nhiêu kg, bao nhiêu gói, chiếc...).
Kiểm tra tính chính xác, trung thực của trị giá khai báo theo quy định tại Điểm đ Khoản 2 Mục I Phần III Thông tư số 40/2008/TT-BTC ngày 21/5/2008 của Bộ Tài chính.
a.2. Xử lý kết quả kiểm tra:
a.2.1. Chấp nhận trị giá.
Cơ quan hải quan chấp nhận trị giá tính thuế khi kết quả kiểm tra không thuộc các trường hợp tại a.2.2. Điểm này.
 Trường hợp kết quả kiểm tra có nghi vấn sai phạm theo quy định tại Tiết a.4, a.5, a.6 Điểm a Khoản 3 Mục I Phần III Thông tư số 40/2008/TT-BTC ngày 21/5/2008 của Bộ Tài chính nhưng chưa đủ cơ sở để kết luận và không có nghi vấn về mức giá thì cơ quan hải quan vẫn chấp nhận mức giá đồng thời chuyển các nghi vấn sai phạm sang khâu sau thông quan.
a.2.2. Chuyển luồng kiểm tra trị giá tính thuế sang mức kiểm tra trên cơ sở Tờ khai hải quan điện tử in và các chứng từ đi kèm tờ khai ở dạng văn bản giấy, nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
- Tên hàng khai báo không cụ thể, rõ ràng theo quy định nêu trên;
- Phát hiện các sai phạm theo quy định tại tiết a.4, a.5, a.6 Điểm a Khoản 3 Mục I Phần III Thông tư số 40/2008/TT-BTC ngày 21/5/2008 của Bộ Tài chính;
- Có nghi vấn về mức giá.
b. Kiểm tra trị giá tính thuế trên cơ sở Tờ khai hải quan điện tử in và các chứng từ đi kèm tờ khai ở dạng văn bản giấy.
Thực hiện theo quy định tại mục I phần III Thông tư số 40/2008/TT-BTC ngày 21/5/2008 của Bộ Tài chính.
2. Kiểm tra trị giá tính thuế khâu sau thông quan:
Thực hiện kiểm tra sau thông quan về trị giá theo quy định tại Mục II Phần III Thông tư số 40/2008/TT-BTC ngày 21/5/2008 của Bộ Tài chính.
Điều 22. Lấy mẫu, lưu mẫu, lưu hình ảnh hàng hoá nhập khẩu
1. Hình thức lấy mẫu: lấy mẫu hiện vật, chụp ảnh.
2. Việc lấy mẫu hàng hoá nhập khẩu thực hiện trong các trường hợp sau:
2.1. Người khai hải quan có yêu cầu lấy mẫu để phục vụ việc khai hải quan;
2.2. Hàng hoá phải lấy mẫu theo yêu cầu quản lý của cơ quan hải quan, gồm: nguyên vật liệu nhập khẩu để gia công, để sản xuất hàng xuất khẩu; sản phẩm gia công xuất khẩu; hàng xuất khẩu bị trả lại để tái chế (trừ hàng hoá không thể lấy mẫu được, hàng hoá khó bảo quản, hàng tươi sống, nguyên liệu bị thay đổi bản chất ban đầu sau khi sản xuất, kim khí quý, đá quý);
2.3. Hàng hoá nhập khẩu phải lấy mẫu để phục vụ phân tích, giám định theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
3. Việc lấy mẫu do Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quyết định đối với các trường hợp cụ thể.
4. Thủ tục lấy mẫu
4.1. Việc lấy mẫu căn cứ vào phiếu yêu cầu của người khai hải quan hoặc cơ quan hải quan. Phiếu lấy mẫu được lập thành hai bản, một bản lưu cùng mẫu, một bản lưu tại đơn vị yêu cầu lấy mẫu. Tổng cục Hải quan quy định mẫu phiếu này.
4.2. Khi lấy mẫu phải có đại diện chủ hàng và đại diện cơ quan hải quan; mẫu phải được hai bên ký xác nhận và niêm phong. Trường hợp là hình ảnh thì ảnh phải ghi số tờ khai hải quan, có chữ ký và đóng dấu số hiệu của công chức hải quan và chữ ký của chủ hàng vào mặt sau của ảnh, lưu cùng hồ sơ hải quan.
4.3. Khi bàn giao mẫu phải có biên bản bàn giao và ký xác nhận.
4.4. Nguyên vật liệu nhập khẩu để gia công, sản xuất hàng xuất khẩu, được chuyển cửa khẩu, được miễn kiểm tra thực tế hàng hoá, nhưng thuộc diện phải lấy mẫu được lấy mẫu tại hải quan cửa khẩu hoặc nhà máy, xí nghiệp, cơ sở sản xuất. Nội dung lấy mẫu được thể hiện trên Tờ khai hải quan điện tử in.
4.5. Trường hợp người khai hải quan có yêu cầu lấy mẫu tại cửa khẩu, Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử hoặc Chi cục hải quan cửa khẩu thực hiện việc lấy mẫu theo quy định.
4.6. Trường hợp doanh nghiệp có yêu cầu lấy mẫu tại nhà máy, xí nghiệp, cơ sở sản xuất thì thực hiện thủ tục chuyển cửa khẩu theo quy định. Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận và xử lý tờ khai điện tử thực hiện việc lấy mẫu.
 Mẫu chỉ lấy ở mức tối thiểu cần thiết.
5. Nơi lưu mẫu:
5.1. Trung tâm phân tích, phân loại (đối với mẫu do Trung tâm phân tích, phân loại tiến hành phân tích);
5.2. Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử (đối với các trường hợp Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử lấy mẫu để giải quyết các nghiệp vụ có liên quan đến mẫu, các trường hợp là hình ảnh thì ngoài việc lưu ảnh giấy, còn được lưu trong hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan);
5.3. Doanh nghiệp (đối với nguyên liệu nhập khẩu để gia công, sản xuất xuất khẩu; hàng tái chế).
6. Thời gian lưu mẫu
6.1. Mẫu lưu tại Trung tâm Phân tích, phân loại hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và/hoặc Chi cục hải quan nơi thực hiện hiện thủ tục hải quan điện tử được lưu trong thời hạn chín mươi ngày tính từ ngày thông quan hàng hoá. Trường hợp có tranh chấp, khiếu nại thì lưu đến khi giải quyết xong tranh chấp, khiếu nại.
6.2. Mẫu nguyên liệu gia công, nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu, hàng tái chế được lưu tại doanh nghiệp cho đến khi cơ quan hải quan thanh khoản xong hợp đồng gia công, tờ khai nhập khẩu nguyên liệu sản xuất xuất khẩu.
Điều 23. Đưa hàng hoá về bảo quản
1. Các trường hợp được đưa về bảo quản.
1.1. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phải giám định để xác định có được xuất khẩu, nhập khẩu hay khôngmà chủ hàng có yêu cầu đưa hàng hoá về bảo quản thì cơ quan hải quan chỉ chấp nhận trong trường hợp đã đáp ứng các điều kiện về giám sát hải quan;
1.2. Hàng hoá phải thực hiện kiểm dịch động thực vật, kiểm tra về vệ sinh an toàn thực phẩm, kiểm tra chất lượng hàng hóa theo tiêu chuẩn, chất lượng trước khi thông quan mà chủ hàng có yêu cầu đưa hàng hoá về tự bảo quản thì cơ quan hải quan chấp nhận trừ trường hợp các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành không cho phép. Trong vòng 30 ngày kể từ ngày đưa hàng về nơi bảo quản, chủ hàng phải khai bổ sung vào hồ sơ hải quan giấy thông báo kết quả về việc kiểm tra, kiểm dịch của cơ quan kiểm tra nhà nước có thẩm quyền.
2. Người khai hải quan tạo thông tin đề nghị đưa hàng về bảo quản tại địa điểm của người khai hải quan tại tiêu chí “ghi chép khác” của Tờ khai hải quan điện tử. Chịu trách nhiệm bảo quản nguyên trạng hàng hóa tại địa điểm đề nghị.
3. Đội trưởng đội thủ tục thuộc Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quyết định người khai hải quan đưa hàng về bảo quản tại địa điểm của người khai hải quan. Việc quyết định thực hiện trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
4. Công chức hải quan thuộc Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử căn cứ quyết định đưa hàng về bảo quản trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, ký, đóng dấu công chức vào ô xác nhận đưa hàng về bảo quản trên tờ khai hải quan điện tử in.
Điều 24. Giải phóng hàng hoá
1. Các trường hợp được giải phóng hàng:
Hàng hoá được phép xuất khẩu, nhập khẩu nhưng phải xác định giá, trưng cầu giám định, phân tích phân loại để xác định số thuế phải nộp khi chủ hàng thực hiện các nghĩa vụ về thuế trên cơ sở tự kê khai, tự tính (cộng thêm số tiền thuế dự kiến điều chỉnh của cơ quan hải quan nếu có) trong trường hợp hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu được hưởng ân hạn nộp thuế theo quy định pháp luật về thuế hoặc được tổ chức tín dụng hoặc tổ chức khác hoạt động theo quy định của Luật các tổ chức tín dụng đứng ra bảo đảm về số tiền thuế phải nộp.
2. Đội trưởng đội thủ tục thuộc Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quyết định giải phóng hàng quy định tại Khoản 1 Điều này. Việc quyết định thực hiện trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
3. Công chức hải quan thuộc Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử căn cứ quyết định giải phóng hàng trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, ký, đóng dấu công chức vào ô xác nhận giải phóng hàng trên tờ khai hải quan điện tử in.
Điều 25. Thông quan hàng hóa
1. Hàng hoá được thông quan sau khi đã làm xong thủ tục hải quan.
Đối với hàng hoá thuộc danh mục phải thực hiện kiểm dịch động thực vật (do Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn công bố), kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm (do Bộ y tế công bố), kiểm tra chất lượng hàng hoá theo tiêu chuẩn, chất lượng (do Bộ khoa học và công nghệ công bố) trước khi thông quan: được thông quan sau khi có giấy thông báo kết quả kiểm tra chất lượng, kết quả kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm, kết quả kiểm dịch đủ điều kiện nhập khẩu;
Đối với hàng hoá khác thuộc danh mục phải kiểm tra nhà nước về chất lượng nhưng không yêu cầu phải có kết quả kiểm tra nhà nước về chất lượng trước khi thông quan: được thông quan trên cơ sở giấy đăng ký kiểm tra nhà nước về chất lượng. Cơ quan hải quan không chịu trách nhiệm đối với chất lượng hàng hoá nhập khẩu sau khi đã được thông quan.
2. Hàng hoá chưa làm xong thủ tục hải quan có thể được thông quan nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
2.1. Thiếu một số chứng từ bản chính thuộc hồ sơ hải quan nhưng được cơ quan hải quan đồng ý cho chậm nộp;
2.2. Chưa nộp, nộp chưa đủ số tiền thuế phải nộp trong thời hạn quy định mà được tổ chức tín dụng hoặc tổ chức khác hoạt động theo quy định của Luật các tổ chức tín dụng đứng ra bảo đảm về số tiền thuế phải nộp, trừ trường hợp hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu được hưởng ân hạn nộp thuế theo quy định của pháp luật về thuế.
3. Thẩm quyền quyết định.
3.1. Thủ trưởng Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận và xử lý tờ khai điện tử quyết định thông quan đối với những lô hàng được miễn kiểm tra hải quan bằng việc quyết định cập nhật tiêu chí rủi ro vào hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, trong phạm vi thẩm quyền được phân cấp.
3.2. Công chức kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hoá quyết định thông quan đối với những trường hợp:
a. Kết quả kiểm tra hồ sơ phù hợp với quy định pháp luật trong trường hợp lô hàng phải kiểm tra hồ sơ hải quan điện tử.
b. Kết quả kiểm tra thực tế hàng hoá phù hợp với thông tin khai trong trường hợp lô hàng phải kiểm tra thực tế hàng hoá.
3.3. Đội trưởng đội thủ tục thuộc Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận và xử lý tờ khai điện tử quyết định thông quan đối với những lô hàng không thuộc Điểm 3.1, 3.2 Điều này.
4. Trường hợp người khai hải quan có yêu cầu, công chức hải quan thuộc Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận và xử lý tờ khai điện tử căn cứ quyết định trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, ký, đóng dấu công chức vào ô xác nhận đã thông quan trên tờ khai hải quan điện tử in.
Điều 26. Giám sát hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử
1. Nguyên tắc: Hàng hoá chịu sự giám sát hải quan, các phương thức giám sát hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử thực hiện theo quy định hiện hành về giám sát hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
Người khai hải quan có thể tra cứu thông tin về các địa điểm giám sát hải quan đã được kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan trên trang Website của Tổng cục Hải quan theo địa chỉ http://www.customs.gov.vn.
2. Trách nhiệm của người khai hải quan.
Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu khi đưa vào hoặc ra khỏi khu vực giám sát hải quan người khai hải quan phải  thực hiện:
2.1. Đối với hàng xuất khẩu:
a. Xuất trình 01 Tờ khai hải quan điện tử in đã được cơ quan hải quan quyết định hoặc xác nhận “Thông quan”;
b. Xuất trình hàng hoá;
c.  Nhận lại 01 tờ khai hải quan điện tử in đã có xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan”;
2.2. Đối với hàng nhập khẩu:
a. Xuất trình 01 Tờ khai hải quan điện tử in đã được cơ quan hải quan quyết định hoặc xác nhận “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Hàng mang về bảo quản” hoặc “Hàng chuyển cửa khẩu”; Phiếu xuất kho, bãi của doanh nghiệp;
b. Xuất trình hàng hoá.
c. Nhận lại 01 tờ khai hải quan điện tử in đã có xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” và các chứng từ đã xuất trình.
3. Trách nhiệm hải quan giám sát.
3.1. Chi cục hải quan cửa khẩu thực hiện việc giám sát hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định. Khi phát hiện lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu có dấu hiệu vi phạm các quy định pháp luật hải quan, Chi cục trưởng Chi cục hải quan cửa khẩu quyết định kiểm tra thực tế hàng hoá.
3.2. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu khi đưa vào hoặc ra khỏi khu vực cửa khẩu, Chi cục hải quan cửa khẩu thực hiện việc kiểm tra như sau:
a. Kiểm tra hiệu lực của tờ khai hải quan điện tử;
b. Trường hợp tờ khai hải quan điện tử in chưa được xác nhận “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Hàng mang về bảo quản” hoặc “Hàng chuyển cửa khẩu”, công chức hải quan đối chiếu nội dung tờ khai hải quan điện tử in với tờ khai hải quan điện tử trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
c. Kiểm tra đối chiếu số ký hiệu bao, kiện hàng, tình trạng niêm phong hải quan (nếu có) với Tờ khai hải quan điện tử đã quyết định hoặc xác nhận “Thông quan” hoặc “Giải phóng hàng” hoặc “Hàng mang về bảo quản” hoặc “Hàng chuyển cửa khẩu” và chứng từ do người khai hải quan xuất trình;
3.3. Xử lý kết quả kiểm tra.
Nếu kết quả kiểm tra phù hợp, công chức kiểm tra xác nhận “Hàng đã qua khu vực giám sát hải quan” trên Tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu; ký tên, đóng dấu công chức; trả lại người khai hải quan;
Trường hợp kết quả kiểm tra không phù hợp thì tuỳ theo từng trường hợp cụ thể, Chi cục hải quan cửa khẩu hướng dẫn người khai hải quan điều chỉnh bổ sung hoặc xử lý theo quy định hiện hành.
Đối với trường hợp hết thời hạn hiệu lực của tờ khai hải quan điện tử in, Chi cục hải quan cửa khẩu yêu cầu người khai hải quan đến Chi cục hải quan nơi mở tờ khai điện tử để làm thủ tục huỷ tờ khai.
Điều 27. Xác nhận thực xuất
1. Căn cứ để xác nhận thực xuất:
1.1. Tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu
1.2. Tùy theo từng trường hợp cụ thể mà người khai hải quan phải xuất trình một trong các chứng từ sau:
a. Chứng từ vận tải chính thức của hàng hoá xuất khẩu đối với trường hợp xuất khẩu ra nước ngoài;
b. Hoá đơn tài chính hoặc chứng từ xác nhận hàng hóa đưa vào khu phi thuế quan đối với hàng hoá bán cho doanh nghiệp chế xuất, khu phi thuế quan;
c. Kết quả giám sát việc hàng hoá xuất khẩu qua cửa khẩu của hải quan cửa khẩu.
2. Khi có đề nghị của người khai hải quan, công chức hải quan thuộc Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử, kiểm tra, xác nhận thực xuất trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và trên tờ khai hải quan điện tử in.
3. Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận và xử lý tờ khai điện tử có trách nhiệm cung cấp thông tin thực xuất theo các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn cho cơ quan thuế và cơ quan có thẩm quyền khi có yêu cầu.
4. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, cơ quan hải quan không xác nhận thực xuất; căn cứ để xác định hàng hoá đã thực xuất khẩu là tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ đã làm xong thủ tục hải quan.
Điều 28. Phúc tập hồ sơ hải quan 
Việc phúc tập hồ sơ hải quan được thực hiện sau khi lô hàng đã được thông quan và hoàn thành phúc tập trong vòng sáu mươi ngày kể từ ngày quyết định thông quan lô hàng trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
Điều 29. Quy định về chuyển cửa khẩu
1. Hàng hóa chuyển cửa khẩu
1.1. Hàng hóa xuất khẩu chuyển cửa khẩu là hàng hóa xuất khẩu đang chịu sự kiểm tra, giám sát hải quan, được vận chuyển từ địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu, địa điểm kiểm tra hàng hóa ở nội địa đến cửa khẩu xuất;
Hàng hoá xuất khẩu miễn kiểm tra thực tế không phải làm thủ tục chuyển cửa khẩu.
1.2. Hàng hóa nhập khẩu chuyển cửa khẩu là hàng hóa nhập khẩu đang chịu sự kiểm tra, giám sát hải quan, được vận chuyển từ cửa khẩu nhập đến địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu, địa điểm kiểm tra hàng hóa ở nội địa;
Hàng hóa nhập khẩu được miễn kiểm tra thực tế hàng hoá không phải làm thủ tục chuyển cửa khẩu (trừ hàng hoá phải lấy mẫu tại khu vực ngoài cửa khẩu).
1.3. Hàng hóa nhập khẩu được chuyển cửa khẩu gồm:
a. Thiết bị, máy móc, vật tư nhập khẩu để xây dựng nhà máy, công trình được đưa về địa điểm kiểm tra hàng hóa ở nội địa là chân công trình hoặc kho của công trình;
b. Nguyên liệu, vật tư, linh kiện, máy móc, thiết bị, phụ tùng sản xuất được đưa về địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu, địa điểm kiểm tra hàng hóa là nhà máy, xí nghiệp nơi sản xuất;
c. Hàng hóa nhập khẩu của nhiều chủ hàng có chung một vận tải đơn được đưa về địa điểm kiểm tra tập trung, trạm thu gom hàng lẻ ở nội địa;
d. Hàng hóa tạm nhập để dự hội chợ, triển lãm được chuyển cửa khẩu từ cửa khẩu nhập về địa điểm tổ chức hội chợ, triển lãm; hàng hóa dự hội chợ triển lãm tái xuất được chuyển cửa khẩu từ địa điểm tổ chức hội chợ, triển lãm ra cửa khẩu xuất;
đ. Hàng hoá là thiết bị văn phòng của doanh nghiệp như bàn, ghế, tủ và văn phòng phẩm được đóng chung container với nguyên liệu nhập khẩu để gia công, sản xuất xuất khẩu là tài sản để phục vụ cho hoạt động của chính doanh nghiệp đó, được đăng ký tờ khai hải quan tại Cơ quan hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử để làm thủ tục chuyển cửa khẩu. Thủ tục hải quan theo đúng loại hình quy định. Nếu hàng hoá thuộc diện phải kiểm tra thì việc kiểm tra thực tế hàng hoá được thực hiện tại địa điểm ghi trong đơn đề nghị chuyển cửa khẩu.
e. Hàng hóa nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất trong khu chế xuất được chuyển cửa khẩu từ cửa khẩu nhập về khu chế xuất; hàng hóa xuất khẩu của doanh nghiệp chế xuất trong khu chế xuất được chuyển cửa khẩu từ khu chế xuất ra cửa khẩu xuất;
g. Hàng hóa nhập khẩu đưa vào kho ngoại quan được phép chuyển cửa khẩu từ cửa khẩu nhập về kho ngoại quan, hàng hóa gửi kho ngoại quan xuất khẩu được chuyển cửa khẩu từ kho ngoại quan ra cửa khẩu xuất nếu không thuộc loại: Hàng hoá giả mạo nhãn hiệu hoặc tên gọi xuất xứ Việt Nam; Hàng hoá gây nguy hiểm cho người hoặc ô nhiễm môi trường; Hàng hoá cấm xuất khẩu, cấm nhập khẩu, trừ trường hợp được Thủ tướng Chính phủ cho phép.
h. Hàng hoá nhập khẩu có vận đơn ghi cảng đích là cảng nội địa (ICD)
h.1. Không được chuyển cửa khẩu về các địa điểm làm thủ tục hải quan, địa điểm kiểm tra thực tế hàng hoá ngoài cửa khẩu. Trừ các ICD thuộc Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực IV - Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh đã được Thủ tướng Chính phủ cho phép tại công văn số 7178/VPCP-KTTH ngày 24/10/2008 của Văn phòng Chính phủ.
h.2. Đối với hàng hoá nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất (DNCX); nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu có vận đơn ghi cảng đích là ICD thì doanh nghiệp được làm thủ tục chuyển cửa khẩu về Chi cục Hải quan quản lý DNCX, Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp đăng ký hợp đồng gia công, Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập sản xuất xuất khẩu để làm tiếp thủ tục hải quan. Đối với hàng hoá thuộc diện phải kiểm tra thực tế, nếu doanh nghiệp đề nghị được kiểm tra thực tế ngay tại ICD thì Chi cục Hải quan ICD tiến hành kiểm tra thực hàng hoá theo đề nghị của Chi cục Hải quan quản lý DNCX, Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp đăng ký hợp đồng gia công, Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập sản xuất xuất khẩu.
i. Hàng hoá chuyển cửa khẩu khác theo quy định pháp luật.
2. Chi cục hải quan cửa khẩu thực hiện việc kiểm tra thực tế hàng hoá trong các trường hợp:
2.1. Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về hải quan hoặc đảm bảo việc quản lý hải quan. Chi cục trưởng Chi cục hải quan cửa khẩu quyết định hình thức, mức độ kiểm tra thực tế hàng hoá.
2.2. Hàng hoá nhập khẩu thuộc diện được chuyển cửa khẩu nhưng theo quy định của cơ quan quản lý chuyên ngành phải kiểm tra thực tế tại cửa khẩu nhập.
2.3. Theo đề nghị của Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử. 
2.4. Kết quả kiểm tra tại điểm 2.1, 2.2, 2.3 được cập nhật vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc thông báo bằng văn bản cho Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử trong trường hợp không kết nối được với hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
3. Đăng ký, quyết định chuyển cửa khẩu hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu
3.1. Đăng ký chuyển cửa khẩu cho hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu được thực hiện đồng thời hoặc sau khi khai tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá. Người khai hải quan phải khai các nội dung đề nghị chuyển cửa khẩu theo bản khai “Đề nghị chuyển cửa khẩu”.
3.2. Quyết định cho phép chuyển cửa khẩu (gồm cả địa điểm, thời gian) hoặc không cho phép được thể hiện tại “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” trên hệ thống và được thể hiện trên Tờ khai hải quan điện tử in.
4. Giám sát hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu:
4.1. Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu phải được chứa trong công ten nơ, thùng, kiện hoặc phải được chứa trong phương tiện vận tải đáp ứng được yêu cầu niêm phong hải quan.
Đối với hàng hóa nhập khẩu không đáp ứng điều kiện niêm phong hải quan (hàng siêu trường, siêu trọng …) và không thể kiểm tra thực tế tại cửa khẩu (hàng có yêu cầu bảo quản đặc biệt ….) thì Chi cục hải quan có hàng chuyển cửa khẩu đi phải thông báo cho Chi cục hải quan nơi có hàng chuyển cửa khẩu đến tình hình hàng hoá vận chuyển không được niêm phong.
4.2. Đối với các lô hàng nhỏ, lẻ nếu không chứa trong công ten nơ phương tiện vận tải đáp ứng yêu cầu niêm phong hải quan thì thực hiện niêm phong từng kiện hàng.
5.  Người khai hải quan sử dụng tờ khai hải quan điện tử in đã được cơ quan hải quan cho phép chuyển cửa khẩu để làm chứng từ vận chuyển hàng hoá trên đường. Người khai hải quan chịu trách nhiệm bảo quản nguyên trạng hàng hoá, nguyên niêm phong hải quan, niêm phong hãng vận tải và đi đúng tuyến đường, địa điểm, cửa khẩu, thời gian như đã đăng ký. Xuất trình và nộp bộ hồ sơ hải quan và hàng hoá chuyển cửa khẩu tại Chi cục Hải quan cửa khẩu để làm thủ tục theo quy định.
Điều 30. Thủ tục hải quan điện tử cho hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu khi Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố tạm dừng hoạt động hoặc các sự cố ngoài Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
1. Xác định các trường hợp sự cố.
1.1. Sự cố là trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, Hệ thống khai hải quan điện tử không thực hiện được các giao dịch điện tử với nhau mà nguyên nhân có thể do một hoặc cả hai hệ thống hoặc do nguyên nhân khác dẫn đến không thực hiện được thủ tục hải quan điện tử.
1.2. Khi không thực hiện được thủ tục hải quan điện tử trên Hệ thống khai hải quan điện tử, người khai hải quan thông báo cho Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử biết có sự cố.
1.3. Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử kiểm tra, phân loại sự cố thuôc về: Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hay ngoài Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và thông báo, hướng dẫn cho người khai hải quan cách xử lý sự cố.
2. Thủ tục hải quan điện tử khi có sự cố ngoài Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
2.1. Trách nhiệm của người khai hải quan.
a. Thực hiện toàn bộ các công việc khai hải quan điện tử cho hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trên Hệ thống khai hải quan điện tử dự phòng tại Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
b. Thực hiện việc nhận lại dữ liệu đã khai báo sau khi sự cố được khắc phục.
2.2. Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử có trách nhiệm hỗ trợ, hướng dẫn người khai hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử trên Hệ thống khai hải quan điện tử dự phòng và làm thủ tục hải quan cho hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại Thông tư này.
3. Thủ tục hải quan khi Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố tạm dừng hoạt động.
3.1. Trách nhiệm của người khai hải quan.
a. Tạo thông tin tờ khai hải quan điện tử trên Hệ thống khai hải quan điện tử. In, ký tên, đóng dấu tờ khai hải quan điện tử theo mẫu quy định tại Phụ lục II Thông tư này. Xuất trình, nộp toàn bộ hồ sơ hải quan tại Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
b. Thực hiện việc truyền, đồng bộ dữ liệu với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan khi có yêu cầu.
3.2. Trách nhiệm của cơ quan hải quan
a. Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử thực hiện thủ tục hải quan cho hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại Thông tư này. Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quyết định hình thức, mức độ kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hoá.
b. Cập nhật thông tin vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan khi hệ thống hoạt động trở lại. Kiểm tra, đồng bộ dữ liệu với Hệ thống khai hải quan của người khai hải quan.
 
CHƯƠNG III
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ GIA CÔNG
XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU
Mục 1
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ GIA CÔNG
CHO THƯƠNG NHÂN NƯỚC NGOÀI
Điều 31. Hợp đồng gia công
1. Hình thức và nội dung hợp đồng gia công
1.1. Hợp đồng gia công phải được lập thành văn bản hoặc các hình thức khác có giá trị tương đương văn bản bao gồm điện báo, telex, fax, thông điệp dữ liệu;
1.2. Nội dung hợp đồng gia công được thực hiện theo quy định tại Điều 30 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ;
1.3. Về chữ ký, con dấu trên hợp đồng: Đối với thương nhân nước ngoài phải có chữ ký; Đối với thương nhân Việt Nam phải ký, đóng dấu theo quy định của pháp luật Việt Nam;
Nếu hợp đồng gia công hoặc các chứng từ kèm theo hợp đồng do bên đặt gia công là thương nhân nước ngoài phát hành bằng hình thức điện tử thì trong trường hợp cơ quan hải quan yêu cầu phải xuất trình ở dạng giấy, bên nhận gia công là thương nhân Việt Nam phải ký, đóng dấu xác nhận và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính xác thực của các chứng từ này.
2. Phụ lục hợp đồng gia công
Phụ lục hợp đồng gia công là một bộ phận không tách rời của hợp đồng gia công.
2.1. Mọi sự thay đổi, bổ sung, điều chỉnh các điều khoản của hợp đồng gia công đều phải được thực hiện trước thời điểm hợp đồng gia công hết hiệu lực và thể hiện bằng các phụ lục được đăng ký với cơ quan hải quan trước hoặc cùng thời điểm doanh nghiệp làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu lô hàng đầu tiên theo phụ lục hợp đồng đó. Riêng trị giá nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công thì chấp nhận trị giá ghi trên hoá đơn thương mại của hồ sơ nhập khẩu, không bắt buộc phải mở phụ lục điều chỉnh.
2.2. Nếu một hợp đồng gia công có thời hạn hiệu lực trên một năm thì phải tách hợp đồng thành nhiều phụ lục theo từng năm để thực hiện. Thời gian thực hiện của mỗi phụ lục không quá một năm. Trường hợp đặc biệt thời gian gia công một sản phẩm vượt quá một năm thì hợp đồng gia công/phụ lục hợp đồng gia công thực hiện theo từng sản phẩm (như: gia công sửa chữa tàu biển).
3. Trường hợp bên nhận gia công tại Việt Nam ký kết hợp đồng gia công cho thương nhân nước ngoài nhưng không trực tiếp gia công mà thuê thương nhân khác gia công (thuê gia công lại) theo qui định tại điểm b, khoản 2, Điều 33 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ thì doanh nghiệp ký kết hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài là người làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu, thanh khoản hợp đồng gia công với cơ quan Hải quan và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc thực hiện hợp đồng gia công này. Hàng hóa giao nhận giữa các doanh nghiệp phía Việt Nam với nhau không phải làm thủ tục hải quan.
4. Gia công trong thương mại là hoạt động thương mại, theo đó bên nhận gia công sử dụng một phần hoặc toàn bộ nguyên liệu, vật liệu của bên đặt gia công để thực hiện một hoặc nhiều công đoạn trong quá trình sản xuất theo yêu cầu của bên đặt gia công để hưởng thù lao.
5. “Nguyên liệu gia công” bao gồm nguyên liệu chính, phụ liệu và vật tư gia công.
5.1. “Nguyên liệu chính” là nguyên liệu tạo nên thành phần chính của sản phẩm.
5.2. “Phụ liệu gia công” là phần nguyên liệu tham gia tạo nên sản phẩm gia công nhưng không phải thành phần chính của sản phẩm.
5.3. “Vật tư gia công” là các loại sản phẩm, bán thành phẩm tham gia vào quá trình sản xuất sản phẩm gia công nhưng không trực tiếp cấu thành sản phẩm gia công. Vật tư gia công bao gồm cả bao bì hoặc vật liệu làm bao bì chứa sản phẩm gia công.
6. Phế liệu, phế phẩm, phế thải gia công bao gồm:
6.1. “Phế liệu gia công” là những chất thải loại hoặc những phần cắt bỏ của nguyên liệu trong quá trình gia công một sản phẩm; máy móc, thiết bị thuê, mượn phục vụ gia công bị hư hỏng được loại ra trong quá trình sản xuất, gia công.
6.2. “Phế phẩm gia công” là sản phẩm không đạt tiêu chuẩn kỹ thuật (qui cách, kích thước, phẩm chất, giá trị sử dụng...) theo thoả thuận của hợp đồng/ phụ lục hợp đồng gia công, bị loại ra trong quá trình gia công.
6.3. “Phế thải gia công” là nguyên liệu, phụ liệu bị loại ra trong quá trình gia công mà không còn giá trị sử dụng.
7. “Định mức sản xuất sản phẩm gia công theo thoả thuận trong hợp đồng” bao gồm:
7.1. “Định mức sử dụng nguyên liệu” là số lượng nguyên liệu cần thiết, hợp lý để sản xuất ra một đơn vị sản phẩm gia công.
7.2. “Định mức vật tư tiêu hao” là lượng vật tư tiêu hao cho sản xuất một đơn vị sản phẩm gia công.
7.3. “Định mức tách nguyên liệu thành phần từ nguyên liệu gốc” là lượng nguyên liệu thành phần được tách ra từ một đơn vị nguyên liệu gốc
7.4. “Tỷ lệ hao hụt nguyên liệu, vật tư” là lượng nguyên liệu, vật tư hao hụt (bao gồm cả hao hụt do tạo thành phế liệu, phế phẩm, phế thải gia công) tính theo tỷ lệ % so với số lượng nguyên liệu cần thiết để sản xuất ra một đơn vị sản phẩm gia công (đối với tỷ lệ hao hụt nguyên liệu) hoặc so với lượng vật tư tiêu hao cho một đơn vị sản phẩm gia công (đối với tỷ lệ hao hụt vật tư).
Đối với nguyên liệu thành phần được tách ra từ nguyên liệu gốc: tỷ lệ hao hụt là lượng nguyên vật liệu gốc hao hụt tính theo tỷ lệ % khi trải qua công đoạn tách thành các nguyên liệu thành phần.
8. Hàng mẫu để làm mẫu gia công là sản phẩm gia công do bên thuê gia công cung cấp để bên nhận gia công sử dụng để làm mẫu phục vụ sản xuất sản phẩm gia công.
Hàng mẫu để gia công phải đáp ứng các điều kiện: hàng mẫu chỉ sử dụng để làm mẫu, không được sử dụng cho mục đích khác; bộ chứng từ lô hàng thể hiện là hàng mẫu và mỗi mã hàng chỉ được nhập tối đa 5 đơn vị.
Điều 32. Thủ tục đăng ký, sửa đổi hợp đồng, phụ lục hợp đồng gia công
1. Nơi làm thủ tục hải quan: Người khai hải quan thực hiện việc đăng ký hợp đồng gia công tại cơ quan hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử nơi thuận tiện nhất.
2. Thủ tục đăng ký hợp đồng gia công
2.1. Trách nhiệm của doanh nghiệp
a. Trước khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng đầu tiên của hợp đồng gia công, người khai hải quan phải khai thông tin về hợp đồng gia công kèm theo các thông tin về danh mục, định mức, giấy phép (nếu có) theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định tại Phụ lục I Thông tư này và chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã khai.
Tất cả các tiêu chí về tên gọi, mã nguyên liệu, vật tư, máy móc, hàng mẫu; mã HS; đơn vị tính, người khai hải quan phải khai thống nhất từ khi nhập khẩu nguyên liệu đến khi thanh khoản hợp đồng gia công;
Trường hợp một loại nguyên liệu ban đầu được tách ra thành nhiều nguyên liệu để sản xuất ra nhiều loại sản phẩm (như mặt hàng thuỷ sản), nguyên liệu ban đầu dưới đây được gọi là nguyên liệu gốc; các nguyên liệu được chế biến từ nguyên liệu gốc dưới đây được gọi là nguyên liệu thành phần; sản phẩm hoàn chỉnh cuối cùng là sản phẩm tạo nên từ bản thân nguyên liệu thành phần hoặc từ sự kết hợp giữa nguyên liệu thành phần với các nguyên liệu khác. Cả nguyên liệu gốc và nguyên liệu thành phần đều phải được đăng ký trên danh mục nguyên liệu nhập khẩu.
b. Tiếp nhận thông tin phản hồi từ cơ quan hải quan:
b.1. Nhận “Thông báo từ chối hợp đồng gia công” theo Mẫu Thông báo gia công, và sửa đổi, bổ sung thông tin về hợp đồng gia công theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
b.2. Nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục đăng ký hợp đồng gia công”  theo Mẫu Thông báo gia công và thực hiện các công việc dưới đây:
b.2.1. Đối với hợp đồng gia công được chấp nhận đăng ký trên cơ sở thông tin khai hải quan điện tử thì người khai hải quan căn cứ hợp đồng đã được chấp nhận đăng ký để thực hiện thủ tục nhập khẩu, xuất khẩu;
b.2.2. Trường hợp cơ quan hải quan yêu cầu phải nộp/ xuất trình hồ sơ để kiểm tra thì người khai hải quan nộp/ xuất trình hồ sơ gồm:
- Hợp đồng gia công và các phụ lục hợp đồng (nếu có): nộp 02 bản (01 bản Hải quan lưu và 01 bản trả lại cho doanh nghiệp sau khi đăng ký hợp đồng). Nếu hợp đồng gia công không được lập bằng tiếng Anh hoặc tiếng Việt thì phải dịch ra tiếng Việt, doanh nghiệp nhận gia công chịu trách nhiệm về tính trung thực của bản dịch: nộp 01 bản;
- Giấy phép của cơ quan có thẩm quyền đối với hàng hoá gia công thuộc danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo giấy phép: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính;
- Giấy xác nhận đủ điều kiện nhập khẩu phế liệu (đối với trường hợp nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu gia công) của Sở Tài nguyên và môi trường nơi đặt cơ sở sản xuất của doanh nghiệp cấp theo qui định tại Thông tư liên tịch số 02/2007/TT-LT-BCT-BTNMT ngày 30/8/2007 của liên Bộ Công Thương-Bộ Tài nguyên và Môi trường;
- Những doanh nghiệp lần đầu thực hiện hợp đồng gia công thì phải nộp các chứng từ sau:
Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy phép đầu tư hoặc giấy chứng nhận đầu tư đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài: nộp 01 bản sao;
Giấy chứng nhận đăng ký mã số thuế: nộp 01 bản sao;
Văn bản giải trình về việc đủ năng lực thực hiện hợp đồng gia công và cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật.
2.2. Nhiệm vụ của cơ quan hải quan
a. Cơ quan hải quan kiểm tra, tiếp nhận đăng ký hợp đồng gia công thông qua hệ thống xử lý dữ liệu hải quan điện tử và hồ sơ do doanh nghiệp nộp/xuất trình.
b. Kiểm tra cơ sở sản xuất
b.1. Trường hợp phải kiểm tra cơ sở sản xuất:
Khi doanh nghiệp lần đầu đăng ký hợp đồng gia công hoặc trong quá trình sản xuất nếu cơ quan Hải quan chưa có thông tin rõ ràng về cơ sở sản xuất, năng lực sản xuất thì tiến hành kiểm tra cơ sở sản xuất của doanh nghiệp.
b.2. Thẩm quyền quyết định kiểm tra cơ sở sản xuất của doanh nghiệp là Chi cục trưởng Chi cục Hải quan quản lý hợp đồng gia công.
b.3. Xử lý kết quả kiểm tra cơ sở sản xuất đối với các trường hợp không đảm bảo điều kiện thực hiện hợp đồng gia công:
b.3.1. Đối với trường hợp chưa đăng ký hợp đồng: Cơ quan Hải quan không thực hiện đăng ký hợp đồng gia công.
b.3.2. Đối với trường hợp đã đăng ký hợp đồng gia công:
Trường hợp doanh nghiệp không có cơ sở sản xuất hoặc cơ sở sản xuất  chưa đảm bảo các điều kiện sản xuất sản phẩm (bao gồm cả cơ sở sản xuất của bên nhận gia công lại) thì cơ quan hải quan tạm dừng làm thủ tục nhập khẩu đối với nguyên liệt, vật tư để thực hiện hợp đồng gia công, yêu cầu doanh nghiệp giải trình và tuỳ theo tính chất, mức độ vi phạm xử lý theo quy định của pháp luật.
b.4. Đối với hợp đồng gia công đăng ký tại Cơ quan hải quan quản lý hợp đồng gia công nhưng cơ sở sản xuất hoặc trụ sở của doanh nghiệp đóng trên địa bàn của Chi cục hải quan khác thì việc kiểm tra cơ sở sản xuất do Tổng cục hải quan quy định.
3. Đăng ký phụ lục hợp đồng gia công
3.1. Các loại phụ lục hợp đồng gia công khai đến cơ quan hải quan
a. Nhóm phụ lục sửa đổi hợp đồng:
a.1. Phụ lục sửa thông tin chung của hợp đồng;
a.2. Phụ lục hủy hợp đồng.
b. Nhóm phụ lục bổ sung danh mục:
b.1. Bổ sung danh mục nguyên liệu, vật tư;
b.2. Bổ sung danh mục sản phẩm xuất khẩu;
b.3. Bổ sung danh mục thiết bị tạm nhập khẩu để phục vụ gia công;
b.4. Bổ sung danh mục hàng mẫu nhập khẩu.
c. Nhóm phụ lục sửa đổi danh mục:
c.1. Sửa đổi mã hàng (nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; sản phẩm xuất khẩu; thiết bị tạm nhập khẩu; hàng mẫu nhập khẩu);
c.2. Sửa đổi đơn vị tính (nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; sản phẩm xuất khẩu; thiết bị tạm nhập khẩu; hàng mẫu nhập khẩu).
3.2. Trách nhiệm của doanh nghiệp
a. Sau khi đăng ký hợp đồng đến trước thời điểm hết hạn hợp đồng gia công, người khai hải quan phải tạo thông tin và khai theo các tiêu chí thông tin quy định tại mẫu Phụ lục hợp đồng;
b. Tiếp nhận thông tin phản hồi từ cơ quan hải quan;
c. Nộp/xuất trình các hồ sơ, tài liệu có liên quan đến việc sửa đổi, bổ sung hợp đồng gia công khi cơ quan hải quan yêu cầu.
3.3. Nhiệm vụ của cơ quan hải quan: thực hiện như thủ tục đăng ký hợp đồng gia công.
4. Sửa đổi, bổ sung hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công
4.1. Sửa đổi, bổ sung trên cơ sở văn bản thỏa thuận của doanh nghiệp với đối tác thuê gia công:
a. Đối với các thông tin chung của hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công: việc sửa đổi, bổ sung được thực hiện từ khi đăng ký hợp đồng/phụ lục hợp đồng đến trước thời điểm hết hạn hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công;
b. Đối với các nội dung còn lại của hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công: việc sửa đổi, bổ sung được thực hiện thông qua các phụ lục hợp đồng trước khi làm thủ tục nhập khẩu hoặc xuất khẩu liên quan đến việc sửa đổi, bổ sung đó;
c. Trường hợp phát hiện sai sót trong khai báo hợp đồng/phụ lục hợp đồng ngoài thời điểm quy định nêu trên, người khai hải quan được phép sửa đổi nội dung đã khai nếu có cơ sở và được Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi quản lý hợp đồng chấp nhận;
d. Thủ tục sửa đổi, bổ sung hợp đồng/phụ lục hợp đồng thực hiện như thủ tục đăng ký hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công.
4.2. Sửa đổi, bổ sung do doanh nghiệp nhầm lẫn trong khai báo hoặc phục vụ yêu cầu quản lý của hải quan:
a. Sau khi đăng ký hợp đồng đến trước thời điểm hết hạn hợp đồng gia công, người khai hải quan tạo thông tin và khai theo các tiêu chí thông tin quy định tại mẫu Phụ lục hợp đồng;
b. Doanh nghiệp phải xuất trình các chứng từ có liên quan đến nội dung sửa đổi khi cơ quan hải quan yêu cầu ;
c. Thủ tục sửa đổi, bổ sung thực hiện tương tự thủ tục đăng ký phụ lục hợp đồng gia công quy định tại khoản 3 Điều này.
Điều 33.  Thủ tục hải quan đối với nguyên liệu, vật tư gia công
1. Đối với nguyên liệu, vật tư gia công do bên thuê gia công cung cấp:
1.1. Thủ tục hải quan khi nhập khẩu nguyên liệu, vật tư gia công do bên thuê gia công cung cấp từ nước ngoài thực hiện theo hướng dẫn về thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu theo hợp đồng mua bán quy định tại Chương II Thông tư này, nhưng không thực hiện việc kê khai tính thuế.
1.2. Đối với sản phẩm hoàn chỉnh do bên thuê gia công cung cấp để gắn hoặc đóng chung với sản phẩm gia công thành mặt hàng đồng bộ và xuất khẩu ra nước ngoài thì thủ tục hải quan thực hiện như đối với nguyên liệu gia công, nếu đáp ứng các điều kiện sau:
a. Tên sản phẩm hoàn chỉnh và mục đích cung cấp sản phẩm hoàn chỉnh để gắn hoặc đóng chung với sản phẩm gia công thành mặt hàng đồng bộ và xuất khẩu ra nước ngoài phải được ghi rõ trong hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công;
b. Trong bảng định mức sử dụng nguyên liệu cho sản phẩm gia công có định mức của loại sản phẩm hoàn chỉnh này.
1.3. Thủ tục hải quan đối với nguyên liệu, vật tư gia công do bên thuê gia công cung cấp theo hình thức xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thì thực hiện theo quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ quy định t��i Điều 71 Thông tư này.
1.4. Việc lấy mẫu nguyên liệu, vật tư gia công thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 22 Thông tư này.
2. Đối với nguyên liệu, vật tư do bên nhận gia công tự cung ứng cho hợp đồng gia công
2.1. Đối với trường hợp nguyên liệu, vật tư cung ứng do bên nhận gia công sản xuất hoặc mua tại thị trường Việt Nam:
a. Khi mua và đưa nguyên liệu, vật tư vào cung ứng cho hợp đồng gia công người khai hải quan không phải làm thủ tục hải quan nhưng phải được hai bên thoả thuận về tên gọi, quy cách, số lượng trong hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công;
b. Trước khi đưa nguyên liệu, vật tư vào cung ứng cho hợp đồng gia công người khai hải quan phải xin phép cơ quan có thẩm quyền nếu nguyên liệu, vật tư cung ứng thuộc danh mục hàng hoá xuất khẩu phải có giấy phép; không được cung ứng nguyên liệu, vật tư thuộc danh mục hàng hoá cấm xuất khẩu, tạm ngừng xuất khẩu;
2.2. Đối với trường hợp nguyên liệu, vật tư do bên nhận gia công trực tiếp mua từ nước ngoài để cung ứng cho hợp đồng gia công:
a. Điều kiện cung ứng: khi mua và đưa nguyên liệu, vật tư vào cung ứng cho hợp đồng gia công thì nguyên liệu, vật tư đó phải được hai bên thoả thuận về tên gọi, quy cách, số lượng trong hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công.
b. Thủ tục hải quan:
b.1. Thủ tục nhập khẩu, chính sách thuế, thủ tục hoàn thuếnhập khẩu thực hiện theo loại hình nhập nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu; thủ tục xuất khẩu thực hiện theo hình thức xuất khẩu sản phẩm gia công;
b.2. Khi làm thủ tục xuất khẩu sản phẩm gia công, người khai hải quan phải khai rõ tên gọi; lượng sử dụng; số, ngày, tháng, năm tờ khai nhập khẩu của nguyên liệu nhập theo loại hình sản xuất xuất khẩu đã sử dụng để sản xuất ra lô hàng gia công xuất khẩu theo các tiêu chí thông tin quy định tại mẫu Nguyên vật liệu gia công tự cung ứng;
Điều 34. Thủ tục hải quan đối với máy móc, thiết bị nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công
1. Việc nhập khẩu máy móc, thiết bị thuê, mượn để thực hiện hợp đồng gia công phải tuân thủ các quy định về chính sách quản lý, nhập khẩu hàng hoá.
2. Việc nhập khẩu máy móc thiết bị thuê, mượn để thực hiện hợp đồng gia công của các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04/4/2007 của Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương).
3. Thủ tục hải quan đối với máy móc, thiết bị thuê, mượn để trực tiếp phục vụ gia công thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu theo loại hình tạm nhập-tái xuất thì làm thủ tục hải quan như hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán quy định tại Chương II Thông tư này tại cơ quan Hải quan quản lý hợp đồng gia công.
Điều 35. Thủ tục đăng ký, điều chỉnh định mức
1. Định mức sử dụng, định mức tiêu hao, tỷ lệ hao hụt nguyên liệu, vật tư (sau đây gọi chung là định mức):
1.1. Định mức do các bên thoả thuận trong hợp đồng gia công theo quy định tại Điều 31 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ. Nếu trong hợp đồng gia công không quy định tỷ lệ hao hụt nguyên liệu thì coi như hợp đồng gia công đó có tỷ lệ hao hụt nguyên liệu bằng 0%.
1.2. Việc đăng ký định mức sản phẩm xuất khẩu phải thực hiện cho từng mã sản phẩm. Định mức tách nguyên liệu thành phần từ nguyên liệu gốc phải được đăng ký theo từng mã nguyên liệu gốc.
1.3. Đối với những trường hợp một loại nguyên liệu sản xuất ra nhiều loại sản phẩm (như mặt hàng thuỷ sản), nguyên vật liệu loại ra khi sản xuất một loại sản phẩm được sử dụng để làm nguyên liệu sản xuất sản phẩm xuất khẩu khác thì không được coi là phế liệu, không được tính vào tỷ lệ hao hụt và được coi là nguyên liệu thành phần như đã quy định tại Tiết a Điểm 2.1 Khoản 2 Điều 32 Thông tư này.
1.4. Định mức người khai hải quan đã đăng ký, điều chỉnh và được cơ quan hải quan chấp nhận là định mức để thanh khoản hợp đồng gia công.
2. Thời điểm đăng ký, điều chỉnh định mức:
2.1. Thời điểm đăng ký định mức:
Thời điểm đăng ký định mức gia công cho một mã sản phẩm xuất khẩu là trước hoặc cùng thời điểm xuất khẩu lô hàng đầu tiên của mã sản phẩm đó;
2.2. Thời điểm điều chỉnh định mức
a. Doanh nghiệp được quyền điều chỉnh định mức gia công của một mã sản phẩm trước khi làm thủ tục hải quan xuất khẩu lô hàng đầu tiên của mã sản phẩm đó.
b. Trường hợp phát hiện sai sót trong khai báo định mức ngoài thời điểm quy định tại Tiết a Điểm 2.2 Điều này, doanh nghiệp được quyền điều chỉnh định mức đã đăng ký nếu có lý do hợp lý. Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi quản lý hợp đồng gia công căn cứ: định mức đã đăng ký, hồ sơ hải quan của các lô hàng đã xuất khẩu, mẫu lưu theo quy định tại Điều 22 Thông tư này (nếu đã lấy mẫu) hoặc giải trình của doanh nghiệp để xem xét việc điều chỉnh định mức và xử lý vi phạm theo quy định.
3. Thủ tục đăng ký, điều chỉnh định mức
3.1. Trách nhiệm của doanh nghiệp
a. Khai báo thông tin về định mức theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định tại Mẫu định mức thực tế của sản phẩm gia công hoặc Mẫu Thông tin về định mức thực tế đối với nguyên liệu trực tiếp tham gia vào sản phẩm xuất khẩu được tách ra từ nguyên liệu gốc (nguyên liệu thành phần).
b. Tiếp nhận thông tin phản hồi của cơ quan hải quan
b.1. Nhận “Thông báo từ chối đăng ký định mức” theo Mẫu Thông báo gia công và sửa đổi, bổ sung thông tin về định mức gia công theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
b.2. Nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục đăng ký định mức hoặc chấp nhận định mức” theo Mẫu Thông báo gia công và thực hiện các công việc dưới đây:
b.2.1. Đối với định mức được cơ quan hải quan chấp nhận đăng ký trên cơ sở thông tin khai hải quan điện tử thì người khai hải quan căn cứ định mức đã được chấp nhận đăng ký để thực hiện thủ tục xuất khẩu;
b.2.2. Trường hợp cơ quan hải quan yêu cầu phải nộp/xuất trình hồ sơ và mẫu sản phẩm (nếu yêu cầu nộp cả mẫu) để kiểm tra thì doanh nghiệp nộp/xuất trình hồ sơ và mẫu sản phẩm theo yêu cầu.
c. Hồ sơ nộp/ xuất trình với cơ quan hải quan khi có yêu cầu bao gồm:
c.1. Bảng định mức gia công in theo Mẫu Bảng đăng ký định mức: nộp 02 bản chính;
c.2. Bản giải trình về cơ sở, phương pháp tính định mức của mã hàng kèm theo tài liệu thiết kế kỹ thuật của sản phẩm (như sơ đồ cắt đối với hàng may mặc): nộp 01 bản sao;
c.3. Xuất trình sổ sách, chứng từ có liên quan đến việc xác định định mức của mã sản phẩm doanh nghiệp đã đăng ký (chỉ áp dụng đối với trường hợp kiểm tra thực tế định mức).
3.2. Nhiệm vụ của cơ quan hải quan
a. Tiếp nhận đăng ký định mức thông qua hệ thống xử lý dữ liệu hải quan điện tử.
b. Kiểm tra định mức:
b.1. Cơ quan hải quan áp dụng quản lý rủi ro để lựa chọn định mức cần kiểm tra.
b.2. Địa điểm, hình thức kiểm tra:
b.2.1. Kiểm tra tại cơ quan Hải quan;
b.2.2. Kiểm tra tại cơ sở sản xuất của doanh nghiệp;
b.2.3. Cơ quan hải quan trực tiếp kiểm tra hoặc thông qua tổ chức giám định chuyên ngành.
c. Thời điểm kiểm tra định mức:
c.1. Trước hoặc cùng thời điểm xuất khẩu lô sản phẩm đầu tiên của mã sản phẩm đã đăng ký;
c.2. Sau khi xuất khẩu sản phẩm của mã sản phẩm đã đăng ký;
c.3. Khi thanh khoản hợp đồng gia công.
d. Nhiệm vụ của công chức Hải quan khi kiểm tra định mức:
d.1. Kiểm tra đúng qui trình, nhanh, gọn, không gây phiền hà, cản trở việc sản xuất của doanh nghiệp.
d.2. Lập biên bản xác nhận kết quả kiểm tra khi kết thúc kiểm tra. Biên bản phải phản ánh đầy đủ, trung thực với thực tế kiểm tra, có chữ ký của công chức hải quan thực hiện kiểm tra và đại diện doanh nghiệp được kiểm tra.
đ. Thẩm quyền quyết định kiểm tra định mức: Chi cục trưởng Chi cục Hải quan quản lý hợp đồng gia công. Trường hợp doanh nghiệp có giải trình lý do chính đáng bằng văn bản, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi quản lý hợp đồng gia công xem xét cho phép doanh nghiệp làm thủ tục xuất khẩu sản phẩm và lấy mẫu sản phẩm trước; tiến hành kiểm tra định mức sau.
3.3. Thủ tục điều chỉnh định mức được thực hiện tương tự thủ tục đăng ký định mức quy định tại Điểm 3.1, Điểm 3.2 Điều này.
Điều  36. Thủ tục hải quan xuất khẩu sản phẩm gia công ra nước ngoài
1. Thủ tục hải quan xuất khẩu sản phẩm gia công ra nước ngoài thực hiện theo quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng mua bán quy định tại Chương II Thông tư này. Ngoài ra, phải thực hiện thêm:
1.1. Nếu sản phẩm gia công xuất khẩu có sử dụng nguyên liệu do bên nhận gia công tự cung ứng thì khi đăng ký tờ khai xuất khẩu sản phẩm người khai hải quan phải khai thông tin theo các tiêu chí và khuôn dạng quy định tại mẫu Nguyên vật liệu gia công tự cung ứng (mua trong nước hoặc nhập khẩu). Tính thuế xuất khẩu (nếu có) đối với nguyên liệu, vật tư mua tại Việt Nam để cung ứng cho gia công vào phụ lục tờ khai xuất khẩu;
1.2. Doanh nghiệp khai thông tin đến cơ quan hải quan nếu sản phẩm gia công được xuất khẩu cho đối tác thứ ba;
1.3. Xuất trình mẫu lưu nguyên liệu (đối với trường hợp có lấy mẫu) đối với lô hàng xuất khẩu thuộc diện phải kiểm tra thực tế;
a. Công chức hải quan kiểm tra thực tế hàng hoá phải đối chiếu mẫu lưu nguyên liệu, với nguyên liệu cấu thành trên sản phẩm, đối chiếu bản định mức (do cơ quan hải quan nơi đăng ký định mức in và xác nhận) với sản phẩm thực tế xuất khẩu;
b. Trường hợp không xác định được sự phù hợp của sản phẩm xuất khẩu với mẫu lưu thì lấy mẫu sản phẩm xuất khẩu để trưng cầu giám định. Trong khi chờ kết quả giám định, cơ quan hải quan giải quyết tiếp thủ tục theo quy định.
2. Ngay sau khi hợp đồng gia công hết hiệu lực nhưng còn sản phẩm gia công chưa xuất khẩu hết thì doanh nghiệp phải có cam kết với Chi cục Hải quan quản lý hợp đồng gia công về việc xuất khẩu số sản phẩm này trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hết hạn hợp đồng gia công. Cơ quan Hải quan chỉ làm thủ tục đăng ký tờ khai xuất khẩu cho những mã sản phẩm doanh nghiệp đã đăng ký định mức.  3. Thủ tục hải quan đối với những lô hàng gia công xuất khẩu chuyển cửa khẩu thực hiện theo thủ tục hải quan đối với hàng hoá chuyển cửa khẩu quy định tại Điều 29 Thông tư này.
Điều 37. Thủ tục giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp
1. Trên cơ sở văn bản chỉ định của các bên thuê gia công, doanh nghiệp giao sản phẩm gia công chuyển tiếp (Bên giao) và doanh nghiệp nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp (Bên nhận) tự tổ chức việc giao, nhận hàng theo quy định tại Khoản 2 dưới đây.
Thời điểm Bên giao đến cơ quan hải quan bên giao làm thủ tục hải quan phải nằm trong thời hạn hiệu lực của hợp đồng gia công giao và không quá 15 ngày kể từ ngày cơ quan hải quan bên nhận ký xác nhận hoàn thành thủ tục hải quan lên tờ khai. Quá thời hạn nêu trên, nếu tờ khai đó đã được cơ quan hải quan bên nhận xác nhận hoàn thành thủ tục hải quan thì lập biên bản vi phạm để xử lý theo quy định và làm tiếp thủ tục hải quan, không huỷ tờ khai.
2. Thủ tục hải quan
2.1. Trường hợp Bên giao làm thủ tục hải quan điện tử, Bên nhận làm thủ tục hải quan truyền thống
a. Trách nhiệm của doanh nghiệp Bên giao
a.1. Kê khai đầy đủ các tiêu chí dành cho doanh nghiệp Bên giao trên 04 tờ khai mẫu HQ/2008-GCCT - Phụ lục 1 - Thông tư 116/2008/TT-BTC (dưới đây gọi tắt là mẫu HQ/2008-GCCT), ký tên, đóng dấu;
a.2. Giao sản phẩm kèm 04 tờ khai hải quan mẫu HQ/2008-GCCT và bản chính hoá đơn GTGT (liên giao khách hàng); đối với doanh nghiệp chế xuất thì thay hoá đơn GTGT bằng phiếu xuất kho cho Bên nhận; việc giao, nhận được thực hiện tại cơ sở gia công hoặc kho hàng của Bên nhận.
a.3. Sau khi nhận được 02 tờ khai đã có xác nhận hoàn thành thủ tục hải quan của Hải quan bên nhận và Bên giao thực hiện thủ tục hải quan tương tự như đối với sản phẩm gia công xuất khẩu. Hồ sơ phải nộp/xuất trình khi có yêu cầu của cơ quan hải quan gồm:
- Tờ khai hải quan điện tử in mẫu HQ/2009-TKĐTXK: nộp 02 bản chính;
- Tờ khai hải quan nhận từ bên nhận: nộp 01 bản chính;
- Văn bản chỉ định giao hàng: nộp 01 bản sao, xuất trình 01 bản chính;
- Phiếu xuất kho: nộp 01 bản sao, xuất trình 01 bản chính.
b. Trách nhiệm của hải quan Bên giao:
Khi tiếp nhận thông tin khai tờ khai gia công chuyển tiếp cơ quan hải quan thực hiện phân luồng theo một trong các hình thức sau đây:
b.1. Chấp nhận thông quan ngay trên tờ khai chuyển tiếp của doanh nghiệp;
b.2. Kiểm tra hồ sơ trước khi quyết định cho phép thông quan.
Công chức hải quan khi tiếp nhận hồ sơ thực hiện như sau:
b.2.1. Tiếp nhận bộ hồ sơ hải quan do doanh nghiệp chuyển đến và làm thủ tục hải quan như đối với sản phẩm gia công xuất khẩu; xác nhận thông quan, ký tên, đóng dấu công chức lên 02 tờ khai điện tử in mẫu HQ/2009-TKĐTXK;
b.2.2. Lưu 01 tờ khai cùng các chứng từ doanh nghiệp nộp, trả doanh nghiệp 01 tờ khai và các chứng từ do doanh nghiệp xuất trình.      
2.2. Trường hợp Bên giao làm thủ tục hải quan truyền thống, Bên nhận làm thủ tục hải quan điện tử
a. Trách nhiệm của doanh nghiệp (Bên giao):
a.1. Kê khai đầy đủ các tiêu chí dành cho người giao hàng khai, ký tên, đóng dấu trên 02 tờ khai mẫu HQ/2008-GCCT;
a.2. Giao sản phẩm kèm 02 tờ khai hải quan mẫu HQ/2008-GCCT và bản chính hoá đơn GTGT - liên giao khách hàng (đối với sản phẩm gia công); đối với doanh nghiệp chế xuất thì thay hoá đơn GTGT bằng phiếu xuất kho cho Bên nhận; việc giao, nhận được thực hiện tại cơ sở gia công hoặc kho hàng của Bên nhận;
a.3. Sau khi nhận được 02 tờ khai hải quan (đã khai đầy đủ, có chữ ký, đóng dấu của Bên nhận và Hải quan bên nhận) do Bên nhận chuyển đến, Bên giao đăng ký tờ khai hải quan với Hải quan bên giao.
b. Trách nhiệm của doanh nghiệp Bên nhận
Sau khi nhận đủ sản phẩm và 02 tờ khai mẫu HQ/2008-GCCT đã kê khai, ký tên, đóng dấu của Bên giao, Bên nhận tiến hành các công việc sau:
b.1. Khai đầy đủ các tiêu chí dành cho người nhận hàng, ký tên, đóng dấu trên cả 02 tờ khai mẫu HQ/2008-GCCT và làm thủ tục hải quan tương tự như đối với nguyên liệu nhập khẩu do bên thuê gia công cung cấp từ nước ngoài. Hồ sơ hải quan phải nộp/xuất trình bao gồm:
- Tờ khai hải quan điện tử in mẫu HQ/2009-TKĐTNK: nộp 02 bản chính;
- Tờ khai hải quan mẫu HQ/2008-GCCT: nộp 02 bản chính;
- Hoá đơn GTGT (hoặc Phiếu xuất kho của Bên giao nếu Bên giao là doanh nghiệp chế xuất, phiếu nhập kho của Bên nhận nếu Bên nhận là doanh nghiệp chế xuất): nộp 01 bản sao và xuất trình 01 bản chính;
- Xuất trình sổ sách, chứng từ liên quan đến việc nhận hàng khi có yêu cầu của cơ quan hải quan.
b.2. Nhận và bảo quản hàng hoá do doanh nghiệp (bên giao) giao, cho đến khi Hải quan làm thủ tục nhập khẩu quyết định hình thức, mức độ kiểm tra hải quan;
b.3. Xuất trình mẫu sản phẩm gia công chuyển tiếp hoặc hàng hóa để cơ quan hải quan kiểm tra khi có yêu cầu;
b.4. Sau khi làm xong thủ tục nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp, doanh nghiệp bên nhận lưu 01 tờ khai mẫu HQ/2009-TKĐTNK; chuyển 02 tờ khai mẫu HQ/2008-GCCT cho doanh nghiệp bên giao.
c. Trách nhiệm của hải quan bên nhận:
c.1. Thực hiện thủ tục hải quan như đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu do bên thuê gia công cung cấp từ nước ngoài; lập Phiếu lấy mẫu, niêm phong mẫu hàng theo quy định;
c.2. Xác nhận đã làm thủ tục hải quan, ký tên đóng dấu lên cả 04 tờ khai (02 tờ khai mẫu HQ/2008-GCCT và 02 tờ khai hải quan điện tử in);
c.3. Lưu 01 tờ khai hải quan điện tử in và các chứng từ doanh nghiệp phải nộp; trả lại cho doanh nghiệp bên nhận 03 tờ khai và các chứng từ doanh nghiệp xuất trình; giao mẫu hàng đã niêm phong hải quan cho Bên nhận tự bảo quản để xuất trình cho Hải quan khi làm thủ tục xuất khẩu sản phẩm gia công hoặc các trường hợp khác khi Hải quan yêu cầu.
d. Trách nhiệm của hải quan Bên giao: Hải quan Bên giao thực hiện thủ tục hải quan theo quy định hiện hành.
2.3. Trường hợp Bên giao, Bên nhận cùng làm thủ tục hải quan điện tử
a. Trách nhiệm doanh nghiệp Bên giao:
a.1. Giao sản phẩm và bản chính hoá đơn GTGT (liên giao khách hàng); đối với doanh nghiệp chế xuất thì thay hoá đơn GTGT bằng phiếu xuất kho cho Bên nhận; việc giao, nhận được thực hiện tại cơ sở gia công hoặc kho hàng của Bên nhận.
a.2. Khai báo tờ khai điện tử thông tin giao sản phẩm gia công chuyển tiếp trên hệ thống khai hải quan điện tử sau khi nhận được 02 tờ khai (01 bản chính, 01 bản sao) đã có xác nhận hoàn thành thủ tục hải quan của Hải quan bên nhận và thực hiện thủ tục hải quan tương tự như đối với sản phẩm gia công xuất khẩu. Hồ sơ phải nộp/xuất trình khi có yêu cầu của cơ quan hải quan gồm:
- Tờ khai hải quan điện tử in mẫu HQ/2009-TKĐTXK: nộp 02 bản chính;
- Tờ khai hải quan nhận từ Bên nhận: nộp 01 bản sao, xuất trình 01 bản chính;
- Văn bản chỉ định giao hàng: nộp 01 bản sao, xuất trình 01 bản chính;
- Phiếu xuất kho: nộp 01 bản sao, xuất trình 01 bản chính.
b. Trách nhiệm doanh nghiệp bên nhận:
b.1. Thực hiện nhiệm vụ quy định tại tiết b điểm 2.2 Điều này nhưng không phải khai báo và nộp tờ khai mẫu HQ/2008-GCCT;
b.2. Sau khi làm xong thủ tục nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp, chuyển tờ khai đã có xác nhận hoàn thành thủ tục hải quan của Hải quan bên nhận cùng với 01 bản sao cho doanh nghiệp bên giao.
c. Trách nhiệm của hải quan bên nhận: Thực hiện thủ tục hải quan như đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu do bên thuê gia công cung cấp từ nước ngoài.
d. Trách nhiệm của hải quan bên giao: thực hiện thủ tục hải quan điện tử như đối với sản phẩm gia công xuất khẩu.
2.4. Nếu việc giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp được thực hiện tại cùng một doanh nghiệp thì không yêu cầu doanh nghiệp xuất trình hóa đơn GTGT.
2.5. Thủ tục giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp trên đây được áp dụng cho cả trường hợp khác đối tác thuê gia công.
3. Thủ tục giao nhận nguyên phụ liệu, vật tư, máy móc thiết bị thuê mượn trong quá trình thực hiện hợp đồng gia công sang hợp đồng gia công khác theo chỉ định của đối tác thuê gia công được thực hiện tương tự như thủ tục giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp quy định tại Khoản 2 Điều này, nhưng không yêu cầu doanh nghiệp xuất trình hóa đơn GTGT.
Điều 38. Thủ tục hải quan đối với sản phẩm gia công dùng để thanh toán tiền công hoặc tiêu thụ nội địa
1. Loại sản phẩm gia công được sử dụng để thanh toán tiền công gia công thực hiện theo quy định tại Điểm d Khoản 2 Điều 33 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ;
2. Thủ tục hải quan thực hiện theo hình thức xuất nhập khẩu tại chỗ. Đối với trường hợp sản phẩm gia công dùng để thanh toán tiền công thì hợp đồng mua bán thay bằng văn bản thoả thuận giữa bên thuê và bên nhận gia công về việc thanh toán tiền gia công bằng sản phẩm gia công.
3. Doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ chính sách quản lý hàng hoá nhập khẩu, chính sách thuế như đối với hàng nhập khẩu từ nước ngoài và quy định tại Nghị định số 89/2006/NĐ-CP ngày 30/08/2006 của Chính phủ về nhãn hàng hoá. Sản phẩm gia công này được đưa vào để thanh khoản hợp đồng gia công.
4. Trường hợp doanh nghiệp nhận gia công cho thương nhân nước ngoài đồng thời là doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ sản phẩm gia công thì doanh nghiệp này phải làm cả thủ tục xuất khẩu tại chỗ và thủ tục nhập khẩu tại chỗ sản phẩm gia công.
Điều 39. Thủ tục thanh khoản hợp đồng gia công
1. Hồ sơ thanh khoản:
1.1. Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo mẫu Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư nhập khẩu: nộp 01 bản chính;
1.2. Bảng tổng hợp sản phẩm gia công xuất khẩu theo mẫu Bảng tổng hợp sản phẩm gia công xuất khẩu: nộp 01 bản chính;
1.3. Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư xuất trả ra nước ngoài và chuyển sang hợp đồng gia công khác trong khi đang thực hiện hợp đồng gia công theo mẫu Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư xuất trả ra nước ngoài và chuyển sang hợp đồng gia công khác: nộp 01 bản chính;
1.4. Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư do bên nhận gia công cung ứng (nếu có) theo mẫu Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư do bên nhận gia công cung ứng: nộp 01 bản chính;
1.5. Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư đã sử dụng để sản xuất thành sản phẩm xuất khẩu theo mẫu Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư đã sử dụng để sản xuất thành sản phẩm xuất khẩu: nộp 01 bản chính;
1.6. Bảng thanh khoản hợp đồng gia công theo mẫu Bảng thanh khoản hợp đồng gia công: nộp 02 bản chính (trả doanh nghiệp 01 bản sau khi thanh khoản);
1.7. Bảng tổng hợp máy móc, thiết bị tạm nhập, tái xuất theo mẫu Bảng tổng hợp máy móc, thiết bị tạm nhập, tái xuất: nộp 01 bản chính.
Giám đốc doanh nghiệp ký tên, đóng dấu vào các bảng biểu nêu trên và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của các số liệu thanh khoản.
2. Thời hạn thanh khoản:
Chậm nhất 45 ngày làm việc kể ngày hợp đồng gia công và phụ lục hợp đồng gia công kết thúc hoặc hết hiệu lực, doanh nghiệp nhận gia công phải gửi “Yêu cầu thanh khoản” theo các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định tại mẫu Yêu cầu thanh khoản gia công tới Chi cục hải quan quản lý hợp đồng gia công, doanh nghiệp phải có hướng xử lý đối với số nguyên liệu, vật tư dư thừa; máy móc, thiết bị tạm nhập; phế liệu, phế phẩm (nếu có);
Đối với những hợp đồng gia công có thời hạn nhiều năm thì tách ra từng phụ lục theo từng năm. Thời hạn thanh khoản từng phụ lục áp dụng như thời hạn thanh khoản hợp đồng gia công.
3. Thời hạn tiếp nhận, kiểm tra, đối chiếu hồ sơ thanh khoản:
Chậm nhất 30 ngày làm việc, tính từ ngày nhận được “Yêu cầu thanh khoản” của người khai hải quan, Cơ quan hải quan nơi quản lý hợp đồng gia công phải hoàn thành việc kiểm tra đối chiếu kết quả thanh khoản trực tiếp trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, trường hợp cần thiết yêu cầu doanh nghiệp nộp tới toàn bộ hồ sơ thanh khoản để kiểm tra đối chiếu, phản hồi “Thông báo chấp nhận kết quả thanh khoản” hoặc “Thông báo từ chối kết quả thanh khoản” kèm theo lý do từ chối kết quả thanh khoản theo mẫu Thông báo gia công cho doanh nghiệp.
4. Thời hạn làm thủ tục hải quan đối với nguyên liệu dư; máy móc, thiết bị tạm nhập; phế liệu, phế phẩm:
Chậm nhất 30 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan hải quan phản hồi “Thông báo chấp nhận kết quả thanh khoản” hoặc “Thông báo từ chối kết quả thanh khoản” kèm theo lý do từ chối kết quả thanh khoản, người khai hải quan phải thực hiện đầy đủ yêu cầu của cơ quan hải quan trên “Thông báo chấp nhận kết quả thanh khoản” hoặc “Thông báo từ chối kết quả thanh khoản”, bao gồm cả việc hoàn thành thủ tục hải quan để giải quyết số nguyên liệu dư; máy móc, thiết bị tạm nhập; phế liệu, phế phẩm (nếu có).
5. Xử lý quá hạn gửi yêu cầu thanh khoản và quá thời hạn làm thủ tục nguyên phụ liệu, vật tư dư thừa và máy móc, thiết bị tạm nhập
5.1. Xử lý quá hạn gửi yêu cầu thanh khoản hoặc nộp hồ sơ thanh khoản:
a. Trong thời hạn 90 ngày làm việc kể từ ngày hết thời hạn thanh khoản, cơ quan Hải quan nơi quản lý hợp đồng gia công thực hiện: Xử lý vi phạm theo quy định; Tính thuế và ấn định số tiền thuế, tiền phạt chậm nộp đối với số nguyên liệu, vật tư, máy móc… thuộc hợp đồng gia công chưa thanh khoản, tính từ ngày đăng ký tờ khai như đối với hàng nhập khẩu theo hợp đồng mua bán.
b. Doanh nghiệp có trách nhiệm nộp tiền thuế, tiền phạt chậm nộp thuế cho hàng hoá nhập khẩu chưa thanh khoản của hợp đồng đó vào tài khoản tạm thu theo ấn định thuế của cơ quan Hải quan và thực hiện quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật.
c. Trường hợp quá 90 ngày kể từ ngày quá thời hạn gửi yêu cầu thanh khoản mà doanh nghiệp không khai báo/nộp hồ sơ thanh khoản và/hoặc không nộp thuế theo ấn định thuế của cơ quan Hải quan thì bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế theo quy định.
5.2. Xử lý quá hạn thời hạn làm thủ tục đối với nguyên phụ liệu, vật tư dư thừa và máy móc, thiết bị tạm nhập:
a. Cơ quan Hải quan nơi quản lý hợp đồng gia công:
a.1. Lập biên bản vi phạm để xử lý theo quy định;
a.2. Tính thuế và ấn định số tiền thuế đối với số nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị tạm nhập … thuộc hợp đồng gia công chưa thanh khoản tính từ ngày cơ quan Hải quan hoàn thành thủ tục đối chiếu thanh khoản.
b. Doanh nghiệp có trách nhiệm nộp thuế vào tài khoản tạm thu theo ấn định của cơ quan Hải quan và thực hiện quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật.
c. Quá thời hạn nộp thuế, nếu doanh nghiệp không nộp thuế thì bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế theo quy định.
5.3. Doanh nghiệp nộp hồ sơ và hoàn thành việc thanh khoản sau khi đã nộp thuế, phạt chậm nộp thì được làm thủ tục hoàn trả tiền thuế, tiền phạt chậm nộp; theo quy định hiện hành;
Trường hợp doanh nghiệp nộp hồ sơ, hoàn thành việc thanh khoản trong thời hạn nộp thuế và chưa nộp thuế thì được làm thủ tục không thu thuế theo quy định hiện hành.
5.4. Gia hạn thời hạn thanh khoản và thời hạn làm thủ tục hải quan đối với nguyên liệu dư; máy móc, thiết bị tạm nhập; phế liệu, phế phẩm:
Các trường hợp được gia hạn thời hạn thanh khoản:
a. Doanh nghiệp đồng thời thực hiện nhiều hợp đồng gia công và các hợp đồng này đều hết hiệu lực thực hiện tại một thời điểm nên doanh nghiệp không kịp chuẩn bị hồ sơ;
b. Đang có tranh chấp giữa bên thuê gia công và bên nhận gia công liên quan đến hợp đồng gia công;
c. Các trường hợp vì lý do bất khả kháng khác nên doanh nghiệp không thực hiện đúng thời hạn thanh khoản.
Trên cơ sở phụ lục gia hạn thời gian thực hiện việc thanh khoản của người khai hải quan, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi quản lý hợp đồng gia công xem xét, gia hạn thời hạn quy định tại khoản 2 về thời hạn thanh khoản. Thời hạn gia hạn chỉ được 01 lần và không quá 15 ngày đối với Tiết a, không quá 30 ngày đối với Tiết b, Tiết c Điểm này.
Điều 40. Thủ tục hải quan xử lý nguyên liệu, vật tư dư thừa; phế liệu, phế phẩm, phế thải, máy móc, thiết bị thuê, mượn
Theo sự thoả thuận trong hợp đồng gia công và quy định của pháp luật, người khai hải quan quyết định phương thức xử lý nguyên liệu, vật tư dư thừa, phế liệu, phế phẩm, máy móc, thiết bị thuê mượn theo các hình thức sau:
1. Bán tại thị trường Việt Nam: Thủ tục hải quan thực hiện theo phương thức xuất, nhập khẩu tại chỗ quy định tại Điều 71 Thông tư này. Điều kiện xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo quy định tại Khoản 3 Điều 33 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ.
2. Xuất khẩu trả ra nước ngoài: Thủ tục hải quan xuất trả nguyên liệu, vật tư dư thừa, phế liệu, phế phẩm; máy móc, thiết bị thuê mượn ra nước ngoài thực hiện như đối với lô hàng xuất khẩu theo hợp đồng mua bán. Công chức Hải quan kiểm tra thực tế hàng hoá phải đối chiếu nguyên liệu xuất trả với mẫu lưu nguyên liệu lấy khi nhập khẩu; đối chiếu chủng loại, ký mã hiệu của máy móc thiết bị ghi trên tờ khai tạm nhập hoặc tờ khai chuyển tiếp gần nhất với máy móc thiết bị tái xuất.
3. Chuyển sang thực hiện hợp đồng gia công khác tại Việt Nam: Thủ tục hải quan chuyển nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị sang hợp đồng gia công khác thực hiện như thủ tục hải quan giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp hướng dẫn tại Điều 37 Thông tư này; ngoài ra phải thực hiện thêm như sau:
3.1. Việc chuyển nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị thuê mượn sang hợp đồng gia công khác phải được người khai hải quan thực hiện sau khi cơ quan hải quan gửi “thông báo chấp nhận kết quả thanh khoản” theo mẫu thông báo gia công cho doanh nghiệp.
3.2. Trường hợp chuyển nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị thuê mượn sang hợp đồng gia công do doanh nghiệp khác thực hiện:
a. Bên nhận: xuất trình nguyên liệu nhận từ hợp đồng khác sang và mẫu lưu lấy khi nhập khẩu để Hải quan bên nhận đối chiếu;
b. Hải quan bên nhận: đối chiếu mẫu lưu nguyên liệu lấy khi nhập khẩu với nguyên liệu chuyển giao, nếu phù hợp thì tiến hành lấy mẫu mới cho hợp đồng nhận nguyên liệu (việc đối chiếu mẫu và lấy mẫu mới được thực hiện tại doanh nghiệp);
c. Thủ trưởng cơ quan hải quan quản lý hợp đồng gia công quyết định kiểm tra thực tế hàng hoá khi có dấu hiệu doanh nghiệp khai báo không đúng. Kết quả kiểm tra nếu kết luận doanh nghiệp khai báo không đúng thì xử lý theo quy định của pháp luật.
3.3. Đối với trường hợp chuyển nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị thuê mượn sang hợp đồng gia công khác do cùng một doanh nghiệp thực hiện:
a. Khi làm thủ tục hải quan chuyển nguyên liệu dư thừa sang hợp đồng gia công khác doanh nghiệp xuất trình mẫu lưu nguyên liệu của hợp đồng gia công giao;
b. Cơ quan hải quan quản lý hợp đồng gia công thực hiện chuyển mẫu nguyên liệu này sang cho hợp đồng gia công mới bằng cách: lập phiếu lấy mẫu mới và chuyển mẫu nguyên liệu sang niêm phong hải quan cùng phiếu lấy mẫu này, không phải đến doanh nghiệp để lấy mẫu và đối chiếu mẫu;
c. Cơ quan hải quan quản lý hợp đồng gia công thực hiện kiểm tra tại doanh nghiệp khi có nghi vấn việc chuyển hàng hoá khai trên tờ khai hải quan là không đúng.
4. Biếu tặng tại Việt Nam:
4.1. Thủ tục hải quan thực hiện như thủ tục đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ hướng dẫn tại Điều 71 Thông tư này (trong trường hợp này hợp đồng gia công, phụ lục hợp đồng gia công được coi là hợp đồng mua bán).
4.2. Trường hợp cơ quan hải quan yêu cầu kiểm tra chứng từ, hồ sơ hải quan phải nộp/xuất trình gồm:
a. Tờ khai hải quan điện tử in theo mẫu Tờ khai hải quan điện tử nhập khẩu: nộp 02 bản chính;
b. Văn bản biếu, tặng của bên đặt gia công: nộp 01 bản chính;
c. Văn bản chấp thuận của Bộ Công thương nếu hàng biếu tặng thuộc danh mục hàng hoá nhập khẩu theo giấy phép của Bộ Công thương; văn bản cho phép của cơ quan chuyên ngành nếu hàng nhập khẩu phải có giấy phép của cơ quan chuyên ngành: nộp 01 bản chính.
4.3. Thủ tục hải quan và chính sách thuế thực hiện theo quy định đối với hàng biếu tặng. Sau khi hoàn thành thủ tục cho lô hàng, Bên nhận gia công giao cho người được biếu tặng tờ khai hải quan điện tử in bản chính làm chứng từ phục vụ yêu cầu của các cơ quan chức năng khác.
5. Tiêu huỷ phế liệu, phế phẩm tại Việt Nam:
5.1. Việc tiêu huỷ thực hiện sau khi kết thúc hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công hoặc trong quá trình thực hiện hợp đồng gia công. Việc tiêu huỷ này áp dụng cho cả sản phẩm gia công được bên thuê gia công đề nghị tiêu huỷ tại Việt Nam.
5.2. Thủ tục hải quan giám sát tiêu huỷ thực hiện như sau:
a. Người khai hải quan tạo thông tin “Đề nghị giám sát tiêu huỷ phế liệu, phế phẩm gia công hoặc sản phẩm, bán thành phẩm gia công” kèm theo thông tin văn bản cho phép tiêu huỷ tại Việt Nam của Sở Tài nguyên - Môi trường theo định dạng chuẩn quy định tại mẫu Đề nghị giám sát tiêu huỷ phế liệu, phế phẩm gia công hoặc sản phẩm, bán thành phẩm gia công gửi đến cơ quan hải quan quản lý hợp đồng gia công;
b. Doanh nghiệp chủ động tổ chức việc tiêu huỷ và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tác động của toàn bộ quá trình tiêu huỷ đối với môi trường;
c. Cơ quan hải quan quản lý hợp đồng gia công cử công chức Hải quan giám sát quá trình tiêu huỷ;
d. Khi kết thúc tiêu huỷ, các bên phải tiến hành lập biên bản xác nhận việc tiêu huỷ theo đúng qui định. Biên bản này phải có chữ ký của Giám đốc doanh nghiệp, dấu của doanh nghiệp có hàng tiêu huỷ; họ, tên, chữ ký của công chức Hải quan giám sát việc tiêu huỷ, những người được Giám đốc doanh nghiệp giao thực hiện tiêu hủy.
Điều 41. Thủ tục chuyển việc quản lý, theo dõi hợp đồng đang thực hiện giữa phương thức truyền thống và phương thức điện tử
1. Nguyên tắc chuyển đổi:
1.1. Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp đang thực hiện hợp đồng gia công (dưới đây gọi là Chi cục Hải quan chuyển đi) chịu trách nhiệm theo dõi, thanh khoản phần hàng hoá đã làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu tại Chi cục từ khi doanh nghiệp bắt đầu đăng ký hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công đến thời điểm chuyển đổi;
1.2. Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp dự kiến chuyển việc thực hiện tiếp hợp đồng gia công (dưới đây gọi là Chi cục Hải quan chuyển đến) chịu trách nhiệm theo dõi, thanh khoản phần hàng hoá đã làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu tại Chi cục từ thời điểm chuyển đổi đến khi kết thúc hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công.
2. Thủ tục chuyển đổi
2.1. Việc chuyển đổi được thực hiện giữa các Chi cục Hải quan khác nhau:
a. Trách nhiệm của doanh nghiệp:
a.1. Có văn bản đề nghị chuyển đổi gửi Chi cục Hải quan chuyển đến, nêu rõ các thông tin: Số, ngày hợp đồng, ngày hết hạn hợp đồng; tên đối tác thuê gia công; sản phẩm gia công; Chi cục hải quan đang quản lý, theo dõi hợp đồng gia công; nêu rõ thời điểm chấm dứt làm thủ tục hải quan tại Chi cục Hải quan chuyển đi và bắt đầu làm thủ tục hải quan tại Chi cục Hải quan chuyển đến;
a.2. Thực hiện việc đăng ký hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công tại Chi cục Hải quan chuyển đến;
a.3. Nộp hồ sơ đề nghị chuyển đổi cho Chi cục Hải quan chuyển đi gồm:
Văn bản đề nghị chuyển đổi có xác nhận của Chi cục Hải quan chuyển đến: 01 bản chính;
Biên bản chốt tồn theo mẫu Biên bản chốt tồn có xác nhận của Giám đốc doanh nghiệp: 01 bản chính.
a.4. Thực hiện thủ tục chuyển nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị từ  hợp đồng đang theo dõi tại Chi cục hải quan chuyển đi sang hợp đồng theo dõi tại Chi cục hải quan chuyển đến như thủ tục hải quan giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp;
a.5. Thực hiện thanh khoản hợp đồng gia công tại Chi cục hải quan chuyển đi và hoàn tất thủ tục chuyển đổi theo quy định.
b. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan chuyển đi:
b.1. Chấm dứt làm thủ tục hải quan cho nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và sản phẩm gia công của hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công đề nghị chuyển đổi ngay sau khi nhận được văn bản đề nghị chuyển đổi đã có xác nhận của Hải quan bên nhận;
b.2. Thực hiện thủ tục hải quan chuyển nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị từ  hợp đồng đang theo dõi tại Chi cục hải quan chuyển đi sang hợp đồng theo dõi tại Chi cục hải quan chuyển đến như thủ tục hải quan giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp;
b.3. Thực hiện thanh khoản hợp đồng gia công chuyển đổi theo quy định hiện hành;
b.4. Xác nhận, ký tên, đóng dấu công chức vào biên bản chốt tồn theo mẫu Biên bản chốt tồn;
b.5. Hoàn tất thủ tục chuyển đổi bao gồm cả việc thống nhất cùng Hải quan bên nhận sửa đổi, bổ sung thông tin tại tờ khai chuyển tiếp; tiếp tục làm thủ tục chuyển đổi lượng nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị, sản phẩm gia công còn tồn sau khi thực hiện xong việc chốt tồn cùng doanh nghiệp.   
c. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan chuyển đến:
c.1. Xác nhận việc đồng ý tiếp nhận chuyển đổi hợp đồng gia công tại văn bản đề nghị chuyển đổi của doanh nghiệp. Hướng dẫn doanh nghiệp làm thủ tục đăng ký hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công và bắt đầu thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu từ thời điểm chuyển đổi;
c.2. Thực hiện thủ tục chuyển nguyên liệu, vật tư; máy móc, thiết bị từ  hợp đồng đang theo dõi tại Chi cục hải quan chuyển đi sang hợp đồng theo dõi tại Chi cục hải quan chuyển đến như thủ tục hải quan giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp.
2.2. Việc chuyển đổi được thực hiện trong cùng một Chi cục:
a. Trách nhiệm của doanh nghiệp: Thực hiện đầy đủ các công việc nêu tại tiết a điểm 2.1 Điều này nhưng văn bản đề nghị chuyển đổi phải nêu rõ việc chuyển đổi được thực hiện trong cùng một Chi cục. Văn bản đề nghị chuyển đổi của doanh nghiệp không cần có xác nhận của Chi cục Hải quan thực hiện việc chuyển đổi.
b. Trách nhiệm của cơ quan hải quan:
b.1. Hướng dẫn doanh nghiệp làm thủ tục đăng ký hợp đồng/phụ lục hợp đồng gia công theo phương thức quản lý mới và thống nhất cùng doanh nghiệp xác nhận lượng tồn của hợp đồng gia công đang thực hiện;
b.2. Xác nhận, ký tên, đóng dấu công chức vào biên bản chốt tồn theo mẫu Biên bản chốt tồn;
b.3. Nhập thông tin về nguyên liệu, vật tư; máy móc, thiết bị đã được chốt tồn vào hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
 
Mục 2
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ
ĐẶT GIA CÔNG Ở NƯỚC NGOÀI
Điều 42. Thủ tục đăng ký hợp đồng gia công
1. Trách nhiệm của doanh nghiệp
1.1. Trước khi làm thủ tục xuất khẩu lô hàng đầu tiên của hợp đồng gia công, người khai hải quan phải tạo các thông tin khai hải quan điện tử về hợp đồng gia công trên máy tính theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định tại mẫu Hợp đồng gia công này và chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã khai. Các thông tin khai hải quan gồm:
a. Thông tin về hợp đồng gia công và các phụ lục kèm theo (nếu có);
b. Danh mục nguyên liệu (nếu có);
c. Danh mục sản phẩm (nếu có);
d. Danh mục thiết bị (nếu có);
đ. Danh mục hàng mẫu (nếu có);
e. Bảng định mức (nếu có);
g. Giấy phép của cơ quan có thẩm quyền nếu hàng hoá xuất khẩu để thực hiện hợp đồng gia công và sản phẩm gia công nhập khẩu thuộc danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phải có giấy phép; danh mục hàng hóa đính kèm giấy phép.
Riêng trường hợp người khai hải quan là Đại lý thủ tục hải quan thì phải khai báo rõ nội dung uỷ quyền.
1.2. Gửi thông tin khai hải quan điện tử đến cơ quan hải quan;
1.3. Tiếp nhận thông tin phản hồi của cơ quan hải quan và thực hiện các công việc như thủ tục tiếp nhận hợp đồng gia công cho doanh nghiệp nước ngoài.
2. Kiểm tra, tiếp nhận, đăng ký hợp đồng gia công của cơ quan hải quan: thực hiện như thủ tục tiếp nhận hợp đồng gia công cho doanh nghiệp nước ngoài.
Điều 43. Thủ tục xuất khẩu nguyên liệu để đặt gia công tại nước ngoài
Thủ tục hải quan thực hiện như thủ tục xuất khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa hướng dẫn tại Chương II Thông tư này; tờ khai hải quan mở theo loại hình xuất gia công. Khi kiểm tra thực tế hàng hoá thay việc đối chiếu mẫu bằng việc lấy mẫu lưu nguyên liệu.
Điều 44. Thủ tục đăng ký, điều chỉnh, kiểm tra định mức đặt gia công tại nước ngoài
1. Thời điểm đăng ký, điều chỉnh định mức:
1.1. Trư��c khi làm thủ tục nhập khẩu sản phẩm, nếu sản phẩm gia công nhập khẩu trở lại Việt Nam;
1.2. Khi làm thủ tục thanh khoản hợp đồng gia công, nếu sản phẩm gia công được bán tại nước ngoài.
2. Thủ tục đăng ký, điều chỉnh, kiểm tra định mức thực hiện như đối với nhận gia công cho nước ngoài.
Điều 45. Thủ tục nhập khẩu sản phẩm gia công đặt gia công tại nước ngoài
1. Thủ tục hải quan thực hiện như thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa hướng dẫn tại Chương II Thông tư; tờ khai hải quan mở theo loại hình nhập gia công. Ngoài ra, người khai hải quan  phải thực hiện thêm một số công việc sau:
1.1. Khai báo lượng nguyên liệu, vật tư cấu thành trên sản phẩm gia công nhập khẩu có nguồn gốc nước ngoài theo Mẫu Nguyên vật liệu gia công tự cung ứng (mua trong nước hoặc nhập khẩu);
1.2. Khi kiểm tra thực tế hàng hoá phải đối chiếu mẫu lưu nguyên liệu lấy khi xuất khẩu với nguyên liệu cấu thành trên sản phẩm.
2. Chính sách thuế thực hiện theo chính sách thuế đối với sản phẩm đặt gia công ở nước ngoài nhập khẩu trở lại Việt Nam qui định của pháp luật về thuế.
Điều 46. Thủ tục thanh khoản hợp đồng đặt gia công tại nước ngoài
Thời hạn người khai hải quan nộp hồ sơ thanh khoản, nhập khẩu trở lại Việt Nam nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc thiết bi tạm xuất phục vụ gia công; thời hạn cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ thanh khoản và xử lý đối với những hợp đồng gia công quá hạn không thanh khoản thực hiện như đối với hợp đồng nhận gia công cho doanh nghiệp nước ngoài.
 
CHƯƠNG IV
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI  NGUYÊN LIỆU, VẬT TƯ NHẬP KHẨU ĐỂ SẢN XUẤT HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU
 
Điều 47. Thủ tục hải quan đối với nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa xuất khẩu.
1. Nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu bao gồm:
1.1. Nguyên liệu, bán thành phẩm, phụ tùng, linh kiện, bộ phận rời tham gia trực tiếp vào quá trình sản xuất để cấu thành trên sản phẩm xuất khẩu hoặc chuyển hoá thành sản phẩm xuất khẩu;
1.2. Nguyên liệu, vật tư trực tiếp tham gia vào quá trình sản xuất sản phẩm xuất khẩu nhưng không cấu thành trên sản phẩm xuất khẩu hoặc không chuyển hoá thành sản phẩm xuất khẩu;
1.3. Sản phẩm hoàn chỉnh (ví dụ: caravat, móc treo…) do doanh nghiệp nhập khẩu để gắn vào sản phẩm xuất khẩu, để đóng chung với sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu hoặc để đóng chung với sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư mua trong nước thành mặt hàng đồng bộ để xuất khẩu ra nước ngoài;
1.4. Vật tư làm bao bì hoặc bao bì để đóng gói sản phẩm xuất khẩu;
1.5. Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để bảo hành, sửa chữa, tái chế sản phẩm xuất khẩu;
1.6. Hàng mẫu nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu sau khi hoàn thành hợp đồng phải tái xuất trả lại khách hàng nước ngoài.
2. Thủ tục đăng ký, sửa đổi, bổ sung danh mục nguyên liệu, vật tư:
2.1. Đăng ký danh mục nguyên liệu, vật tư:
a. Thời điểm đăng ký:
Người khai hải quan phải khai Danh mục nguyên liệu, vật tư nhập khẩu trước khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng nguyên liệu, vật tư đầu tiên.
Tất cả các tiêu chí về tên gọi nguyên liệu, vật tư; mã HS; mã nguyên liệu, vật tư; đơn vị tính đăng ký trong Danh mục phải khai thống nhất từ khi nhập khẩu nguyên liệu đến khi doanh nghiệp chấm dứt hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu theo loại hình này.
b. Thủ tục đăng ký:
Người khai hải quan thực hiện:
b.1. Khai thông tin về Danh mục nguyên liệu, vật tư theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định tại Bảng danh mục nguyên liệu, vật tư nhập khẩu trên hệ thống khai hải quan điện tử.;
b.2. Gửi thông tin đến hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan;
b.3. Tiếp nhận Thông báo chấp nhận đăng ký hoặc Thông báo từ chối đăng ký và thực hiện sửa đổi, bổ sung thông tin theo hướng dẫn của cơ quan hải quan. Sau khi sửa đổi, bổ sung thông tin, tiếp tục gửi đến cơ quan hải quan.
2.2. Sửa đổi, bổ sung danh mục nguyên liệu, vật tư:
Người khai hải quan được quyền sửa đổi tất cả các thông tin danh mục nguyên liệu, vật tư nhập khẩu trước khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng nguyên liệu, vật tư đầu tiên hoặc trước khi đăng ký định mức có liên quan, tùy theo thời điểm nào có trước.
Trường hợp phát hiện sai sót trong khai báo Danh mục nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, ngoài thời điểm quy định ở trên, người khai hải quan được phép sửa đổi nội dung đã khai nếu có lý do hợp lý và được cơ quan hải quan chấp nhận, nhưng không được phép sửa đổi mã nguyên liệu, vật tư và đơn vị tính nguyên liệu, vật tư.
Việc khai thông tin sửa đổi, bổ sung Danh mục nguyên liệu, vật tư nhập khẩu được thực hiện như thủ tục đăng ký danh mục nguyên liệu, vật tư, quy định tại điểm 2.1 trên đây.
3. Thủ tục hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư:
3.1 Thủ tục hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư theo danh mục nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đã đăng ký được thực hiện như thủ tục hải quan nhập khẩu hàng hoá theo hợp đồng mua bán, quy định tại Chương II Thông tư này tại cơ quan hải quan nơi đăng ký danh mục nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.
3.2. Đối với những lô hàng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu chuyển cửa khẩu thì thực hiện theo quy định về thủ tục tục hải quan điện tử đối với hàng hoá chuyển cửa khẩu quy định tại Điều 29 Thông tư này.
Điều 48. Thủ tục hải quan đối với sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu:
1. Hàng hóa xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu bao gồm:
1.1. Sản phẩm được sản xuất từ toàn bộ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình sản xuất xuất khẩu;
1.2. Sản phẩm được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình sản xuất xuất khẩu và nguyên liệu, vật tư có nguồn gốc khác như mua tại thị trường Việt Nam hoặc nhập khẩu theo hợp đồng mua bán.
2. Thủ tục đăng ký, sửa đổi, bổ sung định mức sử dụng nguyên liệu, định mức vật tư tiêu hao, tỷ lệ hao hụt nguyên liệu, vật tư (gọi tắt là định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư) được thực hiện như đăng ký định mức nguyên liệu, vật tư để gia công hàng hóa cho thương nhân nước ngoài, hướng dẫn tại Điều 35 Thông tư này.
3. Thủ tục hải quan xuất khẩu sản phẩm:
3.1. Địa điểm làm thủ tục hải quan:
a. Thủ tục hải quan xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu được thực hiện tại một Chi cục Hải quan thuận tiện nhất.
b. Trường hợp thủ tục hải quan điện tử đối với xuất khẩu sản phẩm không thực hiện tại Chi cục Hải quan nơi đã đăng ký danh mục nguyên liệu, vật tư, người khai hải quan xuất trình tờ khai hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư đã sử dụng để sản xuất sản phẩm để đăng ký tờ khai hải quan xuất khẩu sản phẩm theo loại hình nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu.
3.2. Thủ tục hải quan xuất khẩu sản phẩm thực hiện như thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa theo hợp đồng mua bán, quy định tại Chương II Thông tư này. 
Đối với lô hàng xuất khẩu thuộc diện phải kiểm tra thực tế, người khai hải quan phải xuất trình mẫu lưu trong trường hợp có lấy mẫu nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.
Công chức hải quan kiểm tra thực tế hàng hoá phải đối chiếu mẫu lưu với nguyên liệu cấu thành trên sản phẩm; đối chiếu định mức nguyên liệu, vật tư với sản phẩm thực tế xuất khẩu. Trường hợp mẫu lưu không phù hợp với sản phẩm xuất khẩu thì công chức hải quan phải lấy mẫu sản phẩm xuất khẩu để trưng cầu giám định. Trong khi chờ kết quả giám định, cơ quan hải quan tiếp tục thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu hàng hóa.
4. Khi làm thủ tục hải quan xuất khẩu sản phẩm, nếu người khai hải quan có sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa để sản xuất sản phẩm xuất khẩu và có nhu cầu hoàn thuế đối với lượng nguyên liệu, vật tư này thì phải khai báo thông tin theo khuôn dạng chuẩn quy định tại Bảng kê nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa.
Điều 49. Thanh khoản tờ khai nguyên liệu, vật tư nhập khẩu:
1. Nguyên tắc thanh khoản:
1.1. Tất cả nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình sản xuất xuất khẩu đều phải được thanh khoản.
1.2. Người khai hải quan lựa chọn những tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất khẩu để đưa vào thanh khoản.
Trường hợp nguyên liệu, vật tư đã nhập khẩu nhưng chưa đưa vào sản xuất hàng xuất khẩu nên chưa thanh khoản tờ khai nhập khẩu được thì người khai hải quan phải khai báo thông tin nguyên vật liệu chưa đưa vào thanh khoản theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định tại “Bảng kê nguyên liệu chưa đưa vào thanh khoản”.
1.3. Một tờ khai xuất khẩu chỉ được thanh khoản một lần.
Trường hợp sản phẩm sản xuất hàng xuất khẩu có sử dụng nguyên liệu theo hợp đồng mua bán hàng hoá nhập khẩu tại Chi cục Hải quan khác thì một tờ khai xuất khẩu có thể được thanh khoản từng phần.
Cơ quan Hải quan khi tiến hành thanh khoản phải:
a. Xác nhận lượng đã thanh khoản vào tờ khai hải quan điện tử trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b. Đóng dấu “đã thanh khoản” trên tờ khai xuất khẩu tại chi cục hải quan khác (bản do khai người khai hải quan lưu).
c. Tờ khai xuất khẩu của Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử muốn sử dụng để thanh khoản cho Chi cục hải quan khác phải có xác nhận của Chi cục hải quan điện tử lượng chưa sử dụng để thanh khoản.
1.4. Trường hợp nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình sản xuất xuất khẩu được sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu cho hợp đồng gia công thì phần nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo loại hình sản xuất xuất khẩu được thanh khoản bằng tờ khai xuất khẩu gia công.
2. Hồ sơ thanh khoản
2.1. Hồ sơ thanh khoản thực hiện theo quy định hiện hành về chế độ quản lý thuế đối với hàng hóa thuộc loại hình sản xuất xuất khẩu, trừ những chứng từ sau đây nếu người khai hải quan đã khai báo khi làm thủ tục hải quan điện tử:
a. Tờ khai hải quan nhập khẩu nguyên liệu, vật tư đã làm thủ tục hải quan;
b. Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu đã làm thủ tục hải quan;
c. Bảng đăng ký định mức nguyên liệu, vật tư;
d. Bảng kê các tờ khai xuất khẩu sản phẩm đưa vào thanh khoản.
2.2. Thủ tục đối chiếu số liệu thanh khoản: Trước khi nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế, doanh nghiệp phải khai trên Hệ thống khai hải quan điện tử các thông tin sau:
a. Thông tin chung;
b. Danh sách các tờ khai nhập khẩu thanh khoản (bao gồm cả các tờ khai nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hoá);
c. Danh sách các tờ khai xuất khẩu thanh khoản (bao gồm cả các tờ khai xuất khẩu ở cửa khẩu khác nơi nhập khẩu và tờ khai xuất gia công);
d. Bảng kê các chứng từ thanh toán hàng sản xuất xuất khẩu;
e. Các thông tin giải trình chi tiết lượng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu thuộc các tờ khai nhập khẩu đưa vào thanh khoản sử dụng vào các mục đích dưới đây (nếu có):
e.1. Bảng kê nguyên phụ liệu xuất khẩu qua sản phẩm theo hợp đồng gia công;
e.2. Bảng kê nguyên liệu, vật tư nhập khẩu chưa đưa vào thanh khoản (trong trường hợp doanh nghiệp chỉ sử dụng một phần nguyên liệu, vật tư để sản xuất mà không sử dụng toàn bộ nguyên liệu, vật tư trên tờ khai nhập khẩu này, sau đó dùng nguyên liệu, vật tư của tờ khai nhập khẩu tiếp theo để thanh khoản);       
e.3. Bảng kê nguyên phụ liệu không xuất khẩu xin nộp thuế vào ngân sách;
g. Bảng báo cáo nhập-xuất-tồn nguyên liệu, vật tư nhập khẩu;
h. Báo cáo tính thuế trên nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.
3. Thủ tục nộp, tiếp nhận và xử lý hồ sơ thanh khoản:
3.1. Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử tiếp nhận thông tin thanh khoản, kiểm tra, đối chiếu số liệu thanh khoản và phản hồi thông tin cho doanh nghiệp thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu hải quan điện tử.
3.2. Căn cứ kết quả kiểm tra, đối chiếu số liệu đúng tại Tiết 3.1 trên đây, và hồ sơ do doanh nghiệp nộp và/hoặc xuất trình, Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục thanh khoản thực hiện thủ tục xét hoàn thuế, không thu thuế theo quy định hiện hành về chế độ quản lý thuế đối với hàng hóa thuộc loại hình sản xuất xuất khẩu.
Điều 50. Thủ tục chuyển việc quản lý, theo dõi các tờ khai loại hình nhập nguyên liệu sản xuất xuất khẩu từ phương thức thủ công sang phương thức điện tử
1. Doanh nghiệp chuyển đổi việc quản lý các tờ khai nhập khẩu nguyên liệu sản xuất xuất khẩu đã đăng ký và làm thủ tục hải quan nhập khẩu tại Chi cục Hải thực hiện theo phương thức truyền thống (Chi cục Hải quan chuyển đi) sang Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử (Chi cục Hải quan chuyển đến) phải có văn bản đề nghị Chi cục hải quan chuyển đi và Chi cục hải quan chuyển đến.
2. Doanh nghiệp cùng Chi cục Hải quan chuyển đi thực hiện việc thanh khoản cho các tờ khai nhập khẩu chuyển đi và gửi kết quả thanh khoản cho Chi cục hải quan chuyển đến;
3. Chi cục Hải quan chuyển đi tiếp tục quản lý thuế đối với các tờ khai nhập khẩu chuyển đi cho đến khi thanh khoản xong về thuế. Khi nhận được quyết định thanh khoản của các tờ khai chuyển đi do Chi cục hải quan chuyển đến gửi, Chi cục Hải quan chuyển đi làm tiếp các thủ tục về thuế cho doanh nghiệp.
4. Chi cục Hải quan chuyển đến theo dõi và thực hiện thanh khoản đối với các tờ khai nhập khẩu chuyển đi và thông báo cho Chi cục Hải quan chuyển đi quyết định thanh khoản.
5. Doanh nghiệp có trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ về thuế đối với các tờ khai chuyển đi với Chi cục Hải quan chuyển đi sau khi có kết quả thanh khoản.
6. Trường hợp Chi cục hải quan chuyển đến và Chi cục hải quan chuyển đi là một thì Chi cục hải quan thực hiện cả công việc của Chi cục Hải quan chuyển đến và Chi cục Hải quan chuyển đi.
 
CHƯƠNG V
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HÓA ĐƯA VÀO, ĐƯA RA
DOANH NGHIỆP CHẾ XUẤT
Mục 1
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HÓA
CỦA DOANH NGHIỆP CHẾ XUẤT THÔNG THƯỜNG
Điều 51. Nguyên tắc kiểm tra giám sát hải quan
1. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất quy định tại Thông tư này được áp dụng cho doanh nghiệp chế xuất trong khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất ngoài khu chế xuất và được thực hiện tại Chi cục Hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất;
2. Hàng hóa luân chuyển trong nội bộ một doanh nghiệp chế xuất thì không phải làm thủ tục hải quan;
3. Văn phòng phẩm, hàng hoá từ thị trường nội địa phục vụ cho sinh hoạt hàng ngày của doanh nghiệp chế xuất thực hiện theo quy định tại Điều 21 Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế;
4. Hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất phải phù hợp với phiếu nhập kho, phiếu xuất kho và phải được ghi chép, theo dõi theo từng tờ khai, chứng từ đưa vào, đưa ra khỏi doanh nghiệp chế xuất. Trường hợp có sự sai lệch về chủng loại, số lượng, đơn vị tính của hàng hóa giữa thực tế nhập kho, xuất kho với khai báo trên tờ khai, chứng từ thì doanh nghiệp phải kê khai và bổ sung như khai bổ sung hồ sơ hải quan theo quy định ngay sau khi nhập kho, xuất kho;
Việc kiểm tra giám sát hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất trên cơ sở tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất khẩu, chứng từ đưa hàng hóa vào, chứng từ đưa hàng hóa ra, chứng từ nhập kho, chứng từ xuất kho, định mức và hàng hóa thực tế trong kho;
5. Doanh nghiệp chế xuất được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép để thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu theo quy định thì doanh nghiệp chế xuất được thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu theo quy định tại Nghị định 23/2007/NĐ-CP ngày 12/02/2007 của Chính phủ về hoạt động mua bán và các hoạt động liên quan đến hoạt động trực tiếp đến hoạt động mua bán hàng hóa của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, Thông tư 09/2007/TT-BTM ngày 17/07/2007 của Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương), Thông tư số 05/2008/TT-BCT ngày 14/01/2008 của Bộ Công Thương hướng dẫn thực hiện Nghị định 23/2007/NĐ-CP và Quyết định số 10/2007/QĐ-BTM ngày 21/05/2007 của Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương).
6. Doanh nghiệp chế xuất khai và tự chịu trách nhiệm về việc sử dụng hàng hóa nhập khẩu, đưa vào doanh nghiệp chế xuất thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định tại Điều 2 Nghị định số 149/2005/NĐ-CP ngày 08/12/2005, không chịu thuế giá trị gia tăng theo Điều 3 Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 và không chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định tại Điều 3 Nghị định số 26/2009/NĐ-CP ngày 16/3/2009 của Chính phủ.
Điều 52. Đăng ký, sửa đổi, bổ sung danh mục hàng hóa đưa vào, danh mục hàng hóa đưa ra doanh nghiệp chế xuất
1. Thời điểm đăng ký, sửa đổi bổ sung:
1.1. Thời điểm đăng ký danh mục:
a. Đối với hàng hóa đưa vào doanh nghiệp chế xuất: đăng ký danh mục trước khi làm thủ tục nhập khẩu, đưa vào lô hàng đầu tiên;
b. Đối với hàng hóa đưa ra doanh nghiệp chế xuất:
b.1. Nếu hàng hóa là sản phẩm do doanh nghiệp chế xuất sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu thì phải đăng ký danh mục trước khi làm thủ tục đăng ký định mức;
b.2. Nếu hàng hóa không phải là sản phẩm do doanh nghiệp chế xuất sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu thì doanh nghiệp chế xuất phải đăng ký danh mục trước khi làm thủ tục đưa hàng ra doanh nghiệp chế xuất;
1.2. Thời điểm sửa đổi, bổ sung danh mục:
a. Sửa đổi, bổ sung danh mục hàng hóa đưa vào doanh nghiệp chế xuất:
a.1. Trường hợp hàng hóa là nguyên liệu, vật tư cho sản phẩm xuất khẩu: Người khai hải quan được sửa đổi tất cả các thông tin danh mục hàng hóa đưa vào doanh nghiệp chế xuất trước khi làm thủ tục nhập khẩu, đưa vào lô hàng đầu tiên hoặc trước khi đăng ký định mức tùy theo thời điểm nào có trước;
a.2. Trường hợp hàng hóa không phải là nguyên liệu, vật tư cho sản phẩm xuất khẩu: Người khai hải quan được sửa đổi tất cả các thông tin danh mục hàng hóa đưa vào doanh nghiệp chế xuất  trước khi làm thủ tục nhập khẩu, đưa vào lô hàng đầu tiên;
b. Sửa đổi, bổ sung danh mục hàng hóa đưa ra doanh nghiệp chế xuất:
b.1. Nếu hàng hóa là sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu thì người khai hải quan được sửa đổi trước khi làm thủ tục đăng ký định mức;
b.2. Nếu hàng hóa không phải là sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu nhập khẩu thì người khai hải quan được quyền sửa đổi trước khi làm thủ tục đưa ra doanh nghiệp chế xuất;
1.3. Trường hợp phát hiện sai sót trong khai báo các loại danh mục ngoài thời điểm quy định ở các Điểm a, b khoản 1.2 nêu trên người khai hải quan được phép sửa đổi nội dung đã khai nếu có lý do hợp lý và được cơ quan hải quan chấp nhận nhưng không được phép sửa đổi mã hàng hóa và đơn vị tính hàng hóa.
2. Thủ tục đăng ký, sửa đổi bổ sung
2.1. Người khai hải quan tạo thông tin khai về các danh mục theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn về tên gọi hàng hóa, mã HS, mã hàng hóa, đơn vị tính đăng ký theo hệ thống danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu hiện hành và phải khai thống nhất từ khi nhập hàng vào doanh nghiệp chế xuất cho đến khi doanh nghiệp chế xuất chấm dứt hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu. Người khai hải quan tạo thông tin khai về các danh mục theo mẫu “Bảng danh mục hàng hóa đưa vào doanh nghiệp chế xuất” và “Bảng danh mục hàng hóa đưa ra doanh nghiệp chế xuất”;
Việc đăng ký, tiếp nhận thông tin phản hồi của doanh nghiệp chế xuất thực hiện như quy định tại Điều 47 Thông tư này;
2.2. Việc kiểm tra tiếp nhận các nội dung tại danh mục của cơ quan hải quan thực hiện như quy định tại Điều 47 Thông tư này.
Điều 53. Đăng ký, điều chỉnh định mức, tỷ lệ hao hụt nguyên liệu, vật tư cho sản phẩm đưa ra doanh nghiệp chế xuất
1. Hàng hóa đưa ra doanh nghiệp chế xuất là sản phẩm được sản xuất, cấu thành từ nguyên liệu, vật tư đưa vào doanh nghiệp chế xuất thì phải đăng ký định mức trước khi đưa ra doanh nghiệp chế xuất;
2. Thủ tục đăng ký, điều chỉnh định mức thực hiện như thủ tục đăng ký, điều chỉnh định mức hàng hóa gia công quy định tại Điều 35 Thông tư này.
Việc đăng ký, điều chỉnh định mức theo Mẫu “Thông tin về định mức thực tế đối với sản phẩm đưa ra doanh nghiệp chế xuất”
Điều 54. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa vào doanh nghiệp chế xuất
Hàng hóa đưa vào doanh nghiệp chế xuất được nhập khẩu, đưa từ nội địa, doanh nghiệp chế xuất khác, kho ngoại quan phải khai rõ mục đích: sản xuất, đầu tư tạo tài sản cố định, tiêu dùng và phục vụ cho các hoạt động sản xuất khác của doanh nghiệp, hàng hoá mua bán theo Nghị định 23/2007/NĐ-CP.
1. Hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài:
Thủ tục nhập khẩu đối với hàng hóa đưa từ nước ngoài đưa vào doanh nghiệp chế xuất được thực hiện như thủ tục hải quan đối với hợp đồng mua bán (trừ việc kê khai thuế) quy định tại Chương II Thông tư.
2. Hàng hóa đưa từ nội địa, từ doanh nghiệp chế xuất khác, kho ngoại quan vào doanh nghiệp chế xuất:
2.1. Trách nhiệm của doanh nghiệp chế xuất.
a. Khai chứng từ đưa hàng hóa vào doanh nghiệp chế xuất
a.1 Trước khi nhận hàng, doanh nghiệp chế xuất nhận hàng khai thông tin theo Mẫu “Chứng từ nhập hàng vào doanh nghiệp chế xuất, chứng từ nhận hàng từ doanh nghiệp chế xuất khác” hoặc tờ khai nhập khẩu (nếu chưa thực hiện thủ tục hải quan điện tử và thực hiện như thủ tục đối với hợp đồng mua bán);
a.2. Gửi thông tin khai hải quan điện tử đến cơ quan hải quan.
a.3. Tiếp nhận thông tin phản hồi của cơ quan hải quan:
a.3.1. Nhận thông báo “Hàng hóa chưa được đưa vào doanh nghiệp chế xuất” theo Mẫu “Thông báo chấp nhận/từ chối đưa hàng vào nội địa, đưa hàng vào doanh nghiệp chế xuất” và sửa đổi, bổ sung thông tin theo yêu cầu của cơ quan hải quan;
a.3.2. Nhận thông báo “Hàng hóa được đưa vào doanh nghiệp chế xuất” theo Mẫu “Thông báo chấp nhận/từ chối đưa hàng vào nội địa, đưa hàng vào doanh nghiệp chế xuất” trong trường hợp cơ quan hải quan chấp nhận đưa hàng vào doanh nghiệp chế xuất;
a.3.3. In chứng từ đưa hàng hóa vào doanh nghiệp chế xuất giao cho doanh nghiệp nội địa, doanh nghiệp chế xuất khác để làm thủ tục xác nhận thực xuất (nếu có).
b. Trường hợp cơ quan hải quan yêu cầu nộp hoặc xuất trình hồ sơ, thì doanh nghiệp chế xuất nộp hoặc xuất trình với cơ quan hải quan bao gồm:
b.1. Hợp đồng mua bán, gia công giữa doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp nội địa, doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp chế xuất khác;
b.2. Hoá đơn tài chính (nếu có);
b.3. Tờ khai xuất khẩu của doanh nghiệp nội địa, chứng từ đưa hàng hóa ra hoặc tờ khai xuất khẩu (nếu chưa thực hiện thủ tục hải quan điện tử) của doanh nghiệp chế xuất khác giao hàng có xác nhận đã làm thủ tục hải quan.
c. Sửa đổi, bổ sung chứng từ đưa hàng hóa vào doanh nghiệp chế xuất
c.1. Trường hợp có điều chỉnh, bổ sung nội dung đã khai báo trên chứng từ và trước khi nhận hàng, doanh nghiệp chế xuất phải gửi chứng từ đưa hàng hóa vào đã được chỉnh sửa cho cơ quan hải quan theo Mẫu “Thông báo chấp nhận/từ chối đưa hàng vào nội địa, đưa hàng vào doanh nghiệp chế xuất”;
c.2. Nội dung thông tin sửa đổi, bổ sung phải theo đúng các tiêu chí khuôn dạng quy định theo Mẫu “Chứng từ nhập hàng vào doanh nghiệp chế xuất, chứng từ nhận hàng từ doanh nghiệp chế xuất khác”;
c.3. Việc gửi thông tin, tiếp nhận thông tin phản hồi thực hiện tương tự thủ tục khai chứng từ đưa hàng vào doanh nghiệp chế xuất.
2.2. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất
a. Kiểm tra tiếp nhận chứng từ đưa hàng hóa vào, chứng từ điều chỉnh, sửa đổi, bổ sung.
Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan kiểm tra, tiếp nhận đăng ký, cấp số tham chiếu cho chứng từ đưa hàng hóa vào và gửi phản hồi cho doanh nghiệp chế xuất.
Trường hợp có yêu cầu, công chức hải quan trực tiếp kiểm tra thông tin trên hệ thống, căn cứ kết quả kiểm tra để quyết định việc đăng ký, cấp số tham chiếu cho chứng từ đưa hàng hóa vào doanh nghiệp chế xuất thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b. Trường hợp có yêu cầu việc nộp hoặc xuất trình hồ sơ, thì công chức hải quan trực tiếp kiểm tra hồ sơ theo yêu cầu của hệ thống.
c. Trường hợp phải kiểm tra thực tế hàng hóa thì Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất thực hiện khi đưa hàng hóa vào doanh nghiệp chế xuất.
2.3. Thời hạn khai: Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày doanh nghiệp nội địa đăng ký tờ khai xuất khẩu, doanh nghiệp chế xuất khác khai tờ khai chứng từ đưa hàng hóa ra hoặc tờ khai xuất khẩu (nếu chưa thực hiện thủ tục hải quan điện tử) doanh nghiệp chế xuất phải làm thủ tục khai và đưa hàng vào doanh nghiệp chế xuất;
2.4. Việc giao hàng được thực hiện sau khi doanh nghiệp chế xuất khai chứng từ đưa hàng vào doanh nghiệp chế xuất và được cơ quan hải quan chấp nhận. Các bên chịu trách nhiệm đảm bảo nguyên trạng và tự giao nhận hàng hóa đến địa điểm giao hàng để giao cho doanh nghiệp chế xuất
Điều 55. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa ra doanh nghiệp chế xuất
Hàng hóa đưa ra doanh nghiệp chế xuất để xuất khẩu, để đưa vào nội địa, doanh nghiệp chế xuất khác, kho ngoại quan phải khai rõ nguồn gốc: sản phẩm, bán thành phẩm, phế liệu, phế phẩm từ quá trình sản xuất, hàng hóa là máy móc thiết bị tạo tài sản cố định chờ thanh lý và các hàng hóa khác đưa vào phục vụ cho các hoạt động sản xuất của doanh nghiệp chờ đưa ra, hàng hoá mua bán theo Nghị định 23/2007/NĐ-CP.
1. Hàng hóa từ doanh nghiệp chế xuất đưa ra nước ngoài:
Thủ tục đối với hàng hóa đưa từ doanh nghiệp chế xuất đưa ra nước ngoài thực hiện như thủ tục hải quan đối với hợp đồng mua bán hàng hóa (trừ việc kê khai thuế) quy định tại Chương II Thông tư này.
2. Hàng hóa đưa từ doanh nghiệp chế xuất vào nội địa, vào doanh nghiệp chế xuất khác, kho ngoại quan
2.1. Trách nhiệm của doanh nghiệp chế xuất.
Doanh nghiệp chế xuất khai chứng từ đưa hàng ra doanh nghiệp chế xuất theo Mẫu “Chứng từ đưa hàng vào nội địa, chứng từ giao hàng sang doanh nghiệp chế xuất khác” hoặc tờ khai xuất khẩu (nếu chưa thực hiện thủ tục hải quan điện tử và thực hiện như thủ tục đối với hợp đồng mua bán hàng hóa).
a. Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan kiểm tra, tiếp nhận đăng ký và cấp số tham chiếu cho chứng từ đưa hàng hóa vào nội địa.
Trường hợp có yêu cầu, công chức hải quan trực tiếp kiểm tra thông tin trên hệ thống, căn cứ kết quả kiểm tra để quyết định việc đăng ký, cấp số tham chiếu cho chứng từ đưa hàng hóa ra thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b. Trường hợp có yêu cầu việc nộp hoặc xuất trình hồ sơ, thì công chức hải quan trực tiếp kiểm tra hồ sơ theo yêu cầu của hệ thống, căn cứ kết quả kiểm tra để quyết định việc đăng ký, cấp số tham chiếu cho chứng từ đưa hàng hóa ra thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Hồ sơ nộp hoặc xuất trình với cơ quan hải quan khi có yêu cầu bao gồm:
b.1. Hợp đồng mua bán, gia công giữa doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp nội địa;
b.2. Hoá đơn tài chính (nếu có).
2.2. Trách nhiệm của Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất.
a. Kiểm tra tiếp nhận chứng từ đưa hàng ra.
Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan kiểm tra, tiếp nhận đăng ký, cấp số tham chiếu cho chứng từ đưa hàng hóa ra và gửi phản hồi cho doanh nghiệp chế xuất.
Trường hợp có yêu cầu, công chức hải quan trực tiếp kiểm tra thông tin trên hệ thống, căn cứ kết quả kiểm tra để quyết định việc đăng ký, cấp số tham chiếu cho chứng từ đưa hàng hóa ra thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b. Trường hợp có yêu cầu việc nộp hoặc xuất trình hồ sơ, thì công chức hải quan trực tiếp kiểm tra hồ sơ theo yêu cầu của hệ thống, căn cứ kết quả kiểm tra để quyết định việc đăng ký, cấp số tham chiếu cho chứng từ đưa hàng hóa vào nội địa thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
c. Trường hợp phải kiểm tra hàng hóa:
Chi cục hải quan làm thủ tục nhập khẩu hàng hóa của doanh nghiệp nội địa hoặc doanh nghiệp chế xuất khác tiến hành kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định.
2.3. Thời hạn có hiệu lực của chứng từ đưa hàng hóa vào nội địa, doanh nghiệp chế xuất khác là 30 ngày kể từ ngày đăng ký chứng từ.
2.4. Doanh nghiệp chế xuất chỉ giao hàng khi doanh nghiệp nội địa đăng ký tờ khai nhập khẩu, doanh nghiệp chế xuất khác khai chứng từ đưa hàng hóa vào hoặc tờ khai nhập khẩu (nếu chưa thực hiện thủ tục hải quan điện tử). Các bên chịu trách nhiệm đảm bảo nguyên trạng và tự giao nhận hàng hóa từ doanh nghiệp chế xuất đến địa điểm giao hàng để giao cho doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp chế xuất khác, kho ngoại quan.
Điều 56. Thủ tục thanh lý hàng hoá theo quy định
Các hình thức thanh lý, hàng hoá thuộc diện thanh lý, điều kiện thanh lý, hồ sơ thanh lý, hàng hoá nhập khẩu, đưa vào của doanh nghiệp chế xuất thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04/4/2007 của Bộ Thương mại (nay là Bộ Công thương).
1. Thanh lý theo hình thức xuất khẩu: Thủ tục thực hiện như thủ tục hải quan đối với hợp đồng mua bán hàng hóa quy định tại Chương II Thông tư này;
2. Thanh lý theo hình thức nhượng bán tại thị trường Việt Nam: Thủ tục thực hiện như quy định tại Khoản 2 Điều 55 Thông tư này;
3. Thanh lý theo hình thức cho, biếu, tặng tại Việt Nam thực hiện như quy định về việc cho, biếu tặng tại Khoản 4 Điều 40 Thông tư này.
4. Thủ tục tiêu hủy đối với hàng hóa,
4.1. Trách nhiệm của doanh nghiệp chế xuất.
Trước khi tiến hành tiêu huỷ hàng hoá, doanh nghiệp chế xuất phải khai thông tin về việc tiêu hủy nguyên liệu, vật tư sản phẩm, phế liệu, phế phẩm cho cơ quan hải quan kèm thông tin văn bản cho phép tiêu hủy tại Việt Nam của Sở Tài nguyên và Môi trường theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng quy định theo Mẫu “Thông tin tiêu hủy nguyên vật liệu, sản phẩm, phế liệu, phế phẩm”. Doanh nghiệp chế xuất thực hiện quy định về thuế đối với nguyên liệu, vật tư, sản phẩm, phế liệu, phế phẩm tiêu hủy theo các quy định hiện hành.
4.2. Trách nhiệm Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất:
a. Tiếp nhận, kiểm tra, phản hồi thông tin của doanh nghiệp chế xuất về việc đề nghị giám sát tiêu hủy nguyên liệu, vật tư, sản phẩm, phế liệu, phế phẩm.
b. Tiến hành giám sát việc tiêu hủy theo quy định.
5. Sau khi kết thúc việc tiêu hủy hàng hoá, các bên phải có biên bản giám sát việc tiêu hủy. Biên bản này phải có chữ ký của giám đốc doanh nghiệp chế xuất (hoặc người được ủy quyền), dấu của doanh nghiệp chế xuất, công chức hải quan giám sát và các bên có liên quan giám sát việc tiêu hủy.
Điều 57. Chế độ báo cáo và kiểm tra đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất và kiểm tra hàng tồn kho.
1. Trách nhiệm của doanh nghiệp chế xuất:
1.1. Định kỳ từ ngày 1 đến 15 của tháng tiếp theo, doanh nghiệp chế xuất gửi báo cáo hàng hóa đưa vào, đưa ra, thanh lý, tiêu hủy, tồn kho của quý trước đó hoặc khi cơ quan hải quan yêu cầu đến Chi cục hải quan nơi quản lý doanh nghiệp chế xuất.
Doanh nghiệp chế xuất tạo thông tin báo cáo hàng đưa vào, đưa ra, thanh lý, tiêu hủy, tồn kho thực tế theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định theo Mẫu “Thông tin báo cáo hàng tồn kho của doanh nghiệp chế xuất”.
1.2. Định kỳ hàng năm doanh nghiệp phải thực hiện việc kiểm tra hàng tồn kho; lập báo cáo kết quả kiểm tra thực tế và kết quả đối chiếu giữa hàng tồn kho thực tế với với hàng tồn kho trên sổ sách gửi cơ quan hải quan.
Trước khi tiến hành việc kiểm tra 15 ngày doanh nghiệp phải thông báo với cơ quan hải quan thời gian, địa điểm kiểm tra và phối hợp với cơ quan hải quan. Cơ quan hải quan xem xét, quyết định phối hợp cùng doanh nghiệp để kiểm tra và thông báo cho doanh nghiệp biết.
1.3. Xuất trình các hồ sơ, chứng từ có liên quan đến việc kiểm tra của cơ quan hải quan khi có yêu cầu.
1.4. Trong quá trình kiểm tra, doanh nghiệp chế xuất có trách nhiệm giải trình các vấn đề có liên quan theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
2. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất:
2.1. Định kỳ 1 quý (03 tháng) một lần hoặc tại bất kỳ thời điểm nào khi có nghi vấn, Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất cân đối số liệu hàng hóa đưa vào, đưa ra, thanh lý, tiêu hủy và báo cáo của doanh nghiệp chế xuất để xác định số hàng đã đưa vào, đưa ra, tồn kho của doanh nghiệp chế xuất.
2.2. Kiểm tra hồ sơ của doanh nghiệp chế xuất
Căn cứ kết quả phân tích thông tin cân đối số liệu và thông tin nghi vấn (nếu có), cơ quan hải quan quyết định kiểm tra hồ sơ của doanh nghiệp chế xuất Quyết định kiểm tra hồ sơ theo quy định tại Mẫu “Thông báo quyết định kiểm tra thực tế hàng tồn kho”. Việc kiểm tra có thể tiến hành tại cơ quan hải quan hoặc tại trụ sở của doanh nghiệp chế xuất.
2.3. Kiểm tra hồ sơ và kiểm tra hàng tồn kho thực tế.
Trong trường hợp cần thiết, Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất sẽ xác định các trường hợp phải kiểm tra hồ sơ và đồng thời kiểm tra thực tế hàng hóa tồn kho và gửi cho doanh nghiệp chế xuất theo quy định tại Mẫu “Thông báo quyết định kiểm tra thực tế hàng tồn kho”. Việc kiểm tra hàng hóa tồn kho được thực hiện tại doanh nghiệp chế xuất.
Doanh nghiệp chế xuất xuất trình hồ sơ, chứng từ theo quy định tại điểm 1.3, khoản 1 và hàng hóa tồn kho thực tế để cơ quan hải quan kiểm tra.
Trường hợp phát hiện có sai sót qua kết quả kiểm tra hồ sơ hoặc sau khi đã kiểm tra thực tế hàng tồn kho, cơ quan hải quan tiến hành các biện pháp: kiểm tra sau thông quan, xử lý vi phạm hành chính về hải quan, thực hiện việc ấn định thuế theo quy định.
 
Mục  2
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HÓA
CỦA DOANH NGHIỆP ƯU TIÊN
Điều 58. Đối tượng áp dụng
1. Doanh nghiệp chế xuất được Chính phủ cam kết tạo thuận lợi trong thực hiện thủ tục hải quan hoặc doanh nghiệp chế xuất đáp ứng đủ các điều kiện: hoạt động sản xuất trong lĩnh vực công nghệ cao; chấp hành tốt pháp luật hải quan; có hệ thống sổ sách kế toán minh bạch.
2. Các doanh nghiệp hoạt động sản xuất kinh doanh tại Việt Nam cung cấp hàng hoá cho hoạt động sản xuất của doanh nghiệp ưu tiên. Doanh nghiệp cung cấp hàng hóa cho doanh nghiệp ưu tiên phải là doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật  hải quan.
3. Thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp ưu tiên được quy định tại Mục 2 Chương V, các thủ tục khác không quy định tại Mục này được quy định tại Mục 1 Chương V.
Điều 59. Thủ tục công nhận doanh nghiệp ưu tiên
1. Doanh nghiệp nộp hồ sơ đề nghị công nhận doanh nghiêp chế xuất được ưu tiên, bao gồm:
1.1. Đơn đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên;
1.2. Văn bản của Chính phủ cho phép tạo thuận lợi trong thực hiện thủ tục hải quan (bản sao) và xuất trình bản chính để kiểm tra, đối chiếu;
1.3. Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc Giấy phép đầu tư doanh nghiệp chế xuất;
2. Trình tự tiếp nhận hồ sơ đăng ký và xét công nhận doanh nghiệp ưu tiên:
Tổng cục Hải quan thực hiện việc tiếp nhận hồ sơ đăng ký và xét công nhận doanh nghiệp ưu tiên theo trình tự:
2.1. Tiếp nhận, kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ đăng ký. Trường hợp không chấp nhận có văn bản trả lời nêu rõ lý do;
2.2. Trong thời hạn 30 ngày doanh nghiệp ưu tiên có trách nhiệm cung cấp các thông tin để chứng minh đáp ứng đủ điều kiện quy định tại Khoản 1 Điều 58 Thông tư này. Trường hợp doanh nghiệp ưu tiên không chuẩn bị đủ thông tin trong thời gian yêu cầu thì phải có văn bản đề nghị, Tổng cục Hải quan xem xét gia hạn thời hạn bổ sung thông tin thêm 30 ngày.
Nếu doanh nghiệp ưu tiên không cung cấp đầy đủ thông tin theo yêu cầu hoặc không làm rõ được các thông tin cần cung cấp hoặc từ chối cung cấp thông tin thì Tổng cục hải quan sẽ có văn bản thông báo từ chối việc xét công nhận doanh nghiệp ưu tiên;
3. Tổng cục Hải quan và những doanh nghiệp đã đáp ứng các điều kiện trên thống nhất ký kết biên bản ghi nhớ trong đó quy định cụ thể về quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp được ưu tiên trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan; trách nhiệm, quyền hạn của cơ quan hải quan quản lý doanh nghiệp. Biên bản ghi nhớ giữa Tổng cục Hải quan với doanh nghiệp là cơ sở để thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hoá của doanh nghiệp ưu tiên.
Điều 60. Quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp ưu tiên
Ngoài các quyền và nghĩa vụ đã được quy định tại Điều 7 Thông tư này, Doanh nghiệp ưu tiên còn có các quyền và nghĩa vụ sau:
1. Quyền của doanh nghiệp được ưu tiên:
1.1. Được thực hiện thủ tục hải quan điện tử trong thời gian 24 giờ trong ngày và 7 ngày trong tuần;
1.2. Được khai hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài và xuất khẩu ra nước ngoài trên tờ khai điện tử rút gọn, tờ khai tháng theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn được quy định tại Mẫu “Tờ khai điện tử rút gọn/tờ khai điện tử tháng”;
1.3. Đối với hàng hóa đưa vào doanh nghiệp ưu tiên (đưa từ nội địa, từ doanh nghiệp chế xuất thông thường, từ doanh nghiệp ưu tiên khác, từ kho ngoại quan) doanh nghiệp ưu tiên định kỳ vào 5 ngày đầu của tháng tiếp theo được khai tờ khai điện tử tháng cho tổng lượng hàng hóa nhận được của tháng trước đó theo từng đối tác;
1.4. Doanh nghiệp được ưu tiên đăng ký định mức nguyên liệu, vật tư để sản xuất sản phẩm xuất khẩu đối với các nguyên liệu quản lý theo định mức;
1.5. Được cơ quan hải quan thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tiếp nhận đăng ký, kiểm tra hải quan và chấp nhận ngay trên cơ sở tờ khai điện tử đơn giản, tờ khai tháng, định mức nguyên liệu, vật tư đăng ký theo Mẫu “Thông báo chấp nhận/từ chối cho phép đưa hàng vào nội địa, đưa hàng vào doanh nghiệp chế xuất”;
1.6. Được kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hoá tại trụ sở của doanh nghiệp ưu tiên hoặc tại địa điểm khác do doanh nghiệp ưu tiên đăng ký và được cơ quan hải quan chấp nhận;
1.7.  Được sử dụng Lệnh thông quan in ra từ hệ thống khai hải quan điện tử theo Mẫu Phiếu giải phóng hàng hoá đã đăng ký với cơ quan hải quan (không cần đóng dấu, chữ ký của đại diện doanh nghiệp) đối với lô hàng đã được cơ quan hải quan chấp nhận thông quan trên hệ thống xử lý dữ liệu hải quan điện tử để thông quan hàng hoá và làm chứng từ vận chuyển hàng hóa trên đường;
1.8. Được sử dụng hóa đơn in ra từ hệ thống, đóng dấu, ký tên của đại diện doanh nghiệp để thông quan hàng hóa trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố, tạm dừng hoạt động.
2. Nghĩa vụ của doanh nghiệp ưu tiên:
2.1. Đăng ký định mức nguyên liệu, vật tư đối với các nguyên liệu doanh nghiệp quản lý theo định mức đúng thực tế và chịu trách nhiệm về định mức nguyên liệu, vật tư đã đăng ký;
2.2. Đối với các nguyên liệu doanh nghiệp không quản lý theo định mức thì doanh nghiệp thông báo bằng văn bản cơ chế sử dụng, quản lý và phương pháp tính toán nguyên liệu tiêu hao, hải quan sẽ quản lý dựa trên thực tế quản lý từng loại nguyên liệu đó của doanh nghiệp;
2.3. Cung cấp đầy đủ, chính xác các thông tin cần thiết theo yêu cầu của cơ quan hải quan để xem xét, đánh giá trong quá trình đánh giá sự tuân thủ của Doanh nghiệp;
2.4. Chấp hành yêu cầu kiểm tra, thẩm định sự tuân thủ định kỳ theo kế hoạch có thông báo trước hoặc yêu cầu kiểm tra đột xuất của cơ quan hải quan;
2.5. Xây dựng quy chế phối hợp chặt chẽ giữa bộ phận quản lý kho với bộ phận làm thủ tục xuất nhập khẩu để kịp thời khai báo bổ sung với cơ quan hải quan trường hợp có sự không phù hợp giữa thông tin khai báo và thực tế nhận hàng hóa;
2.6. Đối chiếu giữa thông tin khai báo của doanh nghiệp đối tác do cơ quan hải quan phản hồi với thực tế nhận hàng. Trường hợp phát hiện không phù hợp trong vòng 1 ngày doanh nghiệp ưu tiên phải thông báo ngay với cơ quan hải quan. Trong vòng 2 ngày kể từ ngày phát hiện không phù hợp Doanh nghiệp ưu tiên làm việc, trao đổi với đối tác làm rõ nội dung sai lệch và yêu cầu đối tác khai bổ sung với cơ quan hải quan;
2.7. Cung cấp, cập nhật thường xuyên danh sách các đối tác và gửi văn bản cho cơ quan hải quan để xem xét chấp nhận. Yêu cầu đối tác thực hiện thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp ưu tiên;
2.8. Cùng cơ quan hải quan kiểm soát để các đối tác tuân thủ pháp luật hải quan;
2.9. Thực hiện đúng, đầy đủ các cam kết trong biên bản ghi nhớ đã ký kết với cơ quan hải quan. Doanh nghiệp ưu tiên phải đảm bảo các điều kiện phù hợp với yêu cầu quản lý của cơ quan hải quan khi thực hiện thủ tục hải quan đơn giản.
Điều 61. Thủ tục bãi bỏ công nhận doanh nghiệp ưu tiên:
1. Đối với doanh nghiệp được ưu tiên
1.1 Trường hợp bãi bỏ:
Vi phạm một trong các nghĩa vụ được quy định trong biên bản ghi nhớ, các điều kiện quy định tại Điều 58 Thông tư này và không duy trì được các điều kiện quy định tại Điều 60 Thông tư này sẽ bị bãi bỏ công nhận doanh nghiệp ưu tiên;
1.2. Thủ tục bãi bỏ:
a. Khi có đủ cơ sở xác định doanh nghiệp ưu tiên đã vi phạm các nghĩa vụ quy định của doanh nghiệp ưu tiên, cơ quan hải quan nơi lập biên bản vi phạm quyết định tạm dừng quyền hưởng các ưu tiên thủ tục hải quan của doanh nghiệp ưu tiên tại địa bàn quản lý của mình, có ngay báo cáo kèm hồ sơ gửi Tổng cục Hải quan.
Tổng cục hải quan xem xét, quyết định tạm dừng quyền hưởng ưu tiên về thủ tục hải quan của doanh nghiệp ưu tiên đó trên phạm vi toàn quốc. Trường hợp xác định doanh nghiệp ưu tiên đã vi phạm điều kiện được hưởng ưu tiên về thủ tục, Tổng cục Hải quan ra quyết định bãi bỏ công nhận doanh nghiệp chế xuất được hưởng ưu tiên thủ tục hải quan.
b. Khi có thông tin về dấu hiệu vi phạm các nghĩa vụ của doanh nghiệp ưu tiên, cơ quan hải quan nơi có thông tin gửi ngay báo cáo kèm hồ sơ đến Tổng cục Hải quan để tiến hành các biện pháp xác minh làm rõ, kiểm tra đột xuất nếu cần thiết;
Trường hợp xác minh doanh nghiệp ưu tiên không vi phạm các nghĩa vụ, Tổng cục Hải quan có văn bản thông báo cho cơ quan hải quan nơi gửi báo cáo biết;
Trường hợp xác định doanh nghiệp ưu tiên vi phạm các nghĩa vụ, Tổng cục hải quan thực hiện đầy đủ các thủ tục quy định tại Điểm a Khoản này.
2. Đối với doanh nghiệp hoạt động sản xuất kinh doanh tại Việt Nam cung cấp cho hoạt động sản xuất của doanh nghiệp ưu tiên.
Vi phạm một trong các nghĩa vụ được quy định tại Điều 62 Thông tư này sẽ bị xóa tên khỏi danh sách được hưởng ưu tiên thủ tục hải quan.
Điều 62. Quyền và nghĩa vụ của đối tác cung cấp cho doanh nghiệp ưu tiên
1. Quyền của đối tác cung cấp cho doanh nghiệp ưu tiên:
1.1. Được thực hiện thủ tục hải quan điện tử trong thời gian 24 giờ trong ngày và 7 ngày trong tuần cho hàng hóa mà đối tác cung cấp cho doanh nghiệp ưu tiên;
1.2. Được khai hải quan trên tờ khai điện tử rút gọn theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn được quy định tại Mẫu “Tờ khai điện tử rút gọn/tờ khai điện tử tháng” đối với các hàng hóa mà đối tác cung cấp cho doanh nghiệp ưu tiên;
1.3. Được cơ quan hải quan thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tiếp nhận đăng ký, kiểm tra hải quan và chấp nhận ngay trên cơ sở tờ khai điện tử đơn giản theo Mẫu “Thông báo chấp nhận/từ chối cho phép đưa hàng vào nội địa, đưa hàng vào doanh nghiệp chế xuất” đối với các hàng hóa mà đối tác cung cấp cho doanh nghiệp ưu tiên.
2. Nghĩa vụ của đối tác cung cấp hàng cho doanh nghiệp ưu tiên:
2.1. Đối tác của doanh nghiệp ưu tiên phải tự khai và tự chịu trách nhiệm đối với việc làm thủ tục hải quan đơn giản. Các đối tác của doanh nghiệp ưu tiên chỉ được hưởng các quyền nêu tại Khoản 1 Điều 62 đối với hàng hóa phục vụ cho hoạt động của doanh nghiệp ưu tiên;
2.2. Trường hợp có sự không phù hợp về thông tin khai của đối tác và thực tế nhận hàng của doanh nghiệp ưu tiên, đối tác của doanh nghiệp ưu tiên có nghĩa vụ báo cáo kết quả làm việc với doanh nghiệp ưu tiên cho Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp ưu tiên và khai bổ sung trong thời gian quy định (nếu có).
Điều 63. Trách nhiệm của cơ quan hải quan trong quản lý doanh nghiệp ưu tiên
1. Kiểm tra, chấp nhận định mức nguyên liệu, vật tư do doanh nghiệp ưu tiên khai;
2. Kiểm tra, tiếp nhận tờ khai điện tử rút gọn; chấp nhận thông quan hàng hoá ngay đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài và xuất khẩu ra nước ngoài, hàng hóa đưa vào từ doanh nghiệp chế xuất giao hàng, hàng hóa đưa vào từ kho ngoại quan; gửi thông báo chấp nhận thông quan hàng hóa đồng thời cho người khai và doanh nghiệp ưu tiên;
3. Kiểm tra, tiếp nhận đăng ký và thông báo chấp nhận ngay thông tin khai tờ khai điện tử tháng của doanh nghiệp ưu tiên;
4. Nhận thông báo từ doanh nghiệp ưu tiên về các thông tin khai không phù hợp của đối tác. Sau 03 ngày kể từ ngày nhận được thông báo mà Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp ưu tiên không nhận được báo cáo kết quả làm việc giữa Doanh nghiệp ưu tiên và đối tác thì yêu cầu doanh nghiệp ưu tiên, đối tác đến Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp ưu tiên làm việc và xử lý theo quy định.
Quá 02 lần đối với cùng một đối tác mà không thực hiện khai bổ sung trong thời gian cho phép mà không có lý do chính đáng, Chi cục Hải quan quản lý doanh nghiệp ưu tiên có quyền đề nghị Tổng cục Hải quan không cho phép đối tác cung cấp hàng cho doanh nghiệp ưu tiên được thực hiện thủ tục hải quan đơn giản;
5. Chi cục trưởng chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quản lý doanh nghiệp ưu tiên quyết định kiểm tra thực tế hàng hoá của doanh nghiệp ưu tiên trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về hải quan;
6. Thông báo cho doanh nghiệp ưu tiên biết hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố, tạm dừng hoạt động;
7. Cho phép giải phóng hàng trên cơ sở hóa đơn do người khai xuất trình trong trường hợp hệ thống xử lý dữ liệu hải quan điện tử có sự cố, tạm dừng hoạt động. Chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp ưu tiên thực hiện kiểm tra, đối chiếu thông tin trên hóa đơn với thông tin do doanh nghiệp chế xuất cập nhật vào hệ thống sau khi hệ thống hoạt động trở lại;
8. Trong thời gian 15 ngày kể từ ngày nhận được văn bản của doanh nghiệp ưu tiên, Tổng Cục Hải quan trả lời cho doanh nghiệp ưu tiên những đối tác được chấp nhận, những đối tác không được chấp nhận thực hiện thủ tục hải quan đơn giản, nêu rõ lý do.
 
CHƯƠNG VI
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI HÀNG HÓA ĐƯA VÀO, ĐƯA RA
 KHO NGOẠI QUAN
Điều 64. Thủ tục đăng ký, sửa đổi, bổ sung các danh mục hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan
1. Nơi làm thủ tục hải quan: người khai hải quan thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan tại Cơ quan hải quan nơi quản lý kho ngoại quan.
2. Tất cả hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan đều phải đăng ký danh mục. Trường hợp phát sinh hàng hóa chưa đăng ký, người khai hải quan phải khai bổ sung danh mục.
3. Thời điểm đăng ký, sửa đổi, bổ sung danh mục
3.1. Thời điểm đăng ký danh mục: trước thời điểm đưa hàng hóa vào kho ngoại quan.
3.2. Thời điểm đăng ký sửa đổi, bổ sung danh mục
a. Trước khi người khai hải quan thực hiện thủ tục nhập kho lô hàng đầu tiên thì được quyền sửa đổi, bổ sung tất cả các thông tin trong danh mục hàng đưa vào, đưa ra kho ngoại quan;
b. Trường hợp phát hiện sai sót trong khai báo các loại danh mục ngoài thời điểm quy định tại Tiết a Điểm này, người khai hải quan được phép sửa đổi nội dung đã khai nếu có lý do chính đáng và được cơ quan hải quan chấp nhận nhưng không được phép sửa đổi mã hàng hóa và đơn vị tính hàng hóa.
4. Thủ tục đăng ký danh mục
4.1. Thủ tục khai báo, sửa đổi, bổ sung danh mục hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan theo Mẫu Bảng danh mục hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan.
4.2. Tất cả các tiêu chí về tên gọi hàng hóa, mã hàng hóa, đơn vị tính, xuất xứ, đăng ký trong các bảng danh mục phải khai thống nhất từ khi nhập hàng vào kho ngoại quan đến khi chấm dứt hoạt động kho ngoại quan.
5. Hàng hoá đưa từ nước ngoài vào kho ngoại quan, trên vận tải đơn phải ghi rõ “hàng hoá gửi kho ngoại quan”. Hàng hóa nhập khẩu đưa vào kho ngoại quan trong khu công nghiệp, khu công nghệ cao, khu chế xuất, khu kinh tế đặc biệt khác ngoài khu vực cửa khẩu (gọi chung là khu công nghiệp) là hàng hóa nhập khẩu của doanh nghiệp trong khu công nghiệp và của các doanh nghiệp khu công nghiệp, doanh nghiệp chế xuất lân cận ngoài khu công nghiệp chưa có kho ngoại quan (gồm cả doanh nghiệp của khu công nghiệp, doanh nghiệp chế xuất của tỉnh, thành phố liền kề) để phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ của các doanh nghiệp này.
Điều 65. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa vào kho ngoại quan
1. Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đưa vào kho ngoại quan
1.1. Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử theo Mẫu Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan;
1.2. Hợp đồng thuê kho ngoại quan: bản điện tử hoặc 01 bản sao;
Trường hợp chủ hàng đồng thời là chủ kho ngoại quan thì không yêu cầu phải có hợp đồng thuê kho ngoại quan.
1.3. Giấy ủy quyền nhận hàng (nếu chưa được ủy quyền trong hợp đồng thuê kho ngoại quan): bản điện tử hoặc 01 bản chính hoặc 01 bản fax có ký xác nhận và đóng dấu của chủ kho ngoại quan;
1.4. Bản kê chi tiết hàng hóa trong trường hợp hàng hóa có nhiều chủng loại hoặc đóng gói không đồng nhất (riêng ô tô, xe máy phải ghi rõ số khung và số máy): 01 bản chính;
1.5. Chứng từ chứng minh hàng hóa được phép đưa vào kho ngoại quan: bản điện tử hoặc 01 bản sao.
2. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa vào kho ngoại quan
2.1. Tạo thông tin khai hải quan điện tử Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan trên máy tính theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định.
2.2. Gửi tờ khai hải quan điện tử đến cơ quan hải quan;
2.3. Tiếp nhận thông tin phản hồi của cơ quan hải quan và thực hiện theo hướng dẫn:
a. Nhận “Thông báo từ chối tờ khai hải quan điện tử” và sửa đổi, bổ sung tờ khai hải quan theo yêu cầu của cơ quan hải quan. Sau khi sửa đổi, bổ sung tiếp tục gửi đến cơ quan hải quan;
b. Nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” theo một trong các hình thức dưới đây và thực hiện:
b.1. Chấp nhận thông tin khai tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử cho phép nhập kho ngoại quan trên cơ sở tờ khai.
b.1.1. Người khai hải quan in, ký tên, đóng dấu tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử (02 bản) dựa trên tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử đã được cơ quan hải quan chấp nhận (sau đây gọi là Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử in);
b.1.2. Xuất trình tại Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử 02 Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử in để xác nhận “Thông quan”; nhận lại 01 Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử in, xuất trình cùng hàng hóa cho hải quan giám sát kho ngoại quan để xác nhận “Hàng đã nhập kho ngoại quan”;
Hoặc xuất trình 01 Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử in cùng hàng hóa cho hải quan giám sát kho ngoại quan nơi có kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để xác nhận “Hàng đã nhập kho ngoại quan”. Trong thời hạn quy định của pháp luật về lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan, nếu người khai hải quan có nhu cầu cần xác nhận “Thông quan” trên Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử in, người khai hải quan xuất trình 02 Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử in (01 tờ đã có xác nhận “Hàng đã nhập kho ngoại quan”) đến Chi cục hải quan nơi tiếp nhận và xử lý hồ sơ hải quan điện tử để xác nhận thông quan hàng hóa.
b.2. Nộp chứng từ điện tử thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra trước khi cho phép thông quan hàng hóa. Người khai hải quan thực hiện việc tạo thông tin các chứng từ hải quan điện tử theo yêu cầu trên Hệ thống khai hải quan điện tử, gửi đến cơ quan hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” và thực hiện theo một trong các hình thức dưới đây:
b.2.1. “Thông quan”: Người khai hải quan thực hiện công việc quy định tại b.1.1 và b.1.2  Tiết b Khoản này;
b.2.2. Xuất trình, nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra: người khai hải quan thực hiện các công việc quy định tại Tiết b.3 Khoản này.
b.3. Nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra trước khi cho phép thông quan hàng hóa
Nộp 02 Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử in cùng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan để Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử kiểm tra theo yêu cầu; Nhận 01 Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan điện tử in đã quyết định “Thông quan”, 01 Phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy và xuất trình cùng hàng hóa cho hải quan giám sát kho ngoại quan để kiểm tra, xác nhận “Hàng đã nhập kho ngoại quan”.
2.4. Khi giám sát hàng hóa nhập kho ngoại quan, nếu có dấu hiệu nghi vấn, cơ quan hải quan yêu cầu kiểm tra thực tế hàng hóa, người khai hải quan có nghĩa vụ xuất trình hàng hóa để công chức giám sát kho ngoại quan thực hiện việc kiểm tra.
2.5. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa được chuyển cửa khẩu: từ cửa khẩu nhập về kho ngoại quan, từ nội địa vào kho ngoại quan thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 29 Thông tư này.
Điều 66: Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa ra kho ngoại quan
1. Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đưa ra kho ngoại quan
1.1. Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử theo Mẫu Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan; 
1.2. Giấy ủy quyền xuất hàng (nếu chưa được ủy quyền trong hợp đồng thuê kho ngoại quan): bản điện tử hoặc 01 bản chính hoặc 01 bản fax có ký xác nhận và đóng dấu của chủ kho ngoại quan;
1.3. Bản kê chi tiết hàng hóa trong trường hợp hàng hóa có nhiều chủng loại hoặc đóng gói không đồng nhất (riêng ô tô, xe máy phải ghi rõ số khung và số máy): 01 bản chính;
1.4. Chứng từ chứng minh hàng hóa được phép đưa ra kho ngoại quan: bản điện tử hoặc 01 bản chính hoặc 01 bản sao.
2. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa ra kho ngoại quan
2.1. Tạo thông tin khai hải quan điện tử Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan trên máy tính theo đúng các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định;
2.2. Gửi thông tin khai hải quan điện tử đến cơ quan hải quan;
2.3. Tiếp nhận thông tin phản hồi của cơ quan hải quan:
a. Nhận “Thông báo từ chối tờ khai hải quan điện tử”; thực hiện việc sửa đổi, bổ sung bản khai theo hướng dẫn của cơ quan hải quan. Sau khi sửa đổi, bổ sung tiếp tục gửi đến cơ quan hải quan.
b. Nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” theo một trong các hình thức dưới đây và thực hiện:
b.1. Chấp nhận thông tin khai Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử, cho phép xuất kho ngoại quan trên cơ sở Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan.
b.1.1. Người khai hải quan in, ký tên, đóng dấu Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử (02 bản) dựa trên Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử đã được cơ quan hải quan chấp nhận (sau đây gọi là Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in);
b.1.2. Xuất trình tại Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử 02 Chứng từ hàng xuất kho điện tử in để xác nhận “Thông quan”, nhận lại 01 Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in; xuất trình cho hải quan giám sát kho ngoại quan để xác nhận “Hàng đã xuất kho ngoại quan” và làm tiếp các thủ tục đưa hàng hóa ra kho ngoại quan;
Hoặc xuất trình 01 Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in cho hải quan giám sát kho ngoại quan nơi có kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để xác nhận “Hàng đã xuất kho ngoại quan”. Trong thời hạn quy định của pháp luật về lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan, nếu người khai hải quan có nhu cầu cần xác nhận “Thông quan” trên Chứng từ xuất kho ngoại quan điện tử in, người khai hải quan xuất trình 02 Chứng từ xuất kho ngoại quan điện tử in (01 tờ đã có xác nhận “Hàng đã xuất kho ngoại quan”) đến Chi cục hải quan nơi tiếp nhận và xử lý hồ sơ hải quan điện tử để xác nhận thông quan hàng hóa.
b.2. Nộp chứng từ điện tử thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra trước khi cho phép thông quan hàng hóa. Người khai hải quan thực hiện việc tạo thông tin các chứng từ hải quan điện tử theo yêu cầu trên Hệ thống khai hải quan điện tử, gửi đến cơ quan hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” và thực hiện theo một trong các hình thức dưới đây:
b.2.1. “Thông quan”: Người khai hải quan thực hiện công việc quy định tại b.1.1 và b.1.2  Tiết b Khoản này;
b.2.2. Xuất trình, nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra: người khai hải quan thực hiện các công việc quy định tại Tiết b.3 Khoản này.
b.3. Nộp chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan điện tử để kiểm tra trước khi cho phép thông quan hàng hóa:
Nộp 02 Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in cùng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan để Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử kiểm tra theo yêu cầu; Nhận 01 Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in đã quyết định “Thông quan”, 01 Phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy và xuất trình cùng hàng hóa cho hải quan giám sát kho ngoại quan để kiểm tra, xác nhận “Hàng đã xuất kho ngoại quan” và làm tiếp các thủ tục đưa hàng hóa ra kho ngoại quan.
4. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa được chuyển cửa khẩu: từ kho ngoại quan ra cửa khẩu xuất, từ kho ngoại quan vào nội địa thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 29 Thông tư này.
Điều 67. Kiểm tra, giám sát hải quan đối với các trường hợp khác
1. Trường hợp vận chuyển hàng hóa từ kho ngoại quan này sang kho ngoại quan khác trên lãnh thổ Việt Nam
1.1. Người khai hải quan thực hiện việc khai báo như quy định tại thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa ra kho ngoại quan. Ngoài ra thực hiện thêm các bước sau:
a. In, ký tên, đóng dấu Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in (03 bản) dựa trên Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử đã được cơ quan hải quan chấp nhận;
Xuất trình tại Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử 03 Chứng từ hàng xuất kho điện tử in để xác nhận “Thông quan”, nhận lại 02 Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in; xuất trình cho hải quan giám sát kho ngoại quan để xác nhận “Hàng đã xuất kho ngoại quan” và làm tiếp các thủ tục đưa hàng hóa ra kho ngoại quan;
Hoặc xuất trình 02 Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in cho hải quan giám sát kho ngoại quan nơi có kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để xác nhận “Hàng đã xuất kho ngoại quan”. Trong thời hạn quy định của pháp luật về lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra kho ngoại quan, nếu người khai hải quan có nhu cầu cần xác nhận “Thông quan” trên Chứng từ xuất kho ngoại quan điện tử in, người khai hải quan xuất trình 02 Chứng từ xuất kho ngoại quan điện tử in (01 tờ đã có xác nhận “Hàng đã xuất kho ngoại quan”) đến Chi cục hải quan nơi tiếp nhận và xử lý hồ sơ hải quan điện tử để xác nhận thông quan hàng hóa.
b. Nhận 01 Biên bản bàn giao và 02 bản Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in đã xác nhận “Hàng đã xuất kho ngoại quan”;
c. Đóng gói hàng hóa chuyển từ kho ngoại quan này sang kho ngoại quan khác đáp ứng được yêu cầu niêm phong hải quan theo quy định của pháp luật. Vận chuyển hàng hóa và 02 bản Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in theo đúng lộ trình và thời gian đăng ký trong Biên bản bàn giao đến kho ngoại quan chuyển đến;
d. Khi hàng hóa được vận chuyển đến kho ngoại quan chuyển đến, người khai hải quan xuất trình 02 bản Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in cho hải quan giám sát kho ngoại quan chuyển đến.
1.2. Công chức giám sát kho ngoại quan chuyển đến thực hiện:
Đối chiếu hàng hóa và Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in cùng Biên bản bàn giao, nếu phù hợp thì cho nhập kho và ghi nhận vào Hệ thống xử lý dữ liệu hải quan điện tử; ghi nhận số tờ khai nhập, xuất kho ngoại quan chuyển đến vào Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in, trả người khai hải quan 01 bản, lưu 01 bản.
Chứng từ xuất kho in có số tờ khai nhập, xuất kho ngoại quan chuyển đến sẽ được sử dụng đồng thời như chứng từ xuất kho ở kho ngoại quan chuyển đi và chứng từ nhập kho ở kho ngoại quan chuyển đến khi thực hiện các thủ tục hải quan tiếp theo và thanh khoản.
1.3. Thời gian của hợp đồng thuê kho ngoại quan được tính từ ngày hàng hóa được đưa vào kho ngoại quan đầu tiên.
2. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa chuyển quyền sở hữu trong kho ngoại quan
Sau khi đã chuyển quyền sở hữu hàng hoá, chủ hàng cũ và chủ hàng mới  thực hiện như sau:
2.1. Chủ hàng cũ thực hiện thủ tục hải quan như đối với hàng hóa đưa ra kho ngoại quan và chuyển 01 bản Chứng từ hàng xuất kho ngoại quan điện tử in có xác nhận “Thông quan” của cơ quan hải quan cho chủ sở hữu hàng hóa mới.
2.2. Chủ hàng mới thực hiện thủ tục hải quan như đối với hàng hoá đưa vào kho ngoại quan.
Điều 68. Thanh khoản, thanh lý, kiểm tra hàng hoá nhập, xuất kho ngoại quan
1. Thanh khoản tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan
1.1. Nguyên tắc thanh khoản
a. Hàng hóa nhập kho khai trên Tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan được xuất kho ngoại quan một lần hoặc nhiều lần.
b. Với những tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan đã kết thúc việc xuất kho hết lượng hàng hóa của tờ khai trong thời hạn hợp đồng thuê kho, hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tự động đối chiếu, thanh khoản và gửi trả kết quả về cho người khai hải quan.
Khi có đề nghị của khai hải quan, công chức hải quan thuộc cơ quan hải quan nơi tiếp nhận và xử lý tờ khai hoặc công chức hải quan giám sát kho ngoại quan căn cứ thông tin trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan ký, đóng dấu công chức vào kết quả thanh khoản.
c. Với những tờ khai hàng hóa nhập, xuất kho ngoại quan chưa xuất kho hết lượng hàng hóa của tờ khai trong thời hạn hợp đồng thuê kho, chậm nhất mười lăm ngày kể từ ngày kết thúc thời hạn hợp đồng thuê kho, chủ kho ngoại quan phải gửi “Yêu cầu thanh khoản tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan” theo các tiêu chí và khuôn dạng chuẩn quy định tại Mẫu Yêu cầu thanh khoản tờ khai nhập, xuất kho ngoại quan tới cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập kho ngoại quan.
1.2. Hồ sơ thanh khoản:
a. Yêu cầu thanh khoản tờ khai nhập, xuất kho ngoại quan bản điện tử theo Mẫu Yêu cầu thanh khoản tờ khai nhập, xuất kho ngoại quan;
b. Đề xuất xử lý hàng tồn kho khi đã kết thúc thời hạn hợp đồng thuê kho.
1.3. Thời hạn tiếp nhận, kiểm tra, đối chiếu hồ sơ thanh khoản của cơ quan hải quan
Chậm nhất 10 ngày kể từ ngày cơ quan hải quan nhận được “Yêu cầu thanh khoản tờ khai hàng nhập, xuất kho ngoại quan” của người khai hải quan, cơ quan hải quan phải hoàn thành việc kiểm tra, đối chiếu kết quả thanh khoản trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và phản hồi “Thông báo chấp nhận kết quả thanh khoản” hoặc “Thông báo từ chối kết quả thanh khoản” kèm theo lý do từ chối.
2. Thủ tục thanh lý hàng hóa trong kho ngoại quan thực hiện theo Thông tư số 36/2003/TT-BTC ngày 17/04/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn xử lý hàng hóa tồn đọng trong kho ngoại quan.
3. Kiểm tra hàng hóa trong kho ngoại quan
Cơ quan hải quan có quyền kiểm tra hàng hóa tồn kho của kho ngoại quan theo định kỳ hoặc tại bất kỳ thời điểm nào khi có nghi vấn. Doanh nghiệp có trách nhiệm xuất trình hồ sơ và hàng hóa tồn kho khi nhận được yêu cầu kiểm tra của cơ quan hải quan.
 
CHƯƠNG  VII
THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI MỘT SỐ TRƯỜNG HỢP KHÁC
 
Điều 69. Kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định; nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm phục vụ sản xuất của dự án ưu đãi đầu tư:
1. Đăng ký danh mục hàng hoá nhập khẩu được miễn thuế với cơ quan hải quan đối với trường hợp nhập khẩu hàng hoá tạo tài sản cố định; nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm phục vụ sản xuất của dự án ưu đãi đầu tư thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu: Thủ tục đăng ký thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 101 Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/04/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
2. Thủ tục nhập khẩu: Thủ tục hải quan thực hiện như hướng dẫn đối với hàng xuất nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa tại Chương II Thông tư này và thực hiện thêm việc đăng ký danh mục hàng hoá nhập khẩu được miễn thuế với cơ quan hải quan theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này, thủ tục miễn thuế và chế độ báo cáo, kiểm tra, quyết toán việc xuất nhập khẩu, sử dụng hàng hóa miễn thuế theo hướng dẫn tại Điều 102, Điều 103 Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/04/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.
3. Thanh lý hàng hoá nhập khẩu:
3.1. Các hình thức thanh lý, hàng hoá thuộc diện thanh lý, điều kiện thanh lý, hồ sơ thanh lý hàng hoá nhập khẩu miễn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04/04/2007 của Bộ Thương mại hướng dẫn hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, gia công, thanh lý hàng nhập khẩu và tiêu thụ sản phẩm của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.
Đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế của doanh nghiệp đầu tư trong nước khi thanh lý được áp dụng theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04/04/2007 của Bộ Thương mại.
3.2. Thủ tục thanh lý thực hiện tại cơ quan hải quan nơi đăng ký danh mục hàng nhập khẩu được miễn thuế.
3.3. Thủ tục thanh lý:
a. Doanh nghiệp hoặc Ban thanh lý có văn bản nêu rõ lý do thanh lý, tên gọi, ký mã hiệu, lượng hàng cần thanh lý, thuộc tờ khai nhập khẩu số, ngày, tháng, năm gửi cơ quan hải quan nơi đăng ký danh mục hàng nhập khẩu được miễn thuế.
b. Trường hợp thanh lý theo hình thức xuất khẩu thì doanh nghiệp mở tờ khai xuất khẩu; trường hợp thanh lý theo hình thức nhượng bán tại thị trường Việt Nam, cho, biếu, tặng thì việc kê khai, tính thuế thực hiện theo quy định và không phải mở tờ khai mới.
c. Trường hợp tiêu huỷ, doanh nghiệp chịu trách nhiệm thực hiện theo quy định của cơ quan quản lý môi trường, có sự giám sát của cơ quan hải quan.
Điều 70. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá kinh doanh tạm nhập - tái xuất
1. Nguyên tắc chung.
Thủ tục hải quan đối với hàng hoá kinh doanh tạm nhập-tái xuất thực hiện theo quy định đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa. Ngoài ra do tính đặc thù của loại hình này, một số nội dung được hướng dẫn thêm như sau:
1.1. Hàng hoá kinh doanh tạm nhập-tái xuất chỉ được làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu.
1.2. Hàng hoá khi tái xuất được làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu nhập hoặc cửa khẩu tái xuất.
1.3. Hàng hoá tạm nhập-tái xuất là hàng hoá thuộc danh mục cấm nhập khẩu thì phải lưu giữ trong khu vực cửa khẩu nhập, phải làm thủ tục tái xuất tại Chi cục Hải quan cửa khẩu tạm nhập hàng. Trường hợp hàng tái xuất được phép đi qua cửa khẩu khác cửa khẩu tạm nhập thì việc giám sát hàng hoá trong quá trình vận chuyển đến cửa khẩu xuất áp dụng như đối với hàng chuyển cửa khẩu.
2. Quản lý hàng tạm nhập, tái xuất
2.1. Khi làm thủ tục tái xuất, ngoài những chứng từ như đối với hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa, người khai hải quan phải nộp một bản sao và xuất trình bản chính tờ khai hàng tạm nhập;
2.2. Hàng hoá tạm nhập phải chịu sự giám sát của cơ quan hải quan và có thể được chia thành nhiều lô hàng để tái xuất;
2.3. Hàng hoá tái xuất đã hoàn thành thủ tục hải quan phải được xuất qua cửa khẩu trong thời hạn tám giờ làm việc kể từ khi hàng đến cửa khẩu xuất. Trong trường hợp có lý do chính đáng được Lãnh đạo Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất chấp nhận thì hàng hoá tái xuất được lưu tại cửa khẩu xuất, nhưng không quá thời hạn hiệu lực của tờ khai tái xuất.
3. Thanh khoản tờ khai tạm nhập
3.1 Chi cục Hải quan làm thủ tục tạm nhập hàng hoá chịu trách nhiệm thanh khoản tờ khai tạm nhập.
3.2. Hồ sơ thanh khoản thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 118 Thông tư số 79/2009/TT-BTC.
3.3.Thời hạn nộp hồ sơ thanh khoản thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 131 Thông tư số 79/2009/TT-BTC.
3.4. Trường hợp hàng hoá tạm nhập nhưng không tái xuất hết, doanh nghiệp đề nghị được chuyển tiêu thụ nội địa thì phải có văn bản gửi cơ quan hải quan. Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập hàng xem xét, giải quyết cho doanh nghiệp chuyển tiêu thụ nội địa và thanh khoản trên cơ sở tờ khai tạm nhập, không đăng ký tờ khai mới mà chỉ khai và nộp thuế nhập khẩu, tiêu thụ đặc biệt, giá trị gia tăng (nếu có) theo mẫu số 01 Phụ lục VI Thông tư số 79/2009/TT-BTC. Thời hạn nộp thuế, phạt chậm nộp thuế thực hiện theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 18 Thông tư số 79/2009/TT-BTC.
 Hàng hoá tạm nhập chuyển tiêu thụ nội địa phải tuân thủ chính sách thuế, chính sách quản lý nhập khẩu như hàng hoá nhập khẩu theo loại hình nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa.
Điều 71. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ
1. Giải thích từ ngữ
1.1. “Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ” là hàng hoá do thương nhân Việt Nam (bao gồm cả thương nhân có vốn đầu tư nước ngoài; doanh nghiệp chế xuất) xuất khẩu cho thương nhân nước ngoài nhưng thương nhân nước ngoài chỉ định giao, nhận hàng hoá đó tại Việt Nam cho thương nhân Việt Nam khác.
1.2. “Người xuất khẩu tại chỗ” (dưới đây gọi là “doanh nghiệp xuất khẩu”): là người được thương nhân nước ngoài chỉ định giao hàng tại Việt Nam.
1.3. “Người nhập khẩu tại chỗ” (dưới đây gọi là “doanh nghiệp nhập khẩu”): là người mua hàng của thương nhân nước ngoài nhưng được thương nhân nước ngoài chỉ định nhận hàng tại Việt Nam từ người xuất khẩu tại chỗ.
2. Căn cứ để xác định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ
2.1. Hợp đồng xuất khẩu, hợp đồng gia công, hợp đồng thuê mượn có điều khoản ghi rõ hàng hoá được giao cho người nhận hàng tại Việt Nam;
2.2. Hợp đồng nhập khẩu, hợp đồng gia công, hợp đồng thuê mướn có điều khoản ghi rõ hàng hoá được nhận từ người giao hàng tại Việt Nam;
2.3. Đối với sản phẩm gia công; máy móc, thiết bị thuê hoặc mượn; nguyên liệu, phụ liệu, vật tư dư thừa; phế liệu, phế phẩm thuộc hợp đồng gia công: thực hiện theo quy định tại Khoản 3 Điều 33 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/01/2006 của Chính phủ, quy định chi tiết thi hành Luật Thương mại về hoạt động mua bán hàng hoá quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hoá với nước ngoài;
2.4. Đối với hàng hoá của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài: thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Công thương.
3. Thủ tục hải quan xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện tại Chi cục Hải quan thuận tiện nhất do doanh nghiệp lựa chọn và theo quy định của từng loại hình.
Trong thời hạn ba mươi ngày kể từ ngày cơ quan hải quan xác nhận đã hoàn thành thủ tục hải quan điện tử trên tờ khai hải quan nhập khẩu tại chỗ, doanh nghiệp xuất khẩu phải hoàn thành thủ tục xuất khẩu. Nếu quá thời hạn trên, doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ đã hoàn thành thủ tục hải quan nhưng doanh nghiệp xuất khẩu tại chỗ chưa làm thủ tục hải quan thì Hải quan làm thủ tục xuất khẩu tại chỗ lập biên bản, xử phạt vi phạm hành chính về hải quan đối với doanh nghiệp xuất khẩu tại chỗ, làm tiếp thủ tục hải quan, không huỷ tờ khai.
4. Thủ tục hải quan
4.1. Trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu làm thủ tục hải quan theo phương thức điện tử, doanh nghiệp nhập khẩu làm thủ tục hải quan theo phương thức truyền thống:
a. Trách nhiệm của doanh nghiệp xuất khẩu:
a.1. Kê khai đầy đủ các tiêu chí dành cho doanh nghiệp xuất khẩu trên 04 tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ mẫu HQ/2009-TC - Phụ lục IV - Thông tư số 79/2009/TT-BTC (dưới đây gọi tắt là mẫu HQ/2009-TC), ký tên, đóng dấu;
a.2. Giao 04 tờ khai hải quan, hàng hóa và hóa đơn giá trị gia tăng (liên giao khách hàng, trên hóa đơn ghi rõ tên thương nhân nước ngoài, tên doanh nghiệp nhập khẩu, địa điểm giao hàng tại Việt Nam) cho doanh nghiệp nhập khẩu.
a.3. Doanh nghiệp xuất khẩu thực hiện việc khai báo thông tin tờ khai xuất khẩu tại chỗ sau khi nhận được 02 tờ khai xuất khẩu - nhập khẩu tại chỗ đã có xác nhận của Hải quan làm thủ tục nhập khẩu. Hồ sơ phải nộp/xuất trình gồm:
a.3.1. Tờ khai hải quan điện tử mẫu HQ/2009-TKĐTXK: nộp 02 bản chính;
a.3.2. Tờ khai hải quan nhận từ bên nhận: nộp 01 bản chính;
a.3.3. Các chứng từ khác phải nộp/xuất trình khi cơ quan hải quan có yêu cầu:
- Hợp đồng mua bán hàng hoá có chỉ định giao hàng tại Việt Nam (đối với người xuất khẩu), hợp đồng mua bán hàng hoá hoặc hợp đồng gia công có chỉ định nhận hàng tại Việt Nam (đối với người nhập khẩu), hợp đồng thuê, mượn: nộp 01 bản sao;
- Hoá đơn giá trị gia tăng do doanh nghiệp xuất khẩu lập (liên giao khách hàng): nộp 01 bản sao;
- Các giấy tờ khác theo quy định đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu (trừ vận tải đơn - B/L).
b. Trách nhiệm của doanh nghiệp nhập khẩu: thực hiện thủ tục hải quan theo quy định hiện hành.
c. Trách nhiệm của hải quan làm thủ tục nhập khẩu tại chỗ: thực hiện thủ tục hải quan theo quy định hiện hành.
d. Trách nhiệm của hải quan làm thủ tục xuất khẩu:
d.1. Tiếp nhận bộ hồ sơ hải quan do doanh nghiệp chuyển đến; Tiến hành các bước đăng ký tờ khai theo quy định, phù hợp với từng loại hình; kiểm tra tính thuế (nếu có); xác nhận thông quan, ký tên, đóng dấu công chức lên 02 tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu mẫu HQ/2009-TKĐTXK;
d.2. Lưu 01 tờ khai cùng các chứng từ doanh nghiệp nộp, trả doanh nghiệp 01 tờ khai và các chứng từ do doanh nghiệp xuất trình.  
4.2. Trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu làm thủ tục hải quan theo phương thức truyền thống, doanh nghiệp nhập khẩu làm thủ tục hải quan theo phương thức điện tử
a. Trách nhiệm của doanh nghiệp xuất khẩu:
a.1. Kê khai đầy đủ các tiêu chí dành cho doanh nghiệp xuất khẩu trên 02 tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ mẫu HQ/2009-TC, ký tên, đóng dấu;
a.2. Giao 02 tờ khai mẫu HQ/2009-TC, hàng hoá và hoá đơn giá trị gia tăng (liên giao khách hàng, trên hoá đơn ghi rõ tên thương nhân nước ngoài, tên doanh nghiệp nhập khẩu, địa điểm giao hàng tại Việt Nam) cho doanh nghiệp nhập khẩu;
a.3. Sau khi nhận được 02 tờ khai hải quan (đã có đầy đủ chữ ký, đóng dấu của doanh nghiệp nhập khẩu và hải quan nhập khẩu) do doanh nghiệp nhập khẩu chuyển đến, doanh nghiệp xuất khẩu đăng ký tờ khai với hải quan xuất khẩu.
b. Trách nhiệm của doanh nghiệp nhập khẩu:
Sau khi nhận đủ sản phẩm và 02 tờ khai hải quan mẫu HQ/2009-TC đã kê khai, ký tên, đóng dấu của doanh nghiệp xuất khẩu; doanh nghiệp nhập khẩu tiến hành các công việc sau:
b.1. Khai đầy đủ các tiêu chí dành cho doanh nghiệp nhập khẩu, ký tên, đóng dấu trên 02 tờ khai mẫu HQ/2009-TC; đồng thời khai đầy đủ các tiêu chí khai tờ khai nhập khẩu tại chỗ điện tử và làm thủ tục theo quy định. Hồ sơ hải quan phải nộp/xuất trình gồm:
b.1.1. Tờ khai hải quan điện tử in mẫu HQ/2009-TKĐTNK: nộp 02 bản chính;
b.1.2. Tờ khai hải quan mẫu HQ/2009-TC: nộp 02 bản chính;
b.1.3. Các chứng từ khác phải nộp/xuất trình khi cơ quan hải quan có yêu cầu:
- Hợp đồng mua bán hàng hoá có chỉ định giao hàng tại Việt Nam (đối với người xuất khẩu), hợp đồng mua bán hàng hoá hoặc hợp đồng gia công có chỉ định nhận hàng tại Việt Nam (đối với người nhập khẩu), hợp đồng thuê, mượn: nộp 01 bản sao;
- Hoá đơn giá trị gia tăng do doanh nghiệp xuất khẩu lập (liên giao khách hàng): nộp 01 bản sao;
- Các giấy tờ khác theo quy định đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu (trừ vận tải đơn - B/L).
b.2. Nhận và bảo quản hàng hoá do doanh nghiệp xuất khẩu tại chỗ giao cho đến khi Hải quan làm thủ tục nhập khẩu tại chỗ quyết định hình thức, mức độ kiểm tra hải quan;
b.3. Xuất trình mẫu hàng hoá nhập khẩu tại chỗ (đối với hàng nhập khẩu tại chỗ làm nguyên liệu để gia công, sản xuất xuất khẩu) để cơ quan hải quan kiểm tra khi có yêu cầu;
b.4. Sau khi làm xong thủ tục nhập khẩu tại chỗ, doanh nghiệp nhập khẩu lưu 01 tờ khai mẫu HQ/2009-TKĐTNK; chuyển 02 tờ khai mẫu HQ/2009-TC cho doanh nghiệp xuất khẩu.
c. Trách nhiệm của cơ quan hải quan làm thủ tục nhập khẩu:
c.1. Tiếp nhận, đăng ký tờ khai, quyết định hình thức, mức độ kiểm tra theo quy định phù hợp với từng loại hình, kiểm tra tính thuế (đối với hàng có thuế) theo quy định hiện hành đối với hàng nhập khẩu. Niêm phong mẫu (nếu có) giao doanh nghiệp tự bảo quản để xuất trình cho cơ quan hải quan khi có yêu cầu;
c.2. Tiến hành kiểm tra hàng hoá đối với trường hợp phải kiểm tra;
c.3. Xác nhận đã làm thủ tục hải quan, ký tên và đóng dấu công chức vào cả 04 tờ khai (02 tờ khai mẫu HQ/2009-TC và 02 tờ khai hải quan điện tử in);
c.4. Lưu 01 tờ khai hải quan điện tử in và chứng từ doanh nghiệp phải nộp, trả lại cho doanh nghiệp nhập khẩu 03 tờ khai còn lại và các chứng từ doanh nghiệp xuất trình;
c.5. Có văn bản thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ biết để theo dõi hoặc thông báo theo Thông báo thông tin tờ khai nhập khẩu tại chỗ gửi qua mạng máy tính nếu giữa Chi cục Hải quan làm thủ tục nhập khẩu và cơ quan thuế địa phương đã nối mạng.
d. Trách nhiệm của cơ quan hải quan làm thủ tục xuất khẩu: thực hiện thủ tục hải quan theo quy định hiện hành
4.3. Thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ cùng được thực hiện tại hải quan điện tử
a. Trách nhiệm của doanh nghiệp xuất khẩu:
a.1. Giao hàng hóa và hóa đơn giá trị gia tăng (liên giao khách hàng, trên hóa đơn ghi rõ tên thương nhân nước ngoài, tên doanh nghiệp nhập khẩu, địa điểm giao hàng tại Việt Nam) cho doanh nghiệp nhập khẩu.
a.2. Doanh nghiệp xuất khẩu thực hiện việc khai báo thông tin tờ khai xuất khẩu tại chỗ sau khi nhận được 02 tờ khai (01 bản chính, 01 bản sao) đã có xác nhận của Hải quan làm thủ tục nhập khẩu và làm thủ tục xuất khẩu tại Hải quan làm thủ tục xuất khẩu theo quy định. Hồ sơ phải nộp/xuất trình gồm:
a.2.1. Tờ khai hải quan điện tử mẫu HQ/2009-TKĐTXK: nộp 02 bản chính;
a.2.2. Tờ khai hải quan điện tử nhận từ doanh nghiệp nhập khẩu: nộp 01 bản sao có xác nhận sao y bản chính của doanh nghiệp nhập khẩu, xuất trình bản chính;
a.2.3. Các chứng từ khác phải nộp/xuất trình khi cơ quan hải quan có yêu cầu:
- Hợp đồng mua bán hàng hoá có chỉ định giao hàng tại Việt Nam (đối với người xuất khẩu), hợp đồng mua bán hàng hoá hoặc hợp đồng gia công có chỉ định nhận hàng tại Việt Nam (đối với người nhập khẩu), hợp đồng thuê, mượn: nộp 01 bản sao;
- Hoá đơn giá trị gia tăng do doanh nghiệp xuất khẩu lập (liên giao khách hàng): nộp 01 bản sao;
- Các giấy tờ khác theo quy định đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu (trừ vận tải đơn - B/L).
b. Trách nhiệm của doanh nghiệp nhập khẩu:
b.1. Thực hiện nhiệm vụ quy định tại tiết b điểm 5.2 Điều này nhưng không phải khai báo và nộp tờ khai mẫu HQ/2009-TC;
b.2. Sau khi làm xong thủ tục nhập khẩu, chuyển tờ khai đã có xác nhận của Hải quan nhập khẩu cùng với 01 bản sao có ký tên, đóng dấu sao y bản chính của doanh nghiệp nhập khẩu cho doanh nghiệp xuất khẩu.
c. Trách nhiệm của cơ quan hải quan làm thủ tục nhập khẩu:
c.1. Thực hiện nhiệm vụ quy định tại tiết b điểm 5.2 Điều này nhưng chỉ thực hiện việc xác nhận thông quan tại tờ khai hải quan điện tử;
c.2. Lưu 01 tờ khai hải quan điện tử in và các chứng từ doanh nghiệp nộp, trả lại cho doanh nghiệp bên nhận 01 tờ khai và các chứng từ doanh nghiệp xuất trình;
c.3. Thông báo cho Hải quan xuất khẩu về tờ khai đã hoàn thành thủ tục qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (nếu hệ thống đáp ứng).
d. Trách nhiệm của cơ quan hải quan làm thủ tục xuất khẩu:
d.1. Tiếp nhận bộ hồ sơ hải quan do doanh nghiệp chuyển đến; Tiến hành các bước đăng ký tờ khai theo quy định, phù hợp với từng loại hình; kiểm tra tính thuế (nếu có); xác nhận thông quan, ký tên, đóng dấu công chức lên 02 tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu;
d.2. Xác nhận nội dung “Đã hoàn thành thủ tục xuất khẩu tại chỗ theo tờ khai số, ngày, tháng, năm” vào tờ khai hải quan điện tử in nhập khẩu do doanh nghiệp xuất trình và ký tên, đóng dấu công chức;
d.3. Lưu 01 tờ khai cùng các chứng từ doanh nghiệp nộp, trả doanh nghiệp 01 tờ khai và các chứng từ do doanh nghiệp xuất trình.
5. Trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu tại chỗ và doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ đều làm thủ tục tại một Chi cục Hải quan, thì Chi cục Hải quan này ký xác nhận cả phần hải quan làm thủ tục xuất khẩu và hải quan làm thủ tục nhập khẩu.
Điều 72. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá đã xuất khẩu nhưng bị trả lại
1. Các trường hợp hàng hoá đã xuất khẩu bị trả lại, bao gồm:
1.1. Tạm nhập hàng trả lại để sửa chữa, tái chế (gọi chung là tái chế) sau đó tái xuất;
1.2. Tái nhập hàng trả lại để tiêu thụ nội địa (không áp dụng đối với hàng gia công cho doanh nghiệp nước ngoài);
1.3. Tái nhập hàng trả lại để tiêu huỷ tại Việt Nam (không áp dụng đối với hàng gia công cho doanh nghiệp nước ngoài).
2. Nơi làm thủ tục hải quan:
2.1. Chi cục Hải quan đã làm thủ tục xuất khẩu hàng hoá đó;
2.2. Trường hợp một lô hàng bị trả lại là hàng hoá của nhiều lô hàng xuất khẩu thì thủ tục tái nhập được thực hiện tại một trong những Chi cục Hải quan đã làm thủ tục xuất khẩu hàng hoá đó;
2.3. Hàng hoá sau khi tái chế được làm thủ tục tái xuất tại Chi cục Hải quan nơi đã làm thủ tục tái nhập hàng hoá đó. Trường hợp Chi cục Hải quan làm thủ tục tái nhập và tái xuất hàng hoá là Chi cục Hải quan ngoài cửa khẩu (không phải là Chi cục Hải quan cửa khẩu) thì hàng hoá được thực hiện theo thủ tục đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu.
3. Thời hạn tái chế
Trong vòng 30 ngày kể từ ngày hoàn thành thủ tục hải quan tạm nhập hàng trả lại để tái chế, người khai hải quan phải làm thủ tục hải quan tái xuất toàn bộ sản phẩm tái chế. Trường hợp có lý do chính đáng thì Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập xem xét gia hạn, mỗi lần tối đa 30 ngày, số lần gia hạn tối đa 02 lần.
Quá thời hạn này mà chưa tái xuất thì cơ quan hải quan xử lý về thuế theo hướng dẫn tại điểm b, điểm c khoản 7 Điều 112 Thông tư số 79/2009/TT-BTC.
4. Thủ tục nhập khẩu hàng trả lại
4.1. Hồ sơ hải quan gồm:
a. Văn bản đề nghị tái nhập hàng hoá, nêu rõ hàng hoá thuộc tờ khai xuất khẩu nào, đã được cơ quan hải quan xét hoàn thuế, không thu thuế và đã kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào với cơ quan thuế chưa? (ghi rõ số quyết định hoàn thuế, không thu thuế) đồng thời nêu rõ lý do tái nhập (để tái chế hoặc để tiêu thụ nội địa hoặc để tiêu huỷ; hàng nhập khẩu để tái chế phải ghi rõ địa điểm tái chế, thời gian tái chế, cách thức tái chế, những hao hụt sau khi tái chế): nộp 01 bản chính;
b. Tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu (trên tờ khai tạm nhập khẩu phải thể hiện thông tin tham chiếu đến tờ khai xuất khẩu trước đó), bản kê chi tiết hàng hoá, vận tải đơn: như đối với hàng hoá nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa;
c. Tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu trước đây: nộp 01 bản sao;
d. Văn bản của bên nước ngoài thông báo hàng bị trả lại: nộp 01 bản chính.
4.2. Cơ quan hải quan làm thủ tục hải quan như đối với hàng hoá nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa. Hàng tái nhập phải kiểm tra thực tế hàng hoá. Công chức hải quan làm nhiệm vụ kiểm tra hàng hoá phải đối chiếu hàng hoá nhập khẩu với mẫu lưu nguyên liệu (nếu sản phẩm xuất khẩu thuộc loại hình gia công, SXXK và có lấy mẫu nguyên liệu; nguyên liệu không bị biến đổi trong quá trình sản xuất sản phẩm) và hàng hoá mô tả trên tờ khai xuất khẩu để xác định phù hợp giữa hàng hoá nhập khẩu trở lại Việt Nam với hàng hoá đã xuất khẩu trước đây; lấy mẫu hàng tái nhập hoặc chụp hình (đối với lô hàng tạm nhập không thể lấy mẫu được) để đối chiếu khi tái xuất.
5. Thủ tục tái xuất hàng đã tái chế
5.1. Hồ sơ hải quan gồm:
a. Tờ khai hàng hoá xuất khẩu (trên tờ khai tái xuất khẩu phải thể hiện thông tin tham chiếu đến tờ khai tạm nhập khẩu trước đó): nộp 02 bản chính;
b. Tờ khai hàng hoá nhập khẩu (để tái chế): nộp 01 bản sao.
5.2. Cơ quan hải quan làm thủ tục như đối với hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa. Hàng tái xuất phải kiểm tra thực tế hàng hoá, công chức hải quan làm nhiệm vụ kiểm tra hàng hoá phải đối chiếu thực tế hàng tái xuất với mẫu hàng hoá khi tái nhập (hoặc hình ảnh chụp hàng hoá khi làm thủ tục tái nhập).
5.3. Nếu hàng tái chế không tái xuất được thì doanh nghiệp phải có văn bản gửi Chi cục Hải quan làm thủ tục tái nhập giải trình rõ lý do không tái xuất được, trên cơ sở đó đề xuất Chi cục Hải quan làm thủ tục tái nhập xem xét, chấp nhận các hình thức xử lý như sau:
a. Đối với sản phẩm tái chế là hàng gia công:
a.1. Làm thủ tục hải quan theo hình thức xuất nhập khẩu tại chỗ để tiêu thụ nội địa, nếu đáp ứng đủ điều kiện như đối với xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ sản phẩm gia công quy định tại Nghị định số 12/2006/NĐ-CP; hoặc
a.2. Tiêu huỷ, nếu bên thuê gia công đề nghị được tiêu huỷ tại Việt Nam và Sở Tài nguyên và Môi trường địa phương cho phép tiêu huỷ tại Việt Nam.
b. Đối với sản phẩm tái chế không phải là hàng gia công thì chuyển tiêu thụ nội địa như hàng tái nhập để tiêu thụ nội địa.
6. Trường hợp hàng tái nhập là sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; hàng hoá kinh doanh thuộc đối tượng được hoàn thuế nhập khẩu thì Hải quan làm thủ tục tái nhập phải thông báo cho Hải quan làm thủ tục hoàn thuế nhập khẩu biết (nếu 02 đơn vị Hải quan này là 02 Chi cục Hải quan khác nhau) về các trường hợp nêu tại điểm 1.2, 1.3 khoản 1 và điểm 5.3 khoản 5 Điều này hoặc trường hợp quá thời hạn nêu tại khoản 3 Điều này để xử lý thuế theo quy định tại điểm b, điểm c khoản 7 Điều 112 Thông tư số 79/2009/TT-BTC.
Điều 73. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá đã nhập khẩu nhưng phải xuất trả
1. Các hình thức xuất trả hàng nhập khẩu:
1.1. Xuất trả lại cho chủ hàng nước ngoài đã bán lô hàng này;
1.2. Xuất cho đối tác nước ngoài khác.
2. Nơi làm thủ tục xuất trả: Chi cục Hải quan đã làm thủ tục nhập khẩu lô hàng đó.
3. Hồ sơ hải quan gồm:
3.1. Văn bản giải trình của doanh nghiệp về việc xuất trả hàng;
3.2. Tờ khai hàng hoá xuất khẩu (trên tờ khai xuất khẩu phải thể hiện thông tin tham chiếu đến tờ khai nhập khẩu trước đó): nộp 02 bản chính;
3.3. Tờ khai hàng hoá nhập khẩu trước đây: nộp 01 bản sao, xuất trình bản chính;
3.4. Văn bản chấp nhận nhận lại hàng của chủ hàng nước ngoài (nếu hàng xuất trả lại cho chủ hàng bán lô hàng này): nộp 01 bản chính; Hợp đồng bán hàng cho nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan (nếu hàng tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan): nộp 01 bản sao.
4. Thủ tục hải quan thực hiện như đối với với lô hàng xuất khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hoá. Hàng